Điều 16 Luật Thanh tra 2004

1. Lãnh đạo, chỉ đạo công tác thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Chính phủ.

2. Xây dựng chương trình, kế hoạch thanh tra trình Thủ tướng Chính phủ quyết định và tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch đó.

3. Trình Thủ tướng Chính phủ hoặc tự mình quyết định việc thanh tra khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

4. Đề nghị Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ (gọi chung là Bộ trưởng), Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thanh tra trong phạm vi quản lý của bộ, cơ quan ngang bộ (gọi chung là bộ), Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (gọi chung là Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh).

5. Kiến nghị Bộ trưởng đình chỉ việc thi hành hoặc huỷ bỏ những quy định do bộ đó ban hành trái với các văn bản pháp luật của Nhà nước, của Tổng thanh tra về công tác thanh tra; nếu Bộ trưởng không đình chỉ hoặc huỷ bỏ văn bản đó thì trình Thủ tướng Chính phủ quyết định.

6. Đình chỉ việc thi hành và đề nghị Thủ tướng Chính phủ bãi bỏ những quy định của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh trái với văn bản của Tổng thanh tra về công tác thanh tra.

7. Kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét trách nhiệm, xử lý người có hành vi vi phạm thuộc quyền quản lý của Thủ tướng; phối hợp với người đứng đầu cơ quan, tổ chức trong việc xem xét trách nhiệm, xử lý người có hành vi vi phạm thuộc quyền quản lý của cơ quan, tổ chức đó.

8. Xem xét những vấn đề mà Chánh thanh tra bộ không nhất trí với Bộ trưởng, Chánh thanh tra tỉnh không nhất trí với Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh về công tác thanh tra và đề nghị Bộ trưởng, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh xem xét lại; trường hợp Bộ trưởng, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh không xem xét hoặc đã xem xét nhưng Tổng thanh tra không nhất trí thì báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định.

9. Lãnh đạo cơ quan Thanh tra Chính phủ thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Luật này và các quy định khác của pháp luật.