Điều 17 Thông tư 81/2010/TT-BQP quy định về quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành, trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã do Bộ trưởng bộ Quốc phòng ban hành

1. Với Đảng ủy xã: Là quan hệ giữa lãnh đạo và chịu sự lãnh đạo; dưới sự lãnh đạo của Đảng ủy, Ban chỉ huy quân sự cấp xã chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các chỉ thị, nghị quyết về công tác quốc phòng, quân sự và báo cáo tình hình thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự với Đảng ủy theo quy định.

2. Với Ủy ban nhân dân cấp xã: Là quan hệ giữa chỉ đạo, điều hành và chịu sự chỉ đạo, điều hành.

Ban chỉ huy quân sự nghiêm chỉnh chấp hành sự chỉ đạo, quản lý và điều hành của Ủy ban nhân dân cấp xã mà trực tiếp là Chủ tịch Ủy ban nhân dân về thực hiện công tác quốc phòng, quân sự thuộc địa phương mình; đồng thời đề xuất những biện pháp tổ chức thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự được giao.

3. Với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện: Là quan hệ cấp dưới với cấp trên về thực hiện công tác quốc phòng, quân sự.

Ban chỉ huy quân sự cấp xã chịu sự chỉ đạo, chỉ huy trực tiếp của Ban chỉ huy quân sự huyện về công tác quốc phòng, quân sự địa phương.

4. Với lực lượng dân quân của xã là quan hệ giữa chỉ đạo, chỉ huy và phục tùng sự chỉ đạo, chỉ huy để thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự.