Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật quản lý thuế và Luật quản lý thuế sửa đổi

a) Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên;

b) Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu;

c) Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế;

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận về thuế quy định tại khoản 33, khoản 34 điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế, Điều 108 Luật quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn thuế sau theo đúng thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

d) Hàng hóa dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định trừ hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng;

đ) Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

e) Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định;

g) Người nộp thuế còn nợ chứng từ thanh toán qua ngân hàng tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị cơ quan hải quan hoàn thuế;

h) Hàng hóa nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo các quy định quản lý nhà nước về kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa;

i) Hàng hóa nhập khẩu thuộc diện phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định của Bộ Tài chính.

a) Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại các điểm 2, 4 khoản 18 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế áp dụng đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này;

Trường hợp này, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan quản lý thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan quản lý thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

b) Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế áp dụng đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp thừa đã có xác nhận nộp thừa của cơ quan thuế kết luận số tiền thuế nộp thừa; hồ sơ đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;

Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp ra quyết định hoàn thuế. Trường hợp việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế được hoàn theo quy định, người nộp thuế còn được trả tiền lãi tính trên số thuế bị hoàn chậm và thời gian chậm hoàn thuế; lãi suất để tính lãi thực hiện theo quy định tại các điểm a, b khoản 2 Điều 30 Nghị định này. Nguồn trả tiền lãi được lấy từ Quỹ hoàn thuế theo quy định của Bộ Tài chính.

a) Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 01 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:

- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ hai năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; trường hợp có biên bản kết luận thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra;

- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản; kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với toàn bộ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp;

- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ hai lần trở lên trong vòng mười hai tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước;

- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn mười hai tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.

b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.