BỘ Y TẾ -------	CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc ---------------
Số: 3612/QĐ-BYT	Hà Nội, ngày 21 tháng 11 năm 2025

 

QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH TÀI LIỆU CHUYÊN MÔN “HƯỚNG DẪN CHỈ ĐỊNH VÀ SỬ DỤNG XÉT NGHIỆM VI SINH LÂM SÀNG”

BỘ TRƯỞNG BỘ Y TẾ

Căn cứ Luật Khám bệnh, chữa bệnh năm 2023;

Căn cứ Nghị định số 42/2025/NĐ-CP ngày 27 tháng 02 năm 2025 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế;

Theo đề nghị của Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này tài liệu chuyên môn “Hướng dẫn chỉ định và sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng”.

Điều 2. Tài liệu chuyên môn “Hướng dẫn chỉ định và sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng” được áp dụng tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh trong cả nước.

Điều 3. Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày ký, ban hành.

Điều 4. Các ông, bà: Chánh Văn phòng Bộ; Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh; Cục trưởng, Vụ trưởng các Cục, Vụ thuộc Bộ Y tế; Giám đốc các bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế; Giám đốc Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Thủ trưởng Y tế các ngành và các cơ quan, đơn vị liên quan chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./

 

Nơi nhận: - Như Điều 4; - Bộ trưởng (để báo cáo); - Các Thứ trưởng; - BHXHVN - Bộ Tài chính; - Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế; - Website Cục QLKCB; - Lưu: VT, KCB.

KT. BỘ TRƯỞNG THỨ TRƯỞNG Trần Văn Thuấn

 

HƯỚNG DẪN CHỈ ĐỊNH VÀ SỬ DỤNG

XÉT NGHIỆM VI SINH LÂM SÀNG

(Ban hành kèm theo Quyết định số 3612 /QĐ-BYT ngày 21 tháng 11 năm 2025 của Bộ trưởng Bộ Y tế)

 

Chỉ đạo biên soạn
GS.TS. Trần Văn Thuấn	Thứ trưởng Bộ Y tế
TS. Hà Anh Đức	Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh (QLKCB)
Chủ biên
GS.TS. Nguyễn Gia Bình	Chủ tịch Hội Hồi sức cấp cứu và chống độc Việt Nam, Nguyên trưởng Khoa Hồi sức tích cực - Bệnh viện Bạch Mai
PGS.TS. Đoàn Mai Phương	Giám đốc kỹ thuật chuyên ngành Vi sinh - Hệ thống Vinmec, Nguyên Trưởng khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai
TS. Nguyễn Trọng Khoa	Phó Cục trưởng Cục QLKCB
Tham gia biên soạn, thẩm định
PGS.TS. Phạm Hồng Nhung	Phó Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Bạch Mai
TS. Nguyễn Phú Hương Lan	Nguyên Phó Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP. Hồ Chí Minh
TS. Hoàng Thị Bích Ngọc	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Nhi Trung ương
PGS.TS. Tạ Anh Tuấn	Trưởng khoa Điều trị tích cực nội khoa, Bệnh viện Nhi Trung ương
TS. Trương Thái Phương	Phó Viện trưởng Viện Xét nghiệm Y học, Bệnh viện Bạch Mai
TS. Bùi Tiến Sỹ	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Trung ương Quân đội 108
TS. Phạm Quỳnh Hoa	Trưởng khoa Xét nghiệm Vi sinh, Nấm, Ký sinh trùng, Bệnh viện Da liễu Trung ương
TS. Trần Cẩm Vân	Nguyên Trưởng Khoa Xét nghiệm Vi sinh, Nấm, Ký sinh trùng, Bệnh viện Da liễu Trung ương
TS. Huỳnh Minh Tuấn	Quản lý và điều hành Khoa Vi sinh, Bệnh viện Đại học Y Dược TP.HCM
TS. Mai Văn Tuấn	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Trung ương Huế
TS. Trương Thiên Phú	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Chợ Rẫy
TS. Văn Đình Tráng	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương
ThS. Trần Anh Thư	Phụ trách khoa Vi Sinh, Bệnh viện Mắt Trung ương
BSCKII. Lê Quốc Thịnh	Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Nhi đồng 1
BSCKII. Phạm Thanh Việt	Phó Giám đốc phụ trách điều hành Bệnh viện Chợ Rẫy
PGS.TS. Vũ Văn Giáp	Phó Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai
BSCK2. Phạm Như Vĩnh Tuyên	Phó Giám đốc Bệnh viện Đa khoa Trung ương Huế
TS. Huỳnh Hồng Quang	Phó Viện trưởng Viện sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn
PGS.TS. Đặng Quốc Tuấn	Nguyên Giám đốc Trung tâm Hồi sức tích cực, Bệnh viện Bạch Mai
PGS.TS. Võ Hồng Khôi	Giám đốc Trung tâm Thần kinh, Bệnh viện Bạch Mai
PGS.TS. Lê Thị Hồng Hanh	Giám đốc Trung tâm hô hấp, Bệnh viện Nhi Trung ương
PGS.TS. Nguyễn Văn Hùng	Giám đốc Trung tâm Cơ xương khớp, Bệnh viện Bạch Mai
TS. Lê Quốc Hùng	Trưởng khoa bệnh nhiệt đới, Bệnh viện Chợ Rẫy
PGS.TS. Nguyễn Tuyết Xương	Nguyên Trưởng khoa Tai - Mũi - Họng, Bệnh viện Nhi Trung ương
PGS.TS. Đỗ Trung Dũng	Trưởng khoa Ký sinh trùng, Viện Ký sinh trùng sốt rét - ký sinh trùng Trung ương
Thư ký
ThS. Trương Lê Vân Ngọc	Trưởng phòng Nghiệp vụ, Cục QLKCB
BS. Nguyễn Thị Dung	Chuyên viên Phòng Nghiệp vụ, Cục QLKCB
CN. Đỗ Thị Thư	Cục QLKCB

