Công văn 690/TCT-KK năm 2018 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc và thống nhất quy trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Nội dung công văn tập trung làm rõ các điều kiện, nguyên tắc bù trừ thuế và các trường hợp không được hoàn thuế theo quy định pháp luật hiện hành.

1. Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế hướng dẫn các điều kiện cốt lõi để người nộp thuế được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư mới bao gồm:

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn hoặc dự án đầu tư phân kỳ) đang trong giai đoạn đầu tư.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, đăng ký đầu tư và các quy định của pháp luật về đầu tư.

2. Nguyên tắc bù trừ và phân loại hồ sơ hoàn thuế

Văn bản hướng dẫn chi tiết phương thức xử lý số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư nhằm đảm bảo tính chính xác:

• Cơ sở kinh doanh phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có).
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì mới thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Đối với dự án đầu tư của chi nhánh hoặc đơn vị phụ thuộc nằm tại tỉnh, thành phố khác với trụ sở chính: Nếu chi nhánh trực tiếp quản lý dự án đầu tư, có con dấu riêng, mở tài khoản tại ngân hàng, đăng ký thuế và kê khai thuế riêng thì được lập hồ sơ hoàn thuế độc lập với trụ sở chính.

3. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Để tránh việc trục lợi và thực hiện sai quy định, Công văn 690/TCT-KK nhấn mạnh các trường hợp không được áp dụng hoàn thuế GTGT:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

4. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc giải quyết hồ sơ

Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương nâng cao vai trò giám sát và hỗ trợ người nộp thuế:

• Thực hiện tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT của người nộp thuế theo đúng quy trình (thuộc diện "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" hoặc "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau").
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với các dự án đầu tư có dấu hiệu rủi ro cao về thuế nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi gian lận.