Điều 3 Thông tư 81/2010/TT-BQP quy định về quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành, trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã do Bộ trưởng bộ Quốc phòng ban hành

1. Hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Ban Cán sự đảng, Đảng đoàn, cấp ủy Đảng cùng cấp, sự chỉ đạo, điều hành của người đứng đầu bộ, ngành trung ương; Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở, chịu sự lãnh đạo trực tiếp của cấp ủy Đảng cùng cấp, sự chỉ đạo, điều hành của người đứng đầu cơ quan, tổ chức đó; Ban chỉ huy quân sự cấp xã chịu sự lãnh đạo trực tiếp của cấp ủy Đảng, sự quản lý, chỉ đạo, điều hành của Ủy ban nhân dân cấp xã. Đồng thời Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã chịu sự quản lý, chỉ đạo, chỉ huy về công tác quốc phòng, quân sự của cơ quan quân sự cấp trên.

2. Mọi hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã phải tuân thủ theo quy định của Luật dân quân tự vệ, Nghị định số 58/2010/NĐ-CP ngày 01 tháng 6 năm 2010 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Dân quân tự vệ và các quy định của pháp luật về công tác quốc phòng.

3. Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã làm việc theo nguyên tắc tập thể, cấp dưới phục tùng cấp trên và chịu trách nhiệm cá nhân theo chức trách, nhiệm vụ được phân công.