Công văn 627/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành ngày 27 tháng 02 năm 2017 hướng dẫn chi tiết về công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Đây là văn bản chỉ đạo quan trọng giúp các Cục Thuế địa phương thống nhất phương án xử lý hồ sơ hoàn thuế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp xuất khẩu đồng thời ngăn chặn các hành vi gian lận thuế.

- Điều kiện và nguyên tắc hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

• Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xét hoàn thuế GTGT theo tháng hoặc theo quý nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên.
• Cơ sở kinh doanh trong tháng hoặc quý vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng nội địa thì phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho hoạt động xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào được xác định theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu của kỳ tính thuế.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng nội địa mà còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp được hoàn thuế.

- Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu

• Hàng hóa xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác theo quy định pháp luật.
• Hàng hóa xuất khẩu là hàng hóa thương mại được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản xuất sản phẩm trở lên.
• Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu (bao gồm hoạt động tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu hoặc xuất khẩu hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu không qua quá trình sản xuất, chế biến tại Việt Nam).
• Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không đáp ứng được các điều kiện bắt buộc về thủ tục hải quan, hợp đồng xuất khẩu và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành.

- Quy định về hồ sơ và thủ tục kiểm tra hoàn thuế

• Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm rõ rệt: "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" và "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau" theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.
• Đối với các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở của người nộp thuế để xác minh tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan đã thông quan.
• Tăng cường công tác đối chiếu, xác minh hóa đơn mua vào của các doanh nghiệp trung gian trong chuỗi cung ứng để kiểm soát nguồn gốc hàng hóa xuất khẩu, tránh tình trạng sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hoàn thuế.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm chỉ đạo các Chi cục Thuế và bộ phận chuyên môn tập trung rà soát, giải quyết kịp thời hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp theo đúng thời hạn quy định, tránh gây nghẽn dòng vốn của doanh nghiệp.
• Phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan để xác minh thông tin về thực xuất, số lượng, chủng loại hàng hóa và trị giá hải quan đối với các lô hàng có dấu hiệu rủi ro cao về thuế.
• Xử lý nghiêm các trường hợp cố ý lợi dụng chính sách khuyến khích xuất khẩu để lập khống hồ sơ, chứng từ nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.