Điều 20 Thông tư 145/2017/TT-BTC về hướng dẫn cơ chế tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập theo Nghị định 141/2016/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Đối với các khoản chi thường xuyên và chi nhiệm vụ không thường xuyên hoạt động sự nghiệp thực hiện kiểm soát chi theo Thông tư của Bộ Tài chính quy định chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và hướng dẫn tại Thông tư này; đối với chi đầu tư thực hiện theo Luật Đầu tư công và Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính về quản lý, thanh toán vốn đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước;

b) Trường hợp đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác chưa có Quyết định giao quyền tự chủ của cơ quan có thẩm quyền; chưa có quy chế chi tiêu nội bộ gửi đến Kho bạc Nhà nước nơi đơn vị mở tài khoản giao dịch; chưa có danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước được cấp có thẩm quyền ban hành hoặc đã có danh mục dịch vụ sự nghiệp công nhưng chưa có định mức kinh tế - kỹ thuật và đơn giá được cơ quan có thẩm quyền ban hành; Kho bạc Nhà nước thực hiện việc kiểm soát chi, thanh toán theo chế độ quy định hiện hành như kiểm soát chi nhiệm vụ không thường xuyên; không thanh toán để trích lập các quỹ của đơn vị.