Điều 6 Thông tư 126/2014/TT-BTC quy định thủ tục về kê khai, thu nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Người nộp thuế thực hiện nộp tiền thuế trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước hoặc tại tổ chức tín dụng.

Thủ tục, trình tự nộp thuế tại tổ chức tín dụng thực hiện theo quy định tại Điều 7, Điều 8 Thông tư này; thủ tục, trình tự nộp thuế tại Kho bạc Nhà nước thực hiện theo quy định tại Điều 9 Thông tư này;

b) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế bằng tiền mặt nhưng Kho bạc Nhà nước hoặc các tổ chức tín dụng không tổ chức điểm thu tại địa điểm làm thủ tục hải quan, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thực hiện thu số tiền thuế do người nộp thuế nộp và chuyển toàn bộ số tiền thuế đã thu vào tài khoản thu ngân sách của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại theo quy định.

Trường hợp tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế có nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác tại các cơ quan hải quan khác và muốn nộp ngay số tiền nợ đó tại cơ quan hải quan nơi đang làm thủ tục hải quan; người nộp thuế tự khai báo và nộp tiền tại điểm thu của Kho bạc nhà nước, tổ chức tín dụng hoặc cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục (nếu Kho bạc Nhà nước không bố trí điểm thu).

Trường hợp thu hộ tiền thuế, Chi cục hải quan nơi thu hộ có trách nhiệm fax biên lai thu thuế cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế để Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế có văn bản nhờ thu hộ và xử lý theo quy định.

Thủ tục, trình tự nộp thuế tại cơ quan hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 10 Thông tư này.