Công văn 3265/TCT-KK năm 2018 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xử lý hồ sơ khai thuế của người nộp thuế nộp sau khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc sau khi đã ban hành kết luận thanh tra, kiểm tra. Văn bản này giúp thống nhất quy trình nghiệp vụ trong toàn ngành thuế, đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật.

1. Xử lý hồ sơ khai bổ sung trong thời gian thanh tra, kiểm tra thuế

• Khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế, người nộp thuế vẫn có quyền nộp hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh sai sót.
• Đoàn thanh tra, kiểm tra có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung của người nộp thuế để thực hiện kiểm tra, đối chiếu và xác minh trực tiếp trong quá trình thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.
• Số liệu điều chỉnh tại hồ sơ khai bổ sung sẽ được ghi nhận vào biên bản thanh tra, kiểm tra và quyết định xử lý sau thanh tra, kiểm tra (nếu có) để làm cơ sở xử lý vi phạm hành chính về thuế hoặc tính tiền chậm nộp.

2. Xử lý hồ sơ khai bổ sung sau khi đã ban hành kết luận thanh tra, kiểm tra

• Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế của kỳ đã thanh tra, kiểm tra có sai sót và thực hiện khai bổ sung sau khi đã có kết luận, quyết định xử lý về thuế thì xử lý như sau:
• Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp: Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung, nộp đủ số tiền thuế tăng thêm vào ngân sách nhà nước và tự xác định tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật.
• Trường hợp làm giảm số thuế phải nộp: Người nộp thuế không được tự ý điều chỉnh giảm số thuế phải nộp trên tờ khai bổ sung. Thay vào đó, người nộp thuế phải thực hiện thủ tục giải quyết khiếu nại về thuế hoặc đề nghị cơ quan thuế xem xét giải quyết theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
• Trường hợp ảnh hưởng đến số thuế GTGT được khấu trừ: Đối với các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT có liên quan đến kỳ sau (như số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau), người nộp thuế thực hiện điều chỉnh vào chỉ tiêu tương ứng trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại theo đúng kết luận, quyết định xử lý của cơ quan thuế.

3. Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm chỉ đạo các Chi cục Thuế và các bộ phận chức năng thực hiện rà soát chặt chẽ các hồ sơ khai bổ sung của người nộp thuế sau thanh tra, kiểm tra.
• Đảm bảo việc đối chiếu số liệu giữa hồ sơ khai bổ sung với biên bản, kết luận thanh tra, kiểm tra trước đó để tránh việc người nộp thuế lợi dụng khai bổ sung nhằm hoãn nộp thuế hoặc điều chỉnh giảm thuế không đúng quy định.
• Xử lý nghiêm các trường hợp cố tình kê khai sai lệch nhằm trục lợi hoặc trốn thuế sau khi đã có kết luận thanh tra, kiểm tra.