Công văn 1555/TCT-CS năm 2024 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.

- Quy định cốt lõi về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Đối tượng được áp dụng: Cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính) đang trong giai đoạn đầu tư thì được kê khai, hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư.
• Nguyên tắc bù trừ thuế: Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có).
• Ngưỡng hoàn thuế tối thiểu: Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.

- Điều kiện bắt buộc để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

• Hồ sơ pháp lý của dự án: Dự án đầu tư phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư theo đúng quy định của pháp luật về đầu tư (đối với các trường hợp thuộc diện phải cấp giấy phép).
• Góp đủ vốn điều lệ: Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư phải góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật tính đến thời điểm đề nghị hoàn thuế.
• Phương pháp tính thuế: Doanh nghiệp phải áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT cho hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Chứng từ thanh toán: Có đầy đủ hóa đơn GTGT mua vào hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào theo quy định.

- Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Dự án không hình thành tài sản cố định: Các dự án đầu tư không nhằm mục đích hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp (như dự án chỉ mang tính chất sửa chữa, bảo dưỡng) sẽ không được xét hoàn thuế theo diện dự án đầu tư.
• Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản: Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.
• Chưa đáp ứng điều kiện kinh doanh có điều kiện: Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc chưa đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật chuyên ngành.

- Hướng dẫn thủ tục kê khai thuế GTGT cho dự án đầu tư

• Sử dụng mẫu tờ khai riêng: Người nộp thuế phải sử dụng Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC) để thực hiện kê khai riêng biệt với hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường.
• Trách nhiệm kiểm tra của cơ quan thuế: Cục Thuế các địa phương có trách nhiệm rà soát, đối chiếu chặt chẽ hồ sơ khai thuế và hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp, đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ của hóa đơn chứng từ, tránh việc trục lợi chính sách hoàn thuế nhưng vẫn phải đảm bảo giải quyết nhanh chóng cho doanh nghiệp đủ điều kiện.

Lưu ý: Nội dung tóm tắt trên đây phản ánh các chính sách thuế cốt lõi được hướng dẫn tại Công văn 1555/TCT-CS năm 2024. Doanh nghiệp cần nghiên cứu kỹ các điều kiện thực tế của đơn vị mình để áp dụng đúng quy định pháp luật hiện hành.