Kính gửi: Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.

Bộ Tài chính nhận được công văn của một số Cục thuế hỏi về việc xử lý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của doanh nghiệp cho giai đoạn trước khi chuyển đổi loại hình thành doanh nghiệp chế xuất, về việc này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Điểm 4 Mục I Phần D Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính; Điểm 4 Mục I Phần D Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng quy định đối tượng được hoàn thuế GTGT có: “Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có thuế GTGT nộp thừa, số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết.”

Điểm 5 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng có hiệu lực áp dụng từ ngày 01/01/2009 quy định đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng có: “Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa.”

Theo quy định tại Thông tư số 32/2007/TT-BTC và Điểm 3 Thông tư số 30/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng: Hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho doanh nghiệp chế xuất (trừ các hàng hóa, dịch vụ phục vụ nhu cầu tiêu dùng cá nhân do cá nhân tự bỏ tiền ra để phục vụ nhu cầu tiêu dùng của mình và các hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất không thuộc diện được áp dụng thuế suất 0%) được áp dụng thuế suất 0%.

Theo quy định tại Điểm 1 Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính áp dụng từ ngày 01/01/2009: Hàng hóa, dịch vụ do cơ sở kinh doanh trong nước cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% (trừ các hàng hóa, dịch vụ thuộc các trường hợp không được áp dụng thuế suất 0%).

Căn cứ các quy định trên:

Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động kinh doanh hoặc đang trong quá trình đầu tư chưa phát sinh doanh thu thực hiện chuyển đổi loại hình thành doanh nghiệp chế xuất có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết đối với tài sản, hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả tiền thuê đất) của giai đoạn trước khi chuyển đổi và tài sản, hàng hóa, dịch vụ đó tiếp tục được sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp chế xuất thì doanh nghiệp được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của tài sản, hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả tiền thuê đất) cho giai đoạn trước khi chuyển đổi.

Doanh nghiệp phải làm thủ tục quyết toán thuế, xác định nghĩa vụ về thuế GTGT cho giai đoạn trước khi chuyển đổi loại hình.

Về hồ sơ hoàn thuế: Hồ sơ hoàn thuế được thực hiện như quy định tại Điểm 9 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế, hồ sơ hoàn thuế áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế sát nhập, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động được quy định, trong đó văn bản của cấp có thẩm quyền về việc xác nhận doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất (Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư Điều chỉnh ghi loại hình doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất) được thay thế cho Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sát nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động.

Kể từ khi chuyển thành doanh nghiệp chế xuất, thuế GTGT được thực hiện theo quy định cúa pháp luật đối với doanh nghiệp chế xuất có hiệu lực tại thời Điểm tương ứng.

Bộ Tài chính có ý kiến để Cục thuế các tỉnh, thành phố biết. Quá trình thực hiện có vướng mắc đề nghị các Cục thuế phản ánh để Bộ Tài chính nghiên cứu hướng dẫn./.