Điều 16 Thông tư 81/2010/TT-BQP quy định về quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành, trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã do Bộ trưởng bộ Quốc phòng ban hành

1. Với cấp ủy Đảng cùng cấp: Là quan hệ giữa lãnh đạo và chịu sự lãnh đạo; dưới sự lãnh đạo của cấp ủy Đảng cùng cấp, Ban chỉ huy quân sự chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các chỉ thị, nghị quyết về công tác quốc phòng, quân sự và báo cáo tình hình thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự với cấp ủy Đảng cùng cấp theo quy định.

2. Với người đứng đầu cơ quan, tổ chức: Là quan hệ giữa chỉ đạo, điều hành và chịu sự chỉ đạo, điều hành

Ban chỉ huy quân sự nghiêm chỉnh chấp hành sự chỉ đạo, quản lý và điều hành của người đứng đầu cơ quan, tổ chức về thực hiện công tác quốc phòng, quân sự thuộc cơ quan, đơn vị mình; đồng thời đề xuất những biện pháp tổ chức thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự được giao.

3. Với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện: Là quan hệ cấp dưới với cấp trên về thực hiện công tác quốc phòng, quân sự.

Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức chịu sự chỉ đạo, chỉ huy trực tiếp của Ban chỉ huy quân sự huyện về công tác quốc phòng, quân sự địa phương.

4. Với Ban chỉ huy quân sự ngành dọc cấp trên (nếu có): Là quan hệ cấp dưới với cấp trên, chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác quốc phòng, quân sự và có trách nhiệm báo cáo công tác quốc phòng, quân sự theo quy định.

5. Với đơn vị tự vệ thuộc quyền là quan hệ giữa chỉ đạo, chỉ huy và phục tùng sự chỉ đạo, chỉ huy để thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự được giao.