Công văn 10923/CT-TTHT do Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn quan trọng về nghiệp vụ kê khai thuế đối với các chi nhánh hạch toán phụ thuộc của doanh nghiệp. Văn bản này tháo gỡ các vướng mắc cho doanh nghiệp trong việc xác định nghĩa vụ kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân và lệ phí môn bài tại trụ sở chính cũng như tại địa bàn nơi có chi nhánh đóng trụ sở.

- Quy định về kê khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT)

• Đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc cùng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với trụ sở chính: Doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính. Trường hợp chi nhánh có con dấu riêng, có tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, tự phát hành và sử dụng hóa đơn thì có thể đăng ký kê khai, nộp thuế GTGT riêng với cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh.
• Đối với chi nhánh hạch toán phụ thuộc khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với trụ sở chính: Chi nhánh phải thực hiện nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của chi nhánh. Nếu chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp.

- Quy định về kê khai thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Nguyên tắc chung: Chi nhánh hạch toán phụ thuộc không phải nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp độc lập. Doanh nghiệp có trách nhiệm khai quyết toán thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính, bao gồm cả phần doanh thu, chi phí phát sinh tại các chi nhánh hạch toán phụ thuộc.
• Trường hợp chi nhánh là cơ sở sản xuất khác tỉnh: Nếu doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở khác tỉnh, thành phố với nơi đóng trụ sở chính thì số thuế TNDN tính nộp được phân bổ cho nơi có trụ sở chính và nơi có cơ sở sản xuất theo tỷ lệ chi phí giữa các địa bàn.

- Quy định về kê khai thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

• Trường hợp chi nhánh trực tiếp chi trả thu nhập: Nếu chi nhánh hạch toán phụ thuộc trực tiếp chi trả tiền lương, tiền công cho người lao động thì chi nhánh có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thuế TNCN tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh.
• Trường hợp trụ sở chính chi trả thu nhập: Nếu việc chi trả thu nhập cho người lao động tại chi nhánh do trụ sở chính thực hiện chi trả tập trung thì trụ sở chính có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thuế TNCN cho toàn bộ người lao động, bao gồm cả nhân sự làm việc tại chi nhánh.

- Quy định về kê khai và nộp Lệ phí môn bài (Thuế môn bài)

• Địa điểm nộp thuế môn bài: Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có nghĩa vụ nộp thuế môn bài tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh, bất kể chi nhánh đó ở cùng tỉnh hay khác tỉnh với trụ sở chính.
• Trường hợp chi nhánh ở cùng địa phương cấp tỉnh nhưng khác địa bàn cấp huyện: Việc kê khai và nộp thuế môn bài được thực hiện tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh hoặc chi cục thuế nơi chi nhánh đặt trụ sở.

- Ý nghĩa pháp lý và lưu ý đối với doanh nghiệp

Công văn 10923/CT-TTHT giúp làm rõ ranh giới trách nhiệm thuế giữa trụ sở chính và chi nhánh hạch toán phụ thuộc. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát mô hình hoạt động của chi nhánh (có phát sinh doanh thu, có trực tiếp chi trả lương, có con dấu và tài khoản riêng hay không) để áp dụng đúng phương thức kê khai thuế, tránh các rủi ro pháp lý về chậm nộp hoặc kê khai sai địa bàn quy định.