Điều 9 Thông tư 126/2014/TT-BTC quy định thủ tục về kê khai, thu nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Trường hợp thông tin người nộp thuế kê khai phù hợp với thông tin truy vấn trên cổng thanh toán điện tử hải quan, Kho bạc Nhà nước thực hiện:

- Trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế để nộp thuế hoặc thu tiền của người nộp thuế để chuyển vào tài khoản thu ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước;

- Hạch toán kế toán số tiền phát sinh vào tài khoản thu ngân sách nhà nước hoặc tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan;

- Truyền thông tin thu theo từng tờ khai qua cổng thanh toán điện tử hải quan cho cơ quan Hải quan 15 phút/01 lần;

Cuối ngày hoặc chậm nhất vào đầu ngày làm việc tiếp theo, Kho bạc Nhà nước truyền thông tin hạch toán thu ngân sách nhà nước qua trung tâm dữ liệu của Bộ Tài chính và cổng thanh toán điện tử hải quan để cơ quan hải quan đối chiếu với chứng từ đã truyền trong ngày.

b) Trường hợp thông tin người nộp thuế kê khai trên Bảng kê nộp thuế chưa phù hợp về mã số thuế, tên người nộp thuế, số tiền thuế, số tờ khai, Kho bạc Nhà nước yêu cầu người nộp thuế sửa đổi, bổ sung thông tin cho phù hợp trước khi chuyển tiền.

Trường hợp thông tin mục lục ngân sách (mã nội dung kinh tế) trên Bảng kê nộp thuế chưa phù hợp: Kho bạc Nhà nước thực hiện chuyển tiền và thông tin thu để cơ quan hải quan thông quan hàng hóa kịp thời cho người nộp thuế; Sau đó phối hợp với cơ quan hải quan kiểm tra và bổ sung thông tin theo quy định.c) Trường hợp kiểm tra thông tin người nộp thuế kê khai nhưng không có thông tin trong cổng thanh toán điện tử hải quan (người nộp thuế nộp tiền trước khi hệ thống có thông tin tờ khai), Kho bạc nhà nước căn cứ thông tin tờ khai theo kê khai của người nộp thuế trên giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước và truy vấn thông tin còn lại khác trong cơ sở dữ liệu trên cổng thanh toán điện tử hải quan (trường hợp cổng thanh toán điện tử hải quan chưa đáp ứng thì lấy các thông tin khác từ trung tâm dữ liệu của Bộ Tài chính) để thực hiện:

- Trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế hoặc thu tiền của người nộp thuế để chuyển ngay vào tài khoản thu ngân sách nhà nước của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại;

- Đồng thời chuyển ngay dữ liệu thông tin thu ngân sách theo từng tờ khai hải quan đến cổng thanh toán điện tử hải quan cho cơ quan Hải quan.