1. Xây dựng trình Chính phủ các dự án luật pháp (luật, pháp lệnh), chính sách, chế độ và các văn bản pháp quy khác về quản lý hải quan và tổ chức thực hiện các văn bản nói trên sau khi đã được phê duyệt.

2. Trình Chính phủ chiến lược, quy hoạch, kế hoạch thuộc về ngành Hải quan phụ trách và tổ chức thực hiện quy hoạch, kế hoạch đó sau khi đã được Chính phủ phê duyệt.

3. Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện công tác nghiệp vụ hải quan; thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các khoản thu khác theo quy định của Chính phủ; kiểm soát chống buôn lậu; thực hiện thống kê hải quan.

Kiến nghị với Nhà nước các chủ trương, biện pháp quản lý đối với hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất nhập cảnh, quá cảnh, mượn đường Việt Nam, chính sách thuế quan, biện pháp chống buôn lậu và vận chuyển trái phép qua biên giới có liên quan đến quản lý hải quan.

4. Trình Chính phủ việc tham gia các tổ chức hải quan quốc tế và khu vực. Thực hiện hợp tác quốc tế về hải quan theo quy định của Chính phủ.

5. Tổ chức và chỉ đạo thực hiện công tác nghiên cứu và ứng dụng tiến bộ khoa học công nghệ trong lĩnh vực hải quan.

6. Trình Thủ tướng Chính phủ quy hoạch mạng lưới tổ chức hải quan; tiêu chuẩn, chính sách, chế độ trách nhiệm đối với công chức, viên chức hải quan.

7. Quản lý tổ chức, công chức, viên chức hải quan và cơ sở vật chất của ngành theo quy định của Chính phủ.

8. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan được ra các văn bản Quyết định, Chỉ thị, Thông tư để thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về hải quan và được thực hiện quyền hạn theo quy định tại các Điều 25, 26, 27 của Luật Tổ chức Chính phủ ngày 30/9/1992.

1. Cục Giám sát, quản lý về hải quan.

2. Cục Kiểm tra, thu thuế xuất nhập khẩu.

3. Cục Điều tra chống buôn lậu.

4. Vụ Pháp chế.

5. Vụ Quan hệ quốc tế.

6. Vụ Kế hoạch và tài vụ.

7. Vụ Tổ chức cán bộ và đào tạo.

8. Thanh tra.

9. Văn phòng.

b) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc:

1. Trung tâm tin học và thống kê hải quan.

2. Viện nghiên cứu khoa học hải quan.

Trường Nghiệp vụ hải quan và Tạp chí Hải quan do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định sau khi thống nhất với Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ trưởng Bộ Văn hoá - Thông tin và Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ.

Nhiệm vụ cụ thể của các đơn vị nói trên do Tổng cục trưởng quyết định.