Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Phú Yên.

Trả lời công văn số 3410/CT-KTT ngày 3/12/2015 của Cục Thuế tỉnh Phú Yên về khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với Công ty TNHH Đầu tư Sơn An, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 2 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm (12 tháng) trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm.

Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT”.

Tại khoản 3 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“….Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư không thuộc đối tượng được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư thì phải có phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt”.

Theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Phú Yên cùng với hồ sơ tài liệu gửi kèm, Công ty TNHH Đầu tư Sơn An có dự án đầu tư xây dựng trang trại chăn nuôi heo nái sinh sản đã được UBND tỉnh Phú Yên cấp giấy chứng nhận đầu tư số 36121000077 chứng nhận lần đầu ngày 3/9/2013; Ngày 23/09/2015, Công ty được Sở Kế hoạch Đầu tư tỉnh Phú Yên cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư chứng nhận thay đổi lần thứ 01 cho dự án đầu tư xây dựng trang trại chăn nuôi heo nái sinh sản với mục tiêu được điều chỉnh để cho thuê; Trong quá trình chuẩn bị đầu tư và đầu tư xây dựng cơ bản trang trại chăn nuôi, Công ty (bên cho thuê) đã ký hợp đồng thuê trại chăn nuôi số 006/TT HN/SWB/CPVN-2013 ngày 20/12/2015 có thời hạn thuê 15 năm với Công ty cổ phần chăn nuôi C.P Việt Nam tại thành phố Đà Nẵng - Chi nhánh 2 (bên thuê); Công ty đã kê khai thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của dự án này phát sinh từ tháng 12/2012 đến tháng 6/2015; Bên thuê đã xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 10% để thanh toán tiền thuê hàng tháng cho Công ty.

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp Công ty TNHH Đầu tư Sơn An có văn bản giải trình cam kết và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào của hoạt động đầu tư, xây dựng trang trại để cho thuê thì thống nhất với ý kiến của Cục Thuế tỉnh Phú Yên nêu tại công văn số 3410/CT- KTT ngày 3/12/2015 về việc Công ty TNHH Đầu tư Sơn An được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư. Đề nghị Cục Thuế căn cứ thực tế trong quá trình thực hiện, nếu Công ty TNHH Đầu tư Sơn An cho thuê một thời gian, sau đó sử dụng để sản xuất hàng hóa thuộc diện không chịu thuế GTGT thì phải thực hiện nộp truy thu số thuế GTGT đã được hoàn tương ứng với giá trị còn lại của tài sản cố định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Phú Yên biết./.