Điều 59 Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Cục Thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; căn cứ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định gửi Kho bạc nhà nước đồng cấp.

b) Kho bạc nhà nước đồng cấp thực hiện bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước hoặc chuyển cho Kho bạc nhà nước nơi người nộp thuế còn nợ để thực hiện thu ngân sách qua hình thức bù trừ, thực hiện hoàn trả tiền cho người được hoàn trả bằng chuyển khoản hoặc tiền mặt theo quy định cho người nộp thuế, sau đó báo nợ về Kho bạc nhà nước cấp trên để trích từ quỹ hoàn thuế GTGT.

Riêng trường hợp hoàn trả thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm a khoản 1 Điều 33 Thông tư này thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b và điểm d khoản 2 Điều này.

a) Cơ quan thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; căn cứ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định gửi Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn. Kho bạc nhà nước đồng cấp thực hiện bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước, thực hiện hoàn trả bằng chuyển khoản hoặc tiền mặt theo quy định cho người nộp thuế.

b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu ngân sách nhà nước, số tiền phải bù trừ cho từng địa phương nơi được hưởng nguồn thu, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các Kho bạc nhà nước nơi thu ngân sách nhà nước, báo Có cho các Kho bạc nhà nước nơi được hưởng nguồn thu để hạch toán hoàn trả, bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước phần thuộc trách nhiệm của các địa phương đó.

c) Trường hợp hoàn trả thuế TNCN mà người nộp thuế nộp tại nhiều địa bàn, nhưng quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại một cơ quan thuế, thì cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Kho bạc nhà nước hoàn trả và hạch toán hoàn trả thuế TNCN cho địa bàn nơi người nộp thuế thực hiện quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế.

d) Việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hai trường hợp

- Hoàn trả các khoản thu thuộc năm ngân sách, nếu Kho bạc nhà nước thực hiện hoàn trả trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước năm đó thì Kho bạc nhà nước thực hiện hạch toán giảm thu năm ngân sách, theo từng cấp ngân sách, đúng mục lục ngân sách nhà nước của các khoản đã thu.

Trường hợp hoàn trả thuế TNCN bằng hình thức giảm thu ngân sách nhà nước, nhưng tổng số thu thuế TNCN trên địa bàn tại thời điểm hoàn trả không đủ để hoàn thuế, thì Kho bạc nhà nước hạch toán chi ngân sách để hoàn trả phần chênh lệch (như trường hợp hoàn trả khoản thu đã quyết toán vào niên độ năm trước).

- Hoàn trả các khoản thu sau thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách thì Kho bạc nhà nước hạch toán chi ngân sách năm hiện hành của từng cấp ngân sách, theo số tiền tương ứng với tỷ lệ phân chia khoản thu cho từng cấp ngân sách trước đó.