Trả lời công văn số 39/CT-KTT2 ngày 07/01/2016 của Cục Thuế tỉnh Long An, công văn số 02-2016/VT-APA ngày 05/4/2016 của Công ty TNHH Công nghệ Nano hợp nhất APA (địa chỉ: Lô C2-4, đường VL3, KCN Vĩnh Lộc 2, ấp Voi Lá, xã Long Hiệp, huyện Bến Lức, tỉnh Long An) vướng mắc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) dự án đầu tư, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế...”

2. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm (12 tháng) trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm.

Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.”

Căn cứ hướng dẫn tại điểm 3(c) Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ:

“Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.”

Căn cứ Giấy chứng nhận đầu tư số 502022000302 chứng nhận thay đổi lần thứ 01 ngày 10/3/2015 của Ban quản lý khu kinh tế tỉnh Long An cấp cho Công ty TNHH Công nghệ Nano Hợp nhất APA.

Căn cứ vào các quy định và hướng dẫn nêu trên và tình hình thực tế của doanh nghiệp, trường hợp Công ty TNHH Công nghệ Nano Hợp nhất APA (Công ty) có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết trên Tờ khai 01/GTGT (âm liên tục đến tháng 10/2015) là -267.365.622 đồng và có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết trên Tờ khai 02/GTGT (từ tháng 9/2014 đến tháng 7/2015) là -6.226.592.856 đồng. Từ tháng 8/2015 dự án đầu tư đã đi vào hoạt động và đã phát sinh doanh thu thì Công ty không đủ điều kiện hoàn thuế đối với dự án đầu tư. Công ty có đề nghị hoàn thuế trên tờ khai 02/GTGT thì:

Công ty được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nếu đáp ứng đủ điều kiện theo hướng dẫn tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 15 của Thông tư số 219/2013/TT-BTC.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Long An căn cứ kết quả kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế, trường hợp công ty đáp ứng đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế đối với trường hợp âm 12 tháng liên tục trở lên thì thực hiện hoàn thuế cho công ty theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Long An, Công ty TNHH Công nghệ Nano Hợp nhất APA được biết và thực hiện./.