Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bình Dương.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 11328/VPCP-ĐMDN ngày 25/10/2017; công văn số 1280/PC-VPCP ngày 30/10/2017 của Văn phòng Chính phủ gửi kèm công văn số 156/CV/HSG/17-VP2 ngày 16/10/2017 của Công ty cổ phần Tập đoàn Hoa Sen về việc đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng.

Về nội dung vướng mắc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 14 Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn:

“1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.

2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xóa nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế;

b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;

c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

3. Sau khi đã bù trừ theo quy định tại khoản 2 Điều này, trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuế còn được hoàn trả nhưng có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạn nộp xa nhất của Chi nhánh.

Trường hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.

4. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế; cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phải chịu trách nhiệm về số liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.

5. Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ ngân sách ngân sách nhà nước cho người nộp thuế khác, cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác (sau khi bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này).

6. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan, tổ chức đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế.

Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan xử lý theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 hoặc cơ quan, tổ chức đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định của pháp luật có liên quan.”

Trên cơ sở báo cáo của Cục Thuế tỉnh Bình Dương, đối với 02 (hai) hồ sơ hoàn thuế GTGT của Công ty cổ phần tập đoàn Hoa Sen với tổng số tiền hoàn 205.570.482.757 đồng chưa được Cục Thuế xử lý hoàn thuế là do Công ty và các Chi nhánh hạch toán phụ thuộc liên quan có số thuế còn nợ chưa xác định chính xác được số tiền thuế nợ để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế, về nội dung này, Tổng cục Thuế đã có công văn số 3625/TCT-KK ngày 15/8/2017, công văn số 4370/TCT-KK ngày 26/9/2017 hướng dẫn các cơ quan thuế liên quan có trách nhiệm đối chiếu xác định nợ của người nộp thuế. Cục Thuế tỉnh Bình Dương có trách nhiệm xác định số tiền thuế nợ của Công ty và thông tin số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của các Chi nhánh hạch toán phụ thuộc trên hệ thống ứng dụng để thực hiện bù trừ đối với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế trước khi giải quyết hoàn thuế theo quy định. Cơ quan thuế quản lý các chi nhánh hạch toán phụ thuộc của Công ty CP tập đoàn Hoa Sen chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Công ty CP Tập đoàn Hoa Sen chịu trách nhiệm về số thuế đã nộp của các chi nhánh và giải trình với Cục Thuế tỉnh Bình Dương. Đối với số thuế nợ chưa được cập nhật trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế, Cục Thuế tỉnh Bình Dương thực hiện tra cứu trên hệ thống chứng từ nộp của các chi nhánh chưa bù trừ để loại trừ phần đã nộp, xác định phần còn phải nộp để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế. Trường hợp kết quả giám sát hoàn thuế còn tiêu chí giám sát không đạt do nguyên nhân khách quan, Cục Thuế tỉnh Bình Dương đề nghị Tổng cục Thuế thực hiện giám sát trực tiếp và gửi văn bản giải trình đối với từng tiêu chí để Tổng cục Thuế thực hiện chức năng giám sát trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế biết và hướng dẫn Doanh nghiệp thực hiện./.