Tóm tắt Công văn 5256/TXNK-CST năm 2017 về hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa

Công văn 5256/TXNK-CST do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc hoàn trả, bù trừ tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) mà doanh nghiệp đã nộp thừa ở khâu nhập khẩu. Văn bản này giúp thống nhất quy trình thực hiện giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nội địa, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế.

Nguyên tắc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu

Công văn xác định rõ nguyên tắc phân định thẩm quyền và cách thức xử lý khoản thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu dựa trên tình trạng kê khai của doanh nghiệp:

• Trường hợp chưa kê khai, khấu trừ: Nếu doanh nghiệp có số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu và chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế với cơ quan thuế nội địa trực tiếp quản lý, cơ quan Hải quan nơi phát sinh khoản nộp thừa sẽ thực hiện thủ tục hoàn trả cho doanh nghiệp theo đúng quy định pháp luật về quản lý thuế.
• Trường hợp đã kê khai, khấu trừ: Nếu doanh nghiệp đã đưa khoản thuế GTGT nộp thừa này vào tờ khai thuế GTGT để khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế nội địa hoàn thuế, cơ quan Hải quan sẽ không thực hiện hoàn trả trực tiếp. Việc điều chỉnh, xử lý số thuế này sẽ do cơ quan thuế nội địa thực hiện để tránh việc hoàn thuế trùng lặp, gây thất thoát ngân sách nhà nước.

Quy trình phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

Để kiểm soát chặt chẽ dòng tiền và tính chính xác của việc hoàn thuế, Công văn 5256/TXNK-CST hướng dẫn cơ chế phối hợp liên ngành:

• Cơ quan Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế có trách nhiệm tra cứu, đối chiếu dữ liệu trên hệ thống thông tin quản lý tập trung để xác định số thuế thực nộp và số thuế nộp thừa.
• Cơ quan Hải quan thực hiện gửi văn bản trao đổi thông tin hoặc xác minh với cơ quan thuế nội địa quản lý trực tiếp doanh nghiệp để làm rõ việc doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ đối với tờ khai hải quan có số thuế nộp thừa hay chưa.
• Chỉ sau khi có kết quả xác nhận bằng văn bản từ cơ quan thuế nội địa khẳng định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ, cơ quan Hải quan mới ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định bù trừ tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế GTGT nộp thừa

Doanh nghiệp khi phát sinh số thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu cần chuẩn bị hồ sơ gửi đến cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai, bao gồm:

• Văn bản đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (theo mẫu quy định hiện hành).
• Các chứng từ chứng minh việc nộp tiền vào ngân sách nhà nước (như giấy nộp tiền vào ngân sách bằng tiền mặt hoặc chuyển khoản).
• Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu có phát sinh số thuế GTGT nộp thừa.
• Văn bản cam kết của doanh nghiệp về việc chưa thực hiện kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào này tại cơ quan thuế nội địa và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính trung thực của hồ sơ.

Công văn 5256/TXNK-CST năm 2017 là căn cứ pháp lý thiết thực giúp tháo gỡ khó khăn về dòng vốn cho doanh nghiệp, đồng thời tăng cường tính minh bạch và hiệu quả phối hợp trong công tác quản lý thuế giữa ngành Hải quan và ngành Thuế.