Công văn 1656/TXNK-CST năm 2019 do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xử lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ. Văn bản này tháo gỡ các vướng mắc của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương trong việc áp dụng chính sách thuế, đặc biệt là thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với loại hình giao dịch đặc thù này.

- Phạm vi và đối tượng áp dụng hướng dẫn xử lý thuế

Văn bản tập trung làm rõ các trường hợp hàng hóa được mua bán giữa doanh nghiệp nội địa với doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, hoặc giữa các doanh nghiệp Việt Nam với thương nhân nước ngoài nhưng được chỉ định giao nhận hàng hóa tại Việt Nam (gọi chung là xuất nhập khẩu tại chỗ). Đối tượng chịu tác động trực tiếp bao gồm:

• Các doanh nghiệp thực hiện hoạt động sản xuất xuất khẩu, gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài.
• Các doanh nghiệp nội địa thực hiện nhập khẩu tại chỗ sản phẩm để tiếp tục sản xuất hoặc tiêu dùng.
• Cơ quan hải quan các cấp chịu trách nhiệm kiểm tra, giám sát và áp dụng chính sách thuế đối với tờ khai hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ.

- Nguyên tắc xác định nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ

Công văn 1656/TXNK-CST nhấn mạnh các nguyên tắc cốt lõi trong việc xác định nghĩa vụ thuế xuất khẩu và thuế nhập khẩu đối với hàng hóa giao dịch tại chỗ:

• Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ phải tuân thủ đầy đủ các quy định về chính sách thuế xuất khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan. Nếu mặt hàng thuộc danh mục chịu thuế xuất khẩu, doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế đầy đủ theo quy định pháp luật.
• Hàng hóa nhập khẩu tại chỗ được coi là hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào thị trường nội địa, do đó người nhập khẩu tại chỗ phải kê khai và nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT (nếu có) theo đúng quy định áp dụng cho hàng hóa nhập khẩu thương mại thông thường.
• Việc xác định trị giá tính thuế, thuế suất và thời điểm tính thuế được thực hiện theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thi hành hiện hành.

- Chính sách miễn thuế, hoàn thuế đối với nguyên liệu sản xuất xuất khẩu

Một trong những nội dung trọng tâm của Công văn 1656/TXNK-CST là hướng dẫn xử lý thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu nhưng sản phẩm cuối cùng lại được xuất khẩu tại chỗ:

• Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, sau đó sản phẩm sản xuất ra được xuất khẩu tại chỗ theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, chính sách miễn thuế nhập khẩu được áp dụng nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về quản lý hải quan và thực tế sản xuất.
• Doanh nghiệp phải chứng minh được việc đưa nguyên liệu vào sản xuất thực tế và sản phẩm đã được giao cho đối tác nhập khẩu tại chỗ theo đúng chỉ định của phía nước ngoài.
• Đối với các trường hợp không đáp ứng đủ điều kiện miễn thuế hoặc có sự thay đổi mục đích sử dụng, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai nộp thuế bổ sung và có thể bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định về quản lý thuế.

- Yêu cầu về thủ tục hải quan và hồ sơ minh chứng

Để đảm bảo tính minh bạch và ngăn ngừa gian lận thuế, Cục Thuế xuất nhập khẩu yêu cầu các đơn vị hải quan và doanh nghiệp thực hiện nghiêm túc các thủ tục sau:

• Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ phải thể hiện rõ chứng từ chỉ định giao hàng của thương nhân nước ngoài, hóa đơn thương mại, và tờ khai hải quan đối ứng (tờ khai xuất khẩu tại chỗ và tờ khai nhập khẩu tại chỗ phải khớp đúng về thông tin hàng hóa).
• Doanh nghiệp phải lưu trữ đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ để xuất trình khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan.
• Cơ quan hải quan địa phương có trách nhiệm phối hợp, đối chiếu thông tin giữa tờ khai xuất và tờ khai nhập để đảm bảo hàng hóa thực tế đã được giao nhận và áp dụng đúng chính sách thuế, tránh thất thu ngân sách nhà nước.