Điều 14 Thông tư 81/2010/TT-BQP quy định về quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành, trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã do Bộ trưởng bộ Quốc phòng ban hành

1. Với Ban Cán sự, Đảng đoàn, cấp ủy Đảng cùng cấp là quan hệ giữa lãnh đạo và chịu sự lãnh đạo. Ban chỉ huy quân sự chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các chỉ thị, nghị quyết của cấp ủy Đảng cùng cấp về công tác quốc phòng, quân sự và báo cáo tình hình thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự với cấp ủy cùng cấp theo quy định.

2. Với người đứng đầu bộ, ngành trung ương là quan hệ giữa chỉ đạo, điều hành và chịu sự chỉ đạo, điều hành. Ban chỉ huy quân sự chấp hành sự chỉ đạo, quản lý và điều hành của người đứng đầu bộ, ngành; đồng thời, đề xuất với người đứng đầu những nhiệm vụ, biện pháp tổ chức thực hiện công tác quốc phòng, quân sự được cơ quan quân sự có thẩm quyền giao.

3. Với Bộ Quốc phòng: Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương chịu sự chỉ đạo, chỉ huy của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về công tác quốc phòng, quân sự theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ huy thống nhất của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đối với lực lượng tự vệ, dự bị động viên thuộc bộ, ngành thông qua sự chỉ huy của cơ quan quân sự địa phương các cấp; chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan chức năng liên quan thuộc Bộ Quốc phòng.

4. Với Quân khu, Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh: Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương phối hợp với Bộ Tư lệnh hoặc Bộ Tham mưu quân khu, Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh chỉ đạo hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra theo thẩm quyền việc thực hiện công tác quốc phòng, quân sự và phòng thủ dân sự của các cơ quan, đơn vị thành viên.

5. Với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện, nơi có trụ sở của cơ quan, đơn vị thành viên: Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương phối hợp với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện để chỉ đạo thực hiện công tác giáo dục quốc phòng - an ninh, công tác tổ chức xây dựng, hoạt động của lực lượng tự vệ, công tác dự bị động viên, tuyển quân, hoạt động chiến đấu - trị an và phòng thủ dân sự của cơ quan, đơn vị thành viên có trụ sở tại địa phương.

6. Với Ban chỉ huy quân sự cơ quan, đơn vị là thành viên thuộc bộ, ngành trung ương: Là quan hệ cấp trên với cấp dưới về công tác quốc phòng, quân sự; Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành trung ương có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn và kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện công tác quốc phòng, quân sự đối với các cơ quan, đơn vị thành viên.