Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại công văn số 1102/VPCP-KTTH ngày 23/2/2009 của Văn phòng Chính phủ về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển quyền thuê đất khu công nghiệp, khu chế xuất. Sau khi trao đổi và có ý kiến của Bộ Kế hoạch Đầu tư (văn bản số 7591/BKH-KCN&KCX ngày 17/10/2008); Bộ Tài nguyên và môi trường (văn bản số 4958/BTNMT-TCQLĐĐ ngày 8/12/2008), Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể một số nội dung đối với việc thu thuế thu nhập của các tổ chức kinh doanh phát triển hạ tầng trong các Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu công nghệ cao, cụm công nghiệp (sau đây gọi tắt là doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN), như sau:

Căn cứ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11, Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 12/12/2003, Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003, Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN thì;

1. Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sau đó cho thuê lại đất đã phát triển hạ tầng trong KCN, KCX, KCNC theo giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư nhưng các doanh nghiệp này không thực hiện đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đã cấp và đã chuyển nhượng lại quyền sử dụng đất, quyền thuê đất cho đơn vị khác để các doanh nghiệp này tiếp tục đầu tư cơ sở hạ tầng và cho thuê tại đây là hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất và phải thực hiện nộp thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất và không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập này.

2. Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư và các doanh nghiệp này đã thực hiện đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đã cấp sau đó cho các doanh nghiệp khác trong KCN, KCX, KCNC thuê lại đất đã phát triển hạ tầng, trong hợp đồng cho thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng ghi rõ quyền, trách nhiệm của bên cho thuê, bên thuê thì toàn bộ thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định (nếu có).

Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN đang trong thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp có cho thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng và thu tiền một lần cho nhiều năm, nếu doanh nghiệp lựa chọn phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế tính vào một năm trên toàn bộ số tiền thuê bên thuê trả trước cho nhiều năm thì số lãi phát sinh của hoạt động này là số lãi của nhiều năm, do vậy khi xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi của từng năm miễn thuế, giảm thuế thì doanh nghiệp phải căn cứ vào tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp của số năm thu tiền trước chia (:) cho số năm bên thuê trả tiền trước.

3. Từ ngày 1/1/2009, các doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư phát triển hạ tầng sau đó cho các DN khác trong KCN, KCX thuê lại đất đã phát triển hạ tầng thì thực hiện nộp thuế thu nhập theo quy định tại Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12, Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ và Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN.

Bộ Tài chính thông báo để các Bộ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc TW biết và chỉ đạo các đơn vị thực hiện. Trong quá trình triển khai nếu có khó khăn vướng mắc đề nghị các đơn vị phản ánh về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời./.