1. Sửa đổi tiêu đề của Điều 6 như sau:

“Điều 6. Thực hiện thủ tục hải quan bằng tờ khai chưa hoàn chỉnh”.

2. Sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 7 như sau:

“3. Được cơ quan hải quan và các cơ quan kinh doanh cảng, kho bãi ưu tiên làm thủ tục giao nhận hàng hóa trước, ưu tiên kiểm tra giám sát trước”.

3. Sửa đổi, bổ sung Điều 8 như sau:

“Điều 8. Kiểm tra chuyên ngành

1. Doanh nghiệp được đưa hàng hóa nhập khẩu về kho của doanh nghiệp để bảo quản trong khi chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành, trừ trường hợp pháp luật kiểm tra chuyên ngành quy định hàng hóa phải kiểm tra tại cửa khẩu.

2. Trường hợp cần lấy mẫu để kiểm tra chuyên ngành thì được ưu tiên lấy mẫu hàng hóa trước”.

4. Sửa đổi, bổ sung Điều 9 như sau:

“Điều 9. Thủ tục về thuế

1. Được hoàn thuế trước, kiểm tra sau. Hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ; thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ, Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 và Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Căn cứ trên kết quả tự tính, tự khai của doanh nghiệp, cơ quan hải quan kiểm tra tính phù hợp về hồ sơ. Thời gian ra quyết định hoàn thuế không quá 01 (một) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ của doanh nghiệp.

2. Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp ưu tiên thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 ngày 06/4/2016.

3. Được ưu tiên khi thực hiện các thủ tục về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế.”.

5. Sửa đổi địa điểm nộp hồ sơ tại khoản 1 Điều 18 như sau:

“1. Doanh nghiệp đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại Thông tư này, có nhu cầu được áp dụng chế độ ưu tiên, gửi hồ sơ bản giấy đến Tổng cục Hải quan để được xem xét công nhận. Hồ sơ theo quy định tại các điểm a, b, c, d, đ, e khoản 1 Điều 18 Thông tư số 72/2015/TT/BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính”.

6. Sửa đổi, bổ sung Điều 19 như sau:

“Điều 19. Thẩm định điều kiện để áp dụng chế độ ưu tiên

1. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định tại Điều 18 Thông tư này, Tổng cục Hải quan thẩm định, kết luận về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên.

Đối với các trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến các Bộ, ngành liên quan thì thời gian thẩm định có thể được kéo dài nhưng không quá 30 ngày.

2. Thẩm định hồ sơ.

a) Tổng cục Hải quan kiểm tra tính đầy đủ, hợp pháp, hợp lệ hồ sơ của doanh nghiệp và dự án đầu tư trọng điểm nộp theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 18 Thông tư này; đối chiếu thông tin doanh nghiệp cung cấp, thông tin thu thập về doanh nghiệp từ cơ quan thuế và cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp có trụ sở chính và nơi doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định tại Chương III Thông tư này.

b) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên, Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo để doanh nghiệp nộp bổ sung.

c) Trường hợp hồ sơ doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, Tổng cục Hải quan có văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng.

d) Trường hợp kết quả kiểm tra hồ sơ doanh nghiệp đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, Tổng cục hải quan thẩm định thực tế tại doanh nghiệp.

3. Thẩm định thực tế tại doanh nghiệp.

a) Tổng cục Hải quan tổ chức thực hiện thẩm định thực tế tại doanh nghiệp. Nội dung thẩm định thực tế gồm:

a.1) Đối chiếu kết quả kiểm tra thực tế với thông tin khai báo của doanh nghiệp.

a.2) Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan để đánh giá việc tuân thủ pháp luật nếu trong thời gian 24 (hai mươi tư) tháng liên tục, gần nhất tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp chưa được thanh tra hoặc kiểm tra sau thông quan để đánh giá việc tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật thuế.

b) Thời gian thẩm định thực tế tại doanh nghiệp, dự án tối đa 05 (năm) ngày làm việc. Trường hợp phải kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan thì thời gian thực hiện theo pháp luật về kiểm tra sau thông quan”.

7. Bổ sung Điều 20a như sau:

“Điều 20a. Gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên

Trong thời gian 03 (ba) tháng tính đến thời hạn gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên, Tổng cục Hải quan căn cứ các thông tin thu thập từ các Cục Thuế, Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp có trụ sở chính và nơi doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu về kết quả quản lý, kết quả kiểm tra sau thông quan (nếu có) để quyết định gia hạn”.

8. Sửa đổi bổ sung Điều 23 như sau:

“Điều 23. Thẩm quyền công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên

Tổng cục trưởng Tổng; cục Hải quan quyết định việc công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên.”.

9. Sửa đổi bổ sung Điều 25 như sau:

“Điều 25. Trách nhiệm quản lý của Cơ quan hải quan

Tổng cục Hải quan có trách nhiệm tổ chức thực hiện:

1. Quản lý, theo dõi, đánh giá việc chấp hành pháp luật hải quan, pháp luật thuế của doanh nghiệp ưu tiên. Tổng cục Hải quan hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao năng lực tuân thủ khi doanh nghiệp có yêu cầu.

2. Hàng năm thu thập thông tin về việc tuân thủ pháp luật thuế, pháp luật hải quan của doanh nghiệp từ Cục Thuế; Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp có trụ sở chính và nơi doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu.

3. Kiểm tra việc duy trì các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên đối với các doanh nghiệp ưu tiên, các dự án đầu tư trọng điểm đã được công nhận và áp dụng chế độ ưu tiên khi dự án hoàn thành và đi vào hoạt động.

4. Áp dụng các chế độ ưu tiên theo quy định tại Thông tư này cho các doanh nghiệp ưu tiên.

5. Thông báo và cập nhật danh sách doanh nghiệp ưu tiên và phối hợp với các doanh nghiệp kinh doanh cảng, kho bãi để thực hiện chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp.”.

10. Sửa đổi khoản 3, bổ sung khoản 7 Điều 26 như sau:

“3. Trong thời gian 90 (chín mươi) ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp nộp cho Tổng cục Hải quan báo cáo tài chính, báo cáo kiểm toán của năm trước.”.

“7. Thông báo bằng văn bản cho Tổng cục Hải quan quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế, kế toán của cơ quan có thẩm quyền đối với doanh nghiệp trong thời gian 30 ngày kể từ ngày nhận được quyết định.”.

11. Sửa đổi, bổ sung mẫu ban hành kèm theo Thông tư số 72/2015/TT-BTC ngày 12/5/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính như sau:

1. Bỏ cụm từ “phải được thực hiện bằng máy soi” tại khoản 2 Điều 5 Thông tư số 72/2015/TT-BTC ngày 12/5/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

2. Bãi bỏ khoản 5 Điều 7 Thông tư số 72/2015/TT-BTC ngày 12/5/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 28/01/2019

2. Quá trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế./.