Điều 11 Thông tư 42/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan đối với phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Tiếp nhận, khai thác thông tin khai hải quan trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Hải quan; kiểm tra, tổng hợp, phân tích thông tin khai và các thông tin khác (thông tin quản lý rủi ro, thông tin từ các đơn vị khác trong và ngoài ngành) và xử lý:

a.1) Nếu thông tin khai hải quan phù hợp với các quy định của pháp luật, không có thông tin nghi ngờ thì hoàn thành thủ tục hải quan cho tàu biển nhập cảnh;

a.2) Trường hợp thông tin khai hải quan chỉ có thông tin về vận đơn chủ (master bill) mà không có thông tin về vận đơn thứ cấp (house bill) thì vẫn hoàn thành thủ tục hải quan cho tàu biển nhập cảnh, đồng thời yêu cầu người khai khai bổ sung thông tin về vận đơn thứ cấp (nếu có). Nếu có vận đơn thứ cấp mà người khai không khai vận đơn thứ cấp, cơ quan hải quan áp dụng biện pháp nghiệp vụ như không thông quan, hoặc không cho phép lô hàng nhập khẩu đưa ra khu vực giám sát hải quan;

a.3) Trường hợp có dấu hiệu vận chuyển hàng hóa vi phạm pháp luật hải quan, cơ quan hải quan thực hiện thủ tục nhập cảnh cho tàu biển, tổ chức giám sát tàu, giám sát hàng hóa khi dỡ xuống, lưu giữ trong khu vực giám sát hải quan; đồng thời báo cáo Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hóa và thực hiện các biện pháp nghiệp vụ khác có liên quan theo quy định;

a.4) Trường hợp có yêu cầu bằng văn bản tạm dừng làm thủ tục hải quan từ các cơ quan chức năng khác như Cảng vụ hàng hải, Tòa án, cơ quan Công an, Biên phòng thì chủ động phối hợp với các cơ quan chức năng xử lý theo quy định, đồng thời báo cáo Cục Hải quan tỉnh, thành phố và Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn xử lý.

b) Đối với trường hợp nêu tại điểm a.1, điểm a.2, điểm a.3 khoản 1 Điều này, sau khi hoàn thành thủ tục hải quan cho tàu biển nhập cảnh, Chi cục Hải quan gửi “Thông báo hoàn thành thủ tục hải quan tàu” theo mẫu số 10 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này dưới dạng điện tử cho người khai hải quan, Cảng vụ hàng hải và cơ quan quản lý khác có liên quan thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.

a) Thực hiện các quyết định của cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật về thủ tục hải quan đối với tàu biển nhập cảnh;

b) Tạo lập thông tin điện tử về hồ sơ hải quan, gửi hồ sơ hải quan điện tử theo quy định tại Điều 10 Thông tư này;

c) Khi tàu biển nhập cảnh đã vào vị trí neo đậu an toàn do Cảng vụ hàng hải chỉ định và sau khi hoàn tất thủ tục nhập cảnh với các cơ quan quản lý khác, người khai hải quan gửi Thông báo xác nhận tàu đến cảng bằng phương thức điện tử cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tàu theo mẫu số 11 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này. Thời điểm gửi Thông báo xác nhận tàu đến cảng được xác định là thời điểm hàng hóa nhập khẩu chuyên chở trên tàu đến cửa khẩu Việt Nam, làm cơ sở thực hiện các chính sách quản lý có liên quan.