Tiếp theo công văn số 1625/TCT-KK ngày 27/4/2015 của Tổng cục Thuế về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) của Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III, trả lời công văn số 2324/TCT-KTT1 ngày 10/6/2015 của Cục Thuế tỉnh Tây Ninh, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 14, Điều 15, khoản 1 Điều 19, khoản 2 Điều 20 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT;

Căn cứ Khoản 1 (c) Điều 11, Điều 44 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

Căn cứ khoản 2 (b) Điều 14, Điều 23 Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 của Bộ Tài chính; khoản 1 (e) Điều 4, Điều 23 Thông tư số 64/2013/TT-BTC ngày 15/5/2013 của Bộ Tài chính; khoản 1 (e) Điều 4, Điều 26 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ;

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên, thì:

- Trường hợp Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III kỳ từ tháng 12/2013 đến tháng 03/2015 có toàn bộ hóa đơn GTGT bán hàng hóa, dịch vụ và hóa đơn GTGT hàng hóa, dịch vụ mua vào đều mang tên và mã số thuế của Công ty mẹ là Công ty TNHH SEPZONE-Linh Trung (Việt Nam), tất cả chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên đều được thanh toán qua tài khoản của Công ty mẹ, Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III không có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh thì không đảm bảo điều kiện hoàn thuế GTGT theo quy định.

- Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III lập văn bản đề nghị Cục Thuế tỉnh Tây Ninh xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế theo hướng dẫn tại Điều 44 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

- Căn cứ xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III của Cục Thuế tỉnh Tây Ninh, đề nghị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh phối hợp với Cục Thuế tỉnh Tây Ninh kiểm tra, nếu các hóa đơn GTGT đầu ra của Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III sử dụng đã được Công ty TNHH SEPZONE-Linh Trung (Việt Nam) thực hiện thông báo phát hành tại Cục Thuế TP.Hồ Chí Minh và các hóa đơn này gắn với nghiệp vụ kinh tế phát sinh đã được kê khai, nộp thuế theo quy định; Công ty TNHH SEPZONE-Linh Trung (Việt Nam) chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn GTGT do Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III đã kê khai khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Tây Ninh thời gian từ tháng 12/2013 đến tháng 03/2015 thì Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh hướng dẫn Công ty TNHH SEPZONE- Linh Trung (Việt Nam) thực hiện kê khai bổ sung các hóa đơn GTGT kỳ từ tháng 12/2013 đến tháng 03/2015 nêu trên vào kỳ hiện tại.

Trường hợp Công ty TNHH SEPZONE-Linh Trung (Việt Nam) kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn GTGT do Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III đã kê khai khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Tây Ninh thời gian từ tháng 12/2013 đến tháng 03/2015 thì đề nghị Cục Thuế TP Hồ Chí Minh và Cục Thuế tỉnh Tây Ninh căn cứ các quy định hiện hành thực hiện ấn định thuế phải nộp, xử phạt vi phạm hành chính thuế đối với Công ty TNHH SEPZONE- Linh Trung (Việt Nam) và Khu chế xuất và công nghiệp Linh Trung III.

- Kể từ kỳ kê khai tháng 4/2015, đề nghị Cục Thuế tỉnh Tây Ninh, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh hướng dẫn người nộp thuế thực hiện sử dụng hóa đơn, kê khai, nộp thuế theo đúng quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Tây Ninh, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh được biết./.