 

MỤC LỤC

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

PHẦN I. ĐẠI CƯƠNG VI SINH

PHẦN II. ĐỊNH HƯỚNG LÂM SÀNG CHỈ ĐỊNH XÉT NGHIỆM

1. Nhiễm trùng huyết và nhiễm trùng tim mạch

2. Nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương

3. Nhiễm trùng mắt

4. Nhiễm trùng vị trí đầu, cổ

5. Nhiễm trùng đường hô hấp

6. Nhiễm trùng đường tiêu hoá

7. Nhiễm trùng ổ bụng

8. Nhiễm trùng xương khớp

9. Nhiễm trùng hệ tiết niệu

10. Nhiễm trùng lây truyền qua đường tình dục

11. Nhiễm trùng Da và niêm mạc

12. Hội chứng nhiễm Virus

13. Bệnh lây truyền qua côn trùng, tiết túc, nhiễm ký sinh trùng trong máu, mô

14. Nhiễm khuẩn Bệnh viện

15. Hướng dẫn lấy, bảo quản và vận chuyển bệnh phẩm xét nghiệm vi sinh

 

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

STT	Viết tắt	Tiếng Anh	Tiếng Việt
1.	AMR	Antimicrobial Resistance	Kháng thuốc của các vi sinh vật
2.	AST	Antimicrobial Susceptibility Testing	Thử nghiệm độ nhạy kháng sinh
3.	AFB	Acid-Fast Bacilli	Trực khuẩn kháng cồn - kháng acid
4.	CLSI	Clinical and Laboratory Standards Institute	Viện Tiêu chuẩn Phòng xét nghiệm và Lâm sàng Hoa Kỳ
5.	CMV	Cytomegalovirus
6.	CT/GC	Chlamydia trachomatis / Neisseria gonorrhoeae
7.	CRE	Carbapenem-Resistant Enterobacterales	Vi khuẩn đường ruột kháng carbapenem
8.	DNA	Axit deoxyribonucleic
9.	DNT	Dịch não tuỷ
10.	EIA	Enzyme Immunoassay	Xét nghiệm miễn dịch enzyme
11.	ELISA	Enzyme-Linked Immunosorbent Assay	Xét nghiệm miễn dịch hấp phụ liên kết enzyme
12.	EDTA	Ethylenediaminetetraacetic acid
13.	E-test	Gradient diffusion test	Thử nghiệm khuếch tán gradient (E-test)
14.	HPV	Human Papilloma Virus	Virus gây u nhú ở người
15.	HACEK	Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella, Kingella	Nhóm vi khuẩn Gram âm hiếu khí
16.	HIV	Human Immunodeficiency Virus	Virus gây suy giảm miễn dịch ở người
17.	HSV	Herpes simplex virus
18.	IgG/IgM	Immunoglobulin G / M	Kháng thể lớp G / M
19.	KOH	Kali hydroxyd
20.	LPA	Line Probe Assay
21.	MALDI-TOF MS	Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of- Flight Mass Spectrometry	Phổ khối lượng thời gian bay ion hóa laser hỗ trợ ma trận
22.	MRSA	Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus	Tụ cầu vàng kháng methicillin
23.	MSSA	Methicillin-Sensitive Staphylococcus aureus	Tụ cầu vàng nhạy methicillin
24.	MIC	Minimum Inhibitory Concentration	Nồng độ ức chế tối thiểu
25.	MCV	Molluscum contagiosum virus
26.	NAAT	Nucleic Acid Amplification Test	Xét nghiệm khuếch đại axit nucleic
27.	NSX		Nhà sản xuất
28.	PCR	Polymerase chain reaction
29.	PXN		Phòng xét nghiệm
30.	RNA	Axit ribonucleic
31.	RIA	Radioimmunoassay	Xét nghiệm miễn dịch phóng xạ
32.	XN		Xét nghiệm
33.	UTI		Nhiễm trùng đường tiết niệu
34.	VZV	Varicella-Zoster virus
35.	VRE	Vancomycin-Resistant Enterococci	Enterococci kháng vancomycin

