Công văn 1269/TCHQ-TXNK được ban hành bởi Tổng cục Hải quan vào năm 2015 nhằm hướng dẫn cụ thể về thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu, đặc biệt là các mặt hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp theo quy định mới tại Luật số 71/2014/QH13. Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc tháo gỡ vướng mắc cho cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp nhập khẩu trong giai đoạn chuyển tiếp chính sách thuế.

- Quy định về thuế GTGT đối với phân bón, thức ăn chăn nuôi nhập khẩu

Công văn làm rõ việc chuyển đổi nhóm mặt hàng từ diện chịu thuế GTGT sang diện không chịu thuế GTGT theo quy định pháp luật:

• Mặt hàng phân bón: Các loại phân bón nhập khẩu bao gồm phân hữu cơ, phân vô cơ, phân vi sinh và các loại phân bón khác thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT từ khâu nhập khẩu đến khâu lưu thông nội địa.
• Thức ăn chăn nuôi: Thức ăn cho gia súc, gia cầm, thủy sản và các loại thức ăn cho vật nuôi khác, bao gồm cả các loại phụ gia chế biến thức ăn chăn nuôi nhập khẩu (đã được cơ quan quản lý chuyên ngành xác nhận) cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
• Nguyên liệu sản xuất: Các loại nguyên liệu nhập khẩu dùng để sản xuất thức ăn chăn nuôi thuộc diện không chịu thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn kỹ thuật và danh mục quy định.

- Xác định máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp

Một trong những nội dung trọng tâm của Công văn 1269/TCHQ-TXNK là hướng dẫn phân loại và áp dụng chính sách không chịu thuế GTGT đối với máy móc chuyên dùng nông nghiệp:

• Danh mục máy móc được miễn thuế: Bao gồm các loại máy cày, máy bừa, máy phay, máy gieo hạt, máy cấy, máy gặt, máy tuốt lúa, máy thu hoạch nông sản, máy làm đất, máy phun thuốc bảo vệ thực vật, hệ thống tưới tiêu chuyên dùng cho nông nghiệp.
• Nguyên tắc áp dụng: Để được áp dụng đối tượng không chịu thuế GTGT, các thiết bị này phải được xác định là chuyên dùng cho sản xuất nông nghiệp, không thể sử dụng cho mục đích khác hoặc phải có xác nhận của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hoặc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn các tỉnh, thành phố.
• Linh kiện, phụ tùng đồng bộ: Linh kiện, phụ tùng nhập khẩu đồng bộ đi kèm để lắp ráp hoặc thay thế cho các loại máy móc chuyên dùng nông nghiệp nêu trên cũng được áp dụng chính sách không chịu thuế GTGT.

- Hướng dẫn thủ tục hải quan và xử lý thuế trong giai đoạn chuyển tiếp

Để đảm bảo tính thống nhất trong quá trình thực hiện, Tổng cục Hải quan đưa ra các chỉ đạo cụ thể đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố:

• Khai báo trên tờ khai hải quan: Doanh nghiệp nhập khẩu thực hiện khai báo mã đối tượng không chịu thuế GTGT theo đúng hướng dẫn trên hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS.
• Xử lý thuế nộp thừa: Đối với các trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT ở mức 5% cho các mặt hàng thuộc đối tượng không chịu thuế từ ngày 01/01/2015 (ngày Luật số 71/2014/QH13 có hiệu lực) đến trước thời điểm ban hành hướng dẫn, cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả hoặc bù trừ thuế nộp thừa theo quy định của Luật Quản lý thuế.
• Công tác kiểm tra, giám sát: Cơ quan hải quan địa phương có trách nhiệm kiểm tra thực tế hàng hóa, đối chiếu hồ sơ nhập khẩu để tránh việc lợi dụng chính sách miễn thuế GTGT đối với các mặt hàng nhập khẩu không đúng mục đích chuyên dùng cho nông nghiệp.

- Ý nghĩa và tác động của văn bản đối với doanh nghiệp và nền kinh tế

Công văn 1269/TCHQ-TXNK mang lại nhiều tác động tích cực đối với hoạt động sản xuất kinh doanh:

• Giảm chi phí đầu vào cho ngành nông nghiệp: Việc miễn thuế GTGT đối với phân bón, thức ăn chăn nuôi và máy móc nông nghiệp giúp giảm giá thành sản xuất, hỗ trợ trực tiếp cho người nông dân và nâng cao năng lực cạnh tranh của nông sản Việt Nam.
• Tạo sự minh bạch, thống nhất: Giúp các doanh nghiệp nhập khẩu chủ động trong kế hoạch tài chính và thực hiện thủ tục thông quan nhanh chóng, tránh các tranh chấp không đáng có với cơ quan hải quan về áp mức thuế suất.