Công văn số 1198 TCT/NV5 do Tổng cục Thuế ban hành ngày 03/04/2003 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh phần mềm và cung cấp dịch vụ phần mềm tại Việt Nam. Văn bản này làm rõ các quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) áp dụng cho lĩnh vực công nghệ thông tin.

Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với phần mềm và dịch vụ phần mềm

• Đối tượng không chịu thuế GTGT: Theo hướng dẫn, các sản phẩm phần mềm (bao gồm phần mềm đóng gói, phần mềm thiết kế theo yêu cầu, website) và dịch vụ phần mềm (như tư vấn, cài đặt, bảo trì, nâng cấp, chuyển giao công nghệ phần mềm) thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.
• Quy định về lập hóa đơn: Khi lập hóa đơn GTGT cho các sản phẩm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế, cơ sở kinh doanh phải gạch chéo dòng thuế suất và tiền thuế GTGT trên hóa đơn.
• Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Do sản phẩm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào của các hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho quá trình sản xuất, kinh doanh phần mềm sẽ không được khấu trừ hoặc hoàn thuế, mà phải tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Ưu đãi cho doanh nghiệp sản xuất phần mềm: Các doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư sản xuất sản phẩm phần mềm được hưởng các mức thuế suất ưu đãi và được miễn, giảm thuế TNDN theo các quy định về khuyến khích phát triển công nghiệp phần mềm của Chính phủ.
• Điều kiện áp dụng ưu đãi: Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ, đăng ký nộp thuế theo phương pháp kê khai và có hoạt động thực tế về sản xuất, dịch vụ phần mềm theo đúng danh mục quy định.

Quy định về thuế nhập khẩu và nghĩa vụ thuế liên quan

• Thuế nhập khẩu phần mềm: Đối với phần mềm nhập khẩu, việc xác định trị giá tính thuế nhập khẩu được thực hiện theo hướng dẫn của cơ quan Hải quan, trong đó phân biệt rõ giữa trị giá của phương tiện chứa đựng vật lý (đĩa CD, thẻ nhớ, ổ cứng) và trị giá của bản quyền phần mềm được truyền tải.
• Nghĩa vụ thuế của nhà thầu nước ngoài: Trường hợp doanh nghiệp Việt Nam mua phần mềm hoặc dịch vụ phần mềm từ tổ chức, cá nhân nước ngoài không hoạt động tại Việt Nam thì phải thực hiện khấu trừ và nộp thay thuế nhà thầu nước ngoài theo quy định pháp luật hiện hành.