1. Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính dự thảo các văn bản quy phạm pháp luật về ngành hải quan; chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển ngành hải quan và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.

2. Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện nhiệm vụ của ngành hải quan :

3. Thực hiện hợp tác quốc tế về hải quan theo quy định của pháp luật;

4. Tổ chức nghiên cứu khoa học và ứng dụng tiến bộ khoa học, công nghệ trong ngành hải quan;

5. Tổ chức công tác thông tin, tuyên truyền pháp luật về hải quan;

6. Tổ chức chỉ đạo và thực hiện thống kê nhà nước về hải quan;

7. Quản lý tổ chức bộ máy, biên chế; chỉ đạo, thực hiện chế độ tiền lương và chính sách, chế độ đãi ngộ, khen thưởng, kỷ luật đối với cán bộ, công chức, viên chức nhà nước thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục; tổ chức công tác đào tạo, bồi dưỡng, xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức và quản lý các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Tài chính;

8. Kiểm tra, thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, chống tham nhũng và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật;

9. Quản lý tài chính và tài sản của ngành hải quan theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

1. Cơ cấu tổ chức của Tổng cục Hải quan gồm :

2. Vụ Kiểm tra thu thuế xuất nhập khẩu;

3. Vụ Pháp chế;

4. Vụ Hợp tác quốc tế;

5. Vụ Kế hoạch - Tài chính;

6. Vụ Tổ chức cán bộ;

7. Thanh tra;

8. Văn phòng;

9. Cục Điều tra chống buôn lậu;

10. Cục Kiểm tra sau thông quan;

11. Cục Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan.

b) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Hải quan :

1. Viện Nghiên cứu Hải quan;

2. Trung tâm phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miền Bắc;

3. Trung tâm phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miền Trung;

4. Trung tâm phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miền Nam;

5. Trường Cao đẳng Hải quan;

6. Báo Hải quan.

c) Các Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đây gọi chung là các Cục Hải quan địa phương) trực thuộc Tổng cục Hải quan.

d) Các Chi cục Hải quan cửa khẩu, Đội Kiểm soát Hải quan và đơn vị tương đương trực thuộc Cục Hải quan địa phương.

2. Việc quy định nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế, cán bộ công chức của các đơn vị nêu tại điểm a, b, c, d Điều này thực hiện theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

3. Thủ tướng Chính phủ quyết định việc thành lập mới, tổ chức lại, giải thể các Cục Hải quan địa phương và các đơn vị thuộc bộ máy giúp việc Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.

4. Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định việc sắp xếp lại các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục cho phù hợp với yêu cầu cải cách hành chính, đặc thù của hoạt động hải quan và quy định của pháp luật.

5. Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định việc thành lập, tổ chức lại, giải thể các Chi cục Hải quan cửa khẩu, Đội Kiểm soát Hải quan và đơn vị tương đương.

6. Tổng cục Hải quan có con dấu có hình quốc huy.

7. Công chức công tác trong ngành hải quan được hưởng phụ cấp thâm niên theo quy định của Luật Hải quan. Mức phụ cấp thâm niên được quy định như sau : đủ 05 năm công tác trong ngành hải quan được hưởng mức phụ cấp bằng 5% mức tiền lương được hưởng theo ngạch, bậc; từ năm thứ 6 trở đi cứ thêm 01 năm công tác (tròn 12 tháng) thì được tính thêm 1%.