Tổng quan về Công văn 1619/TCHQ-TXNK

Công văn 1619/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2018 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố nhằm giải quyết thống nhất các vướng mắc liên quan đến việc xử lý thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu bị nộp nhầm hoặc nộp thừa. Văn bản này thiết lập nguyên tắc phân định thẩm quyền và quy trình phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nội địa, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế, đồng thời ngăn chặn tình trạng hoàn thuế trùng lặp hoặc lợi dụng để khấu trừ thuế sai quy định.

Các nội dung cốt lõi của Công văn 1619/TCHQ-TXNK

1. Nguyên tắc xác định thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa

Văn bản chỉ rõ các căn cứ pháp lý để xác định một khoản thuế GTGT khâu nhập khẩu là nộp nhầm, nộp thừa:

• Khoản tiền thuế GTGT được coi là nộp nhầm, nộp thừa khi người nộp thuế đã nộp vào Ngân sách Nhà nước lớn hơn số tiền thuế phải nộp thực tế theo quy định của pháp luật tại thời điểm thông quan hoặc giải phóng hàng hóa.
• Các trường hợp phổ biến bao gồm: áp sai mã HS dẫn đến áp sai thuế suất, hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nhưng doanh nghiệp vẫn kê khai nộp thuế, hoặc doanh nghiệp nộp trùng tiền thuế cho cùng một tờ khai hải quan.
• Việc xử lý hoàn trả khoản tiền này bắt buộc phải đối chiếu với trạng thái kê khai, khấu trừ thuế của doanh nghiệp tại cơ quan Thuế quản lý trực tiếp nhằm tuân thủ nguyên tắc không hoàn thuế hai lần.

2. Xử lý trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan Thuế nội địa

Đối với số thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa mà doanh nghiệp xác nhận và chứng minh được chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế nội địa:

• Cơ quan Hải quan nơi phát sinh khoản nộp nhầm, nộp thừa có thẩm quyền và trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra tính hợp lệ và ra quyết định hoàn trả tiền thuế cho người nộp thuế.
• Số tiền thuế hoàn trả có thể được thực hiện theo hình thức bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ của các tờ khai khác hoặc hoàn trả trực tiếp vào tài khoản của doanh nghiệp theo quy định pháp luật về quản lý thuế.
• Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan Hải quan có trách nhiệm gửi thông báo bằng văn bản hoặc cập nhật thông tin lên hệ thống dữ liệu liên thông để cơ quan Thuế nội địa biết và giám sát, không cho phép doanh nghiệp đưa chứng từ nộp thuế cũ vào kê khai khấu trừ sau này.

3. Xử lý trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế với cơ quan Thuế nội địa

Đối với trường hợp doanh nghiệp đã đem chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu (khoản nộp nhầm, nộp thừa) đi kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan Thuế nội địa giải quyết hoàn thuế đầu vào:

• Cơ quan Hải quan sẽ không thực hiện hoàn trả lại số tiền thuế GTGT này cho doanh nghiệp tại khâu nhập khẩu nữa để tránh việc hoàn thuế trùng.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ giữ nguyên trạng hồ sơ tại cơ quan Hải quan và thực hiện các thủ tục điều chỉnh, kê khai bổ sung giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trực tiếp với cơ quan Thuế nội địa quản lý trực tiếp theo quy định của Luật Quản lý thuế.
• Cơ quan Hải quan sẽ thực hiện điều chỉnh giảm số thuế GTGT phải nộp trên hệ thống thông tin hải quan tương ứng với số liệu thực tế để đảm bảo tính chính xác của dữ liệu hải quan.

4. Cơ chế phối hợp thông tin giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

Để việc xử lý được nhanh chóng và chính xác, Công văn 1619/TCHQ-TXNK yêu cầu tăng cường sự phối hợp liên ngành:

• Khi tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa, cơ quan Hải quan phải chủ động tra cứu hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc gửi văn bản xác minh gửi cơ quan Thuế nội địa quản lý doanh nghiệp.
• Cơ quan Thuế nội địa có trách nhiệm rà soát hệ thống báo cáo thuế của doanh nghiệp, xác nhận rõ doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ hay hoàn thuế đối với hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu đó chưa và phản hồi bằng văn bản cho cơ quan Hải quan trong thời hạn quy định.
• Hai cơ quan cùng thực hiện ghi nhận kết quả xử lý cuối cùng lên hệ thống cơ sở dữ liệu chung để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thuế sau này.