Công văn 3376/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2023 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng gửi các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc quản lý, sử dụng hóa đơn và xử lý các nghĩa vụ thuế đối với doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ từ các đơn vị có rủi ro cao về thuế hoặc đã ngừng hoạt động.

1. Nguyên tắc xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động

Công văn đưa ra hướng dẫn cụ thể nhằm phân loại và xử lý các trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn đầu vào của các đơn vị đã tạm ngừng kinh doanh hoặc bỏ trốn khỏi địa chỉ đăng ký thuế:

• Trường hợp giao dịch thực tế phát sinh trước ngày thông báo: Nếu giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ diễn ra trước ngày cơ quan thuế có thông báo bằng văn bản về việc doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động, người mua vẫn được xem xét khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Điều kiện bắt buộc là doanh nghiệp mua hàng phải xuất trình đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch có thật như hợp đồng kinh tế, hóa đơn hợp pháp, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, biên bản giao nhận hàng hóa.
• Trường hợp giao dịch phát sinh sau ngày thông báo: Các hóa đơn phát sinh sau ngày cơ quan thuế công bố doanh nghiệp bán hàng không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sẽ bị coi là hóa đơn không hợp pháp. Người mua hoàn toàn không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.

2. Trách nhiệm kiểm tra, xác minh của cơ quan thuế địa phương

Để đảm bảo tính minh bạch và ngăn chặn hành vi trục lợi, Tổng cục Thuế yêu cầu các cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện nghiêm túc các biện pháp sau:

• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra: Cơ quan thuế phải tiến hành đối chiếu, xác minh thông tin giữa bên mua và bên bán. Trong trường hợp phát hiện dấu hiệu rủi ro cao hoặc nghi ngờ gian lận hóa đơn, cơ quan thuế có quyền yêu cầu doanh nghiệp giải trình và cung cấp bổ sung tài liệu chứng minh tính hợp pháp của giao dịch.
• Xử lý nghiêm hành vi vi phạm: Nếu qua quá trình kiểm tra phát hiện doanh nghiệp sử dụng hóa đơn không hợp pháp để hợp thức hóa hàng hóa trôi nổi hoặc khai khống chi phí, cơ quan thuế sẽ thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về thuế, truy thu thuế và chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra nếu có dấu hiệu tội phạm hình sự.

3. Khuyến nghị đối với doanh nghiệp trong việc quản lý hóa đơn đầu vào

Nhằm hạn chế tối đa rủi ro pháp lý và tài chính, doanh nghiệp cần chủ động thực hiện các biện pháp tự bảo vệ:

• Tra cứu thông tin đối tác thường xuyên: Doanh nghiệp cần chủ động kiểm tra trạng thái hoạt động của nhà cung cấp trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và hệ thống tra cứu hóa đơn của Tổng cục Thuế trước khi thực hiện giao dịch và nhận hóa đơn.
• Hoàn thiện và lưu trữ hồ sơ giao dịch chặt chẽ: Đảm bảo mọi giao dịch mua bán đều có đầy đủ chứng từ chứng minh tính thực tế của dòng tiền và dòng hàng, đặc biệt là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.