Kính gửi: Công ty TNHH JTEC Hà Nội
(Đ/c: Lô 14, Khu CN Thăng Long, Đông Anh, Hà Nội)

Bộ Tài chính nhận được công văn số JTEC/010510 này 28/5/2010 của Công ty TNHH JTEC Hà Nội về hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp giai đoạn trước khi chuyển sang doanh nghiệp chế xuất. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Ngày 22/12/2009, Bộ Tài chính đã có công văn số 17924/BTC-TCT hướng dẫn xử lý thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết cho giai đoạn trước khi chuyển đổi loại hình thành doanh nghiệp chế xuất, theo đó:

“Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động kinh doanh hoặc đang trong quá trình đầu tư chưa phát sinh doanh thu thực hiện chuyển đổi loại hình thành doanh nghiệp chế xuất có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết đối với tài sản, hàng hoá, dịch vụ mua vào (bao gồm cả tiền thuê đất) của giai đoạn trước khi chuyển đổi và tài sản, hàng hóa, dịch vụ đó tiếp tục được sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp chế xuất thì doanh nghiệp được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của tài sản, hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả tiền thuê đất) cho giai đoạn trước khi chuyển đổi.

Doanh nghiệp phải làm thủ tục quyết toán thuế, xác định nghĩa vụ về thuế GTGT cho giai đoạn trước khi chuyển đổi loại hình".

Trường hợp Công ty JTEC ngay từ khi đăng ký cấp giấy chứng nhận đầu tư Công ty đã đăng ký mục tiêu của dự án là xuất khẩu 100% nhưng tại Giấy chứng nhận đầu tư số 012043000050 ngày 18/7/2007 do Ban quản lý các KCN và chế xuất tại Hà Nội cấp cho Công ty thì không ghi rõ doanh nghiệp được áp dụng quy định đối với khu chế xuất theo quy định của pháp luật. Đến ngày 12/12/2007, BQL các KCN và chế xuất tại Hà Nội cấp giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần 1 cho Công ty, trong đó bổ sung: Doanh nghiệp được áp dụng quy định đối với khu chế xuất theo quy định của pháp luật. Như vậy, từ khi thành lập cho đến khi có giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần 1 thì Công ty JTEC chưa được coi là DNCX.

Trường hợp Công ty TNHH JTEC trước khi chuyển thành DNCX có số thuế GTGT của hoạt động đầu tư xây dựng nhà xưởng (02 hoá đơn GTGT do nhà thầu xây dựng lập và giao cho Công ty sau khi Công ty đã chuyển thành DNCX) thì số thuế GTGT mà Công ty đã trả theo 02 hoá đơn GTGT trên được xem xét hoàn lại.

Về hồ sơ hoàn thuế: Hồ sơ hoàn thuế được thực hiện như quy định tại điểm 9 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế, hồ sơ hoàn thuế áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế sát nhập, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động được quy định, trong đó văn bản của cấp có thẩm quyền về việc xác nhận doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất (Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh ghi loại hình doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất) được thay thế cho Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sát nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động.

Kể từ khi chuyển thành doanh nghiệp chế xuất, thuế GTGT được thực hiện theo quy định của pháp luật đối với doanh nghiệp chế xuất có hiệu lực tại thời điểm tương ứng.

Bộ Tài chính thông báo để đơn vị biết và đề nghị liên hệ với Cục Thuế Thành phố Hà Nội để được hướng dẫn giải quyết cụ thể.