Trả lời văn thư số 680/PMH-TV ngày 21/05/2014 của Công ty về chính sách thuế, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

- Căn cứ Khoản 1. 10, Mục IV, Phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30/12/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định:

“Trường hợp lập lại hóa đơn:

...

Những trường hợp hóa đơn đã xé rời khỏi quyển, sau đó phát hiện sai phải hủy bỏ thì tổ chức, cá nhân phải lập biên bản có chữ ký xác nhận của bên mua hàng, bên bán hàng, nếu là tổ chức phải có ký xác nhận (đóng dấu) của người đứng đầu tổ chức; bên mua hàng, bên bán hàng phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về số hóa đơn hủy bỏ”.

- Căn cứ Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT):

+ Tại Khoản 10, Mục I, Phần B hướng dẫn về giá tính thuế GTGT đối với hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất:

“Đối với các cơ sở kinh doanh được nhà nước giao đất xây nhà, cơ sở hạ tầng kỹ thuật để bán, để chuyển nhượng gắn với chuyển quyền sử dụng đất, giá tính thuế GTGT đối với nhà, cơ sở hạ tầng bán ra hoặc chuyển nhượng là giá bán, giá chuyển nhượng chưa có thuế, trừ tiền sử dụng đất theo giá đất quy định khi giao đất.

...”.

+ Tại Khoản 3. 15, Mục II, Phần B quy định thuế suất thuế GTGT 10%:

“Nhà, cơ sở hạ tầng do các cơ sở được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng nhà, cơ sở hạ tầng để bán hoặc chuyển nhượng”.

- Căn cứ Khoản 3, Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/06/2014) quy định xử lý hóa đơn đã lập:

“Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng…, tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số…, ký hiệu… Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)”.

Trường hợp năm 2004, Công ty có ký hợp đồng chuyển quyền sử dụng đất cho 15 khách hàng và đã lập hóa đơn cho khách hàng không chịu thuế GTGT. Ngày 12/03/2004 Cục Thuế thành phố có công văn số 2068/CT-TTHT xác định giá tính thuế GTGT đối với nhà, cơ sở hạ tầng do các cơ sở được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng nhà, cơ sở hạ tầng để bán hoặc chuyển nhượng áp dụng thuế suất thuế GTGT là 10%. Căn cứ công văn này Công ty đã ký Phụ lục hợp đồng với 15 khách hàng trên và xác định lại phần thuế GTGT là 10% trên giá bán chưa có thuế GTGT, tổng cộng số thuế GTGT Công ty thu của khách hàng là: 2. 868. 020. 000 đồng đã được Công ty kê khai điều chỉnh tăng thuế GTGT và nộp vào NSNN trên Tờ khai thuế GTGT tháng 02/2005. Tuy nhiên Công ty đã không thu hồi hóa đơn lập không chịu thuế và lập lại hóa đơn khác thay thế theo quy định tại Khoản 1. 10, Mục IV, Phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC.

Để điều chỉnh các hóa đơn đã lập không đúng quy định nêu trên, Cục Thuế đề nghị Công ty lập Biên bản và lập hóa đơn điều chỉnh theo hướng dẫn tại Khoản 3, Điều 18 Thông tư số 39/2014/TT-BTC. Do số thuế GTGT trên các hóa đơn điều chỉnh này đã được Công ty kê khai nộp vào NSNN trong năm 2005 nên các hóa đơn điều chỉnh này Công ty không phải thực hiện kê khai thuế, chỉ báo cáo trên báo cáo tình hình sử dụng số hóa đơn đã sử dụng.

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.