Công văn số 3540 TCT/NV3 được Tổng cục Thuế ban hành ngày 17/09/2002 nhằm hướng dẫn và chấn chỉnh công tác quản lý, kiểm tra và thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất khẩu. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng nhằm thắt chặt quản lý, chống các hành vi gian lận trong việc hoàn thuế GTGT thời kỳ đó.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu

• Doanh nghiệp chỉ được xét hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa thực tế đã xuất khẩu khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý về kinh doanh xuất nhập khẩu.
• Phải có hợp đồng xuất khẩu ký kết với thương nhân nước ngoài theo đúng quy định của pháp luật thương mại.
• Hàng hóa xuất khẩu phải có tờ khai hải quan đã làm xong thủ tục hải quan và có xác nhận thực xuất của cơ quan hải quan cửa khẩu.
• Phải thực hiện thanh toán tiền hàng xuất khẩu qua ngân hàng theo đúng quy định của Ngân hàng Nhà nước và Bộ Tài chính, đảm bảo tính minh bạch của dòng tiền.

- Quy định về hồ sơ và thủ tục hoàn thuế GTGT

• Hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ và đầy đủ các chứng từ bao gồm: Tờ khai đề nghị hoàn thuế; Hợp đồng xuất khẩu; Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất; Hóa đơn GTGT mua vào của hàng hóa xuất khẩu; Chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
• Đối với các trường hợp xuất khẩu ủy thác, hồ sơ phải bổ sung hợp đồng ủy thác xuất khẩu, biên bản thanh lý hợp đồng ủy thác và chứng từ thanh toán chuyển tiền giữa bên ủy thác và bên nhận ủy thác.
• Nghiêm cấm việc sử dụng hóa đơn giả, hóa đơn khống, hoặc hóa đơn của các doanh nghiệp đã bỏ trốn để hợp thức hóa đầu vào nhằm trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

- Công tác kiểm tra, xác minh của cơ quan Thuế

• Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương tăng cường công tác kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao hoặc mới thành lập.
• Thực hiện đối chiếu, xác minh hóa đơn mua hàng đầu vào tại các doanh nghiệp trung gian, doanh nghiệp sản xuất hoặc cung ứng nguồn hàng để đảm bảo tính có thật của giao dịch mua bán trong nước.
• Phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan để kiểm tra, đối chiếu tính xác thực của các tờ khai hải quan và thực tế hàng hóa đã xuất khẩu ra khỏi lãnh thổ Việt Nam.
• Phối hợp với các ngân hàng thương mại để kiểm tra, xác minh chứng từ thanh toán, đảm bảo tiền thanh toán từ phía khách hàng nước ngoài được chuyển vào tài khoản của doanh nghiệp xuất khẩu một cách hợp pháp.

- Biện pháp xử lý vi phạm và chống gian lận hoàn thuế

• Các trường hợp phát hiện doanh nghiệp có hành vi gian lận, lập hồ sơ khống, hoặc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để xin hoàn thuế sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật thuế và chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để truy cứu trách nhiệm hình sự nếu có dấu hiệu tội phạm.
• Cơ quan thuế có quyền tạm dừng việc hoàn thuế đối với các hồ sơ đang trong quá trình xác minh nếu phát hiện có dấu hiệu nghi vấn về tính trung thực của chứng từ mua vào hoặc chứng từ thanh toán.
• Quy định rõ trách nhiệm của cán bộ thuế trong quá trình kiểm tra, xét duyệt hồ sơ hoàn thuế, yêu cầu thực hiện đúng quy trình, tránh gây phiền hà cho doanh nghiệp làm ăn chân chính nhưng phải kiên quyết ngăn chặn thất thoát ngân sách.