 

PHẦN I. ĐẠI CƯƠNG VI SINH

1. Tổng quan

1.1. Vi sinh học và vi sinh y học

Vi sinh học (microbiology) là môn khoa học nghiên cứu về các vi sinh vật - một nhóm lớn và đa dạng các sinh vật có kích thước nhỏ, mắt thường không nhìn thấy được mà phải quan sát bằng kính hiển vi. Vi sinh vật là những sinh vật đơn bào đứng riêng rẽ hay xếp thành đám, bao gồm cả các vi-rút, những sinh vật có kích thước nhỏ nhưng không có cấu trúc tế bào. Vi sinh vật có ảnh hưởng to lớn đến sự sống và thành phần vật lý, hóa học của hành tinh chúng ta, tham gia vào quá trình chuyển hóa các nguyên tố hóa học cần thiết cho sự sống, bao gồm carbon, nitơ, lưu huỳnh, hydro và oxy.

Vi sinh Y học (medical microbiology) là một chuyên ngành của vi sinh học, tập trung nghiên cứu các vi sinh vật gây bệnh cho người, bao gồm cơ chế gây bệnh, phương pháp chẩn đoán, điều trị và các biện pháp phòng ngừa.

Vi sinh Lâm sàng (clinical microbiology) là lĩnh vực ứng dụng của vi sinh y học, sử dụng các phương pháp xét nghiệm (XN) trong phòng thí nghiệm để chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng. Đây là một khoa học mang tính diễn giải, đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa bác sĩ lâm sàng và chuyên gia xét nghiệm vi sinh để đảm bảo kết quả có ý nghĩa và phù hợp với bối cảnh lâm sàng của người bệnh.

1.2. Phân loại và đặc điểm các vi sinh vật y học

Vi sinh vật gây bệnh cho người được phân thành bốn nhóm chính: vi rút, vi khuẩn, nấm và ký sinh trùng.

a) Vi rút

Vi rút là những phần tử lây nhiễm nhỏ nhất, có đường kính từ 18 đến 600 nanomet (hầu hết vi rút có kích thước <200 nm và không thể nhìn thấy bằng kính hiển vi quang học). Vi rút thường chứa axit deoxyribonucleic (DNA) hoặc axit ribonucleic (RNA) nhưng không chứa cả hai; tuy nhiên có một số ngoại lệ như prion không chứa bất kỳ axit nucleic nào hoặc Mimivirus được phát hiện gần đây chứa cả RNA và DNA.

Các axit nucleic cần cho sự sao chép của vi rút được bao bọc trong một lớp vỏ protein, có thể có hoặc không có lớp màng bọc lipid. Vi rút là một sinh vật ký sinh thật sự, cần tế bào ký chủ để nhân lên. Các tế bào mà chúng lây nhiễm và phản ứng của ký chủ đối với sự lây nhiễm quyết định bản chất của các biểu hiện lâm sàng. Trên 2000 loài vi rút đã được mô tả, trong đó có khoảng 650 loài lây nhiễm cho người và động vật. Nhiễm vi rút có thể dẫn đến sự sao chép nhanh chóng của vi rút làm phá hủy tế bào hoặc dẫn đến tình trạng nhiễm vi rút kéo dài với sự tích hợp thông tin di truyền của vi rút vào bộ gen của ký chủ.

b) Vi khuẩn

Vi khuẩn có cấu tạo tương đối đơn giản. Chúng là những sinh vật nhân sơ - sinh vật đơn bào đơn giản không có màng nhân, ti thể, thể Golgi hoặc lưới nội sinh chất - sinh sản bằng cách phân chia vô tính.

