Điều 15 Thông tư 81/2010/TT-BQP quy định về quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự bộ, ngành, trung ương, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở và Ban chỉ huy quân sự cấp xã do Bộ trưởng bộ Quốc phòng ban hành

1. Với cấp ủy Đảng cùng cấp: Là quan hệ giữa lãnh đạo và phục tùng sự lãnh đạo; dưới sự lãnh đạo của cấp ủy Đảng, Ban chỉ huy quân sự chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các chỉ thị, nghị quyết về công tác quốc phòng, quân sự và báo cáo tình hình thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự với cấp ủy Đảng theo quy định.

2. Với người đứng đầu cơ quan, tổ chức: Là quan hệ giữa chỉ đạo, điều hành và chịu sự chỉ đạo, điều hành. Ban chỉ huy quân sự nghiêm chỉnh chấp hành sự chỉ đạo, quản lý và điều hành của người đứng đầu cơ quan, tổ chức về thực hiện công tác quốc phòng, quân sự thuộc đơn vị mình; đồng thời đề xuất những biện pháp tổ chức thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự được giao.

3. Với Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh: Là mối quan hệ cấp trên, cấp dưới; Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức thuộc cấp tỉnh chịu sự chỉ đạo, chỉ huy thống nhất của Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh về công tác quốc phòng, quân sự địa phương;

4. Đối với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện nơi đặt trụ sở: Là mối quan hệ phối hợp. Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức thuộc cấp tỉnh phối hợp với Ban chỉ huy quân sự cấp huyện nơi cơ quan, tổ chức mình và đơn vị thành viên đặt trụ sở để chỉ đạo thực hiện công tác giáo dục quốc phòng -an ninh, công tác tự vệ, công tác dự bị động viên, tuyển quân, hoạt động chiến đấu - trị an khối cơ quan mình và đơn vị thành viên (nếu có).

5. Với Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ngành dọc cấp trên (nếu có): Là quan hệ cấp dưới với cấp trên, chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác quốc phòng, quân sự và có trách nhiệm báo cáo theo quy định.

6. Với đơn vị tự vệ thuộc quyền: Là quan hệ giữa chỉ đạo, chỉ huy và phục tùng sự chỉ đạo, chỉ huy để thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, quân sự được giao.