Tổng cục Thuế nhận được công văn số 129/TCT-TCKT ngày 19/03/2015 của Tổng công ty đầu tư phát triển đô thị và khu công nghiệp Việt Nam (mã số thuế: 0302177966), công văn số 4488/CT-TTHT ngày 02/06/2015 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh và công văn số 7399/CT-KT3 ngày 12/11/2015 của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai về việc kê khai thuế giá trị gia tăng và thu nhập doanh nghiệp. Về vấn đề này, sau khi xin ý kiến các đơn vị thuộc Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về thuế giá trị gia tăng

Điểm c Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ quy định về khai thuế GTGT:

"c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.

Đối với trường hợp người nộp thuế có dự án kinh doanh bất động sản ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính, có thành lập đơn vị trực thuộc (chi nhánh, Ban quản lý dự án…) thì người nộp thuế phải thực hiện đăng ký thuế và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản với cơ quan thuế địa phương nơi phát sinh hoạt động kinh doanh bất động sản”.

Căn cứ quy định nêu trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai tại công văn số 1001/CT-KT3 ngày 06/03/2015 và ý kiến của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh tại công văn số 4488/CT-TTHT ngày 02/06/2015, cụ thể như sau: Tổng công ty Đầu tư phát triển đô thị và khu công nghiệp Việt Nam kê khai toàn bộ thuế giá trị gia tăng phát sinh (đầu ra, đầu vào) của doanh thu liên quan đến hoạt động kinh doanh hạ tầng Khu công nghiệp Nhơn Trạch 5 tại tỉnh Đồng Nai.

2. Về thuế thu nhập doanh nghiệp

Điểm 2 công văn số 4125/BTC-TCT ngày 23/03/2009 của Bộ Tài chính về thu thuế thu nhập đối với hoạt động chuyển quyền thuê đất trong KCN, KCX hướng dẫn:

"Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư và các doanh nghiệp này đã thực hiện đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đã cấp sau đó cho các doanh nghiệp khác trong KCN, KCX, KCNC thuê lại đất đã phát triển hạ tầng, trong hợp đồng thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng ghi rõ quyền, trách nhiệm của bên cho thuê, bên thuê thì toàn bộ thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định”.

Công văn số 13480/BTC-TCT ngày 23/09/2009 của Bộ Tài chính về việc thuế thu nhập đối với hoạt động kinh doanh hạ tầng KCN hướng dẫn: Doanh nghiệp thành lập trước ngày 1/1/2009, có dự án đầu tư phát triển hạ tầng KCN, KCX, KCNC và dự án được giao đất, cho thuê đất trước ngày 1/1/2009 để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sau đó các doanh nghiệp này thực hiện đầu tư phát triển hạ tầng và cho các doanh nghiệp trong KCN, KCX, KCNC thuê lại đất đã phát triển hạ tầng thì thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định.

Các dự án đầu tư này đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian ưu đãi còn lại căn cứ theo các điều kiện mà dự án đầu tư đáp ứng."

Điều 16 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“Điều 16. Đối tượng chịu thuế

1. Doanh nghiệp thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản bao gồm: Doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, mọi ngành nghề có thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản; Doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất.

2. Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất (gồm cả chuyển nhượng dự án gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất theo quy định của pháp luật); Thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản theo quy định của pháp luật về đất đai không phân biệt có hay không có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc gắn liền với đất;…”

Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế sửa đổi Điều 12, Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:

“Điều 16. Sửa đổi Điều 12, Thông tư số 156/2013/TT-BTC như sau:

“ Điều 12. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp

…

4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp

a) Doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng bất động sản ở cùng địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương với nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính thì kê khai thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục Thuế hoặc Chi cục Thuế). Trường hợp doanh nghiệp có trụ sở chính tại tỉnh, thành phố này nhưng có hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại tỉnh, thành phố khác thì nộp hồ sơ khai thuế tại Cục Thuế hoặc Chi cục Thuế do Cục trưởng Cục Thuế nơi phát sinh hoạt động chuyển nhượng bất động sản quyết định.

…”

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, Tổng cục thuế thống nhất với ý kiến của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai nêu tại công văn số 7399/CT-KT3 ngày 12/11/2015: doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại Đồng Nai. Cục Thuế tỉnh Đồng Nai có trách nhiệm hướng dẫn đơn vị, nếu doanh nghiệp thực hiện dự án Đầu tư xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng khu công nghiệp có phần diện tích đáp ứng các điều kiện tại công văn số 4125/BTC-TCT ngày 23/03/2009 và công văn số 13480/BTC-TCT ngày 23/09/2009 của Bộ Tài chính thì phần thu nhập nhận được tương ứng được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để các đơn vị được biết và thực hiện./.