Trả lời Công văn số 3205/CT-NV ngày 2/5/2001 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh về việc quản lý thu thuế đối với các HTX vận tải.
Căn cứ quy định tại tiết 1.1, điểm 1, mục III, phần B; Điều 4, mục I, phần C, Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành luật thuế giá trị gia tăng (GTGT), căn cứ Thông tư số 99/1998/TT-BTC ngày 14/7/1998 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 30/1998/NĐ-CP ngày 13/5/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành luật thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Sau khi đã báo cáo và được sự chấp thuận của Bộ Tài chính, Tổng cục thuế hướng dẫn về thuế GTGT và thuế TNDN đối với hợp tác xã (HTX) dịch vụ vận tải như sau:
1. Đối với hợp tác xã (HTX) dịch vụ Vận tải:

- Nếu HTX có cung ứng dịch vụ cho xã viên như tìm kiếm một phần khách hàng, cho thuê phương tiện thông tin, kho bãi, bán xăng dầu cho xã viên, sửa chữa phương tiện... HTX phải kê khai nộp thuế GTGT (theo phương pháp khấu trừ) và thuế TNDN.

Thuế GTGT đầu ra: được xác định căn cứ tiền công dịch vụ HTX thu của xã viên và thuế suất thuế GTGT đối với hoạt động dịch vụ.

Thuế GTGT đầu vào được xác định căn cứ số thuế GTGT ghi trên hoá đơn GTGT mua hàng hoá, dịch vụ, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hoá nhập khẩu và số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ (nếu có).

Trường hợp HTX ký hợp đồng vận tải sau đó giao cho xã viên thực hiện, thuế GTGT đầu ra được tính trên toàn bộ giá trị hợp đồng và thuế suất quy định. HTX được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo tỷ lệ nếu có hoá đơn của các xã viên nhận thực hiện lại hợp đồng của HTX giao cho.

- Đối với những khoản thu do xã viên tự nguyện đóng góp theo quy định trong điều lệ HTX hay do đại hội xã viên quyết định để trang trải các hoạt động của Hội đồng quản trị và ban chủ nhiệm, HTX không phải kê khai nộp thuế GTGT.

2. Đối với xã viên HTX dịch vụ Vận tải:

- Xã viên HTX nhận khoán, tự tìm kiếm khách hàng hoặc nhận thực hiện lại hợp đồng do HTX ký kết với khách hàng, tự chịu trách nhiệm kết quả kinh doanh; kinh doanh theo sự điều động của HTX và chỉ phải trả cho HTX một khoản tiền công dịch vụ thì xã viên HTX phải kê khai, nộp thuế GTGT và thuế TNDN với cơ quan thuế. Doanh thu tính thuế là tiền công vận tải xã viên thu được. Đối với xã viên thực hiện chế độ kế toán hộ kinh doanh thì doanh thu tính thuế căn cứ vào sổ sách kế toán, hoá đơn, chứng từ. Trường hợp không thực hiện chế độ kế toán thì cơ quan Thuế được quyền ấn định doanh thu để tính thuế.

Để đảm bảo cho việc ấn định doanh thu tính thuế sát với thực tế kinh doanh và công bằng, bình đẳng với các hộ kinh doanh vận tải tư nhân. Trường hợp HTX không ấn định doanh thu cho xã viên, thì cơ quan Thuế có thể ấn định doanh thu đối với từng đầu xe theo quy định chung tại địa phương, trên cơ sở thống nhất với sở Giao thông công chính và liên minh HTX.

Sau khi đã tính thuế theo mức doanh thu ấn định nếu có căn cứ xác định doanh thu thực tế lớn hơn doanh thu ấn định, được tính lại thuế GTGT, thuế TNDN theo doanh thu thực tế.

Để doanh thu ấn định được sát và đảm bảo công bằng với các cơ sở nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, khi xây dựng mức doanh thu ấn định, cần tham khảo mức doanh thu ấn định HTX xây dựng và giao cho xã viên, đồng thời xem xét đối chiếu với mức thuế bình quân đầu phương tiện của cơ sở kinh doanh vận tải nộp theo phương pháp khấu trừ. Tránh có sự chênh lệch quá lớn giữa phương pháp nộp khấu trừ và phương pháp nộp trực tiếp gây thắc mắc cho các cơ sở kinh doanh và xã viên.

3. Hoá đơn chứng từ:

Khi thu tiền của khách hàng, hay tiền công dịch vụ của xã viên, HTX phải xuất hoá đơn GTGT giao cho người nộp tiền.

Đối với các HTX vận tải chỉ làm dịch vụ hỗ trợ, xã viên tự chịu trách nhiệm kết quả kinh doanh, về nguyên tắc xã viên được sử dụng hoá đơn để cấp cho khách hàng. Tuy nhiên, để thuận tiện cho công tác quản lý hoá đơn, HTX có thể thay mặt xã viên mua hoá đơn và lập hoá đơn thay cho xã viên khi có nhu cầu sử dụng, thay mặt xã viên lập báo cáo sử dụng hoá đơn và chịu sự quản lý của cơ quan thuế về sử dụng hoá đơn. Nếu xã viên tự tìm kiếm khách hàng, HTX lập hoá đơn bán hàng thay cho xã viên giao cho khách hàng. Trên hoá đơn ghi tên xã viên thực hiện, mã số thuế sử dụng mã số của HTX.

Cục thuế hướng dẫn HTX ghi hoá đơn thể hiện rõ doanh thu trên hoá đơn xuất thay của xã viên nào, để thuận tiện cho việc kiểm tra doanh thu, tính thuế đúng với thực tế kinh doanh của từng xã viên.

4. Kê khai nộp thuế:

Các HTX dịch vụ Vận tải phải thực hiện kê khai nộp thuế GTGT, thuế TNDN theo chế độ quy định.

Đối với các HTX dịch vụ vận tải, xã viên tự hạch toán kinh doanh, về nguyên tắc, xã viên phải tự kê khai nộp thuế, tuy nhiên, để thuận tiện cục Thuế cần thống nhất với các ngành ở địa phương và thoả thuận thống nhất với các HTX để HTX đại diện thay mặt xã viên kê khai nộp thuế tập trung.

- Như vậy ngoài tờ khai riêng của HTX, HTX phải kê khai doanh thu, thuế của từng xã viên (tên xã viên, số phương tiện đã bán, doanh thu, thuế phải nộp).

- Khi thu thuế, cơ quan Thuế phải cấp chứng từ nộp thuế riêng cho HTX và cho xã viên.

Nếu HTX không chấp nhận thay mặt xã viên kê khai nộp thuế thay thì từng xã viên phải tự kê khai và nộp thuế.

Các HTX và các doanh nghiệp kinh doanh vận tải khác, nếu có thực hiện các dịch vụ cho xã viên và người lao động như dịch vụ HTX dịch vụ vận tải cung cấp cho xã viên cũng được tính thuế GTGT và thuế TNDN theo hướng dẫn trên.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế biết và thực hiện.