Vách tế bào vi khuẩn là một cấu trúc phức tạp, với hai dạng cơ bản: vách tế bào vi khuẩn Gram dương có lớp peptidoglycan dày và vách tế bào vi khuẩn Gram âm có lớp peptidoglycan mỏng với màng ngoài bao bọc. Một số vi khuẩn thiếu cấu trúc vách tế bào nên chỉ tồn tại bên trong tế bào ký chủ hoặc trong môi trường ưu trương.

Kích thước (1 đến 20 µm hoặc lớn hơn), hình dạng (hình cầu, hình que, hình xoắn) và cách sắp xếp trong không gian (đứng riêng lẻ, xếp thành chuỗi, thành cụm) của tế bào vi khuẩn được sử dụng để phân loại sơ bộ vi khuẩn; các đặc tính kiểu hình và kiểu gen của vi khuẩn là cơ sở để phân loại chính xác.

Cơ thể con người là nơi sinh sống của hàng nghìn loài vi khuẩn khác nhau, một số chỉ sống trong thời gian ngắn, một số khác sống ký sinh lâu dài. Tương tự như vậy, môi trường xung quanh chúng ta, bao gồm không khí, nước uống, thức ăn, … có chứa rất nhiều vi khuẩn, trong đó có một số vi khuẩn không gây hại và một số khác có khả năng gây ra các bệnh chết người. Vi khuẩn có thể gây bệnh do độc tố, do sự xâm lấn vào các mô và dịch cơ thể vô trùng hoặc do các yếu tố độc lực khác.

c) Nấm

Cấu trúc tế bào của nấm phức tạp hơn so với vi khuẩn. Nấm là những sinh vật nhân thực có màng nhân, ti thể, thể Golgi và lưới nội sinh chất. Nấm có thể tồn tại ở dạng đơn bào (nấm men) có thể nhân lên vô tính hoặc ở dạng sợi (nấm sợi) có thể nhân lên vô tính và hữu tính. Phần lớn nấm tồn tại dưới dạng nấm men hoặc nấm sợi; tuy nhiên có một số loại nấm có thể chuyển đổi giữa hai dạng, chúng được gọi là nấm lưỡng hình (dimorphic) ví dụ như Histoplasma, Blastomyces và Coccidioides.

d) Ký sinh trùng

Ký sinh trùng là những vi sinh vật phức tạp nhất. Tất cả các ký sinh trùng đều được phân loại là sinh vật nhân thực, một số là đơn bào, một số là đa bào. Ký sinh trùng có kích thước rất thay đổi và dưới 50 μm, có thể rất nhỏ như các động vật nguyên sinh có đường kính từ 4 đến 5 µm (bằng kích thước của một số vi khuẩn), nhưng có trường hợp ngoại lệ Balantidium coli có thể dài đến 150 μm, hoặc có thể rất lớn như sán dây (Taenia spp.) có thể dài tới 10 mét hoặc các động vật chân khớp (Demodex spp.). Thật sự nếu xét về kích thước, thật khó để tưởng tượng rằng ký sinh trùng được phân loại là vi sinh vật.

Vòng đời của các ký sinh trùng rất phức tạp, một số ký sinh trùng có thể ký sinh vĩnh viễn trong cơ thể người, một số khác có thể trải qua một loạt các giai đoạn phát triển trong cơ thể của nhiều loài động vật khác nhau. Một trong những khó khăn khi tìm hiểu về ký sinh trùng là không chỉ cần tìm hiểu về các bệnh cảnh lâm sàng mà còn phải hiểu biết về dịch tễ học của các bệnh ký sinh trùng để chẩn đoán phân biệt cũng như kiểm soát và phòng chống các bệnh này.

Sự phát triển của các phương pháp phân tích di truyền, đặc biệt là giải trình tự gen, đã và đang làm thay đổi hệ thống phân loại vi sinh vật. Tên của nhiều loài vi khuẩn, nấm có thể được cập nhật để phản ánh chính xác hơn mối quan hệ di truyền của chúng. Sự thay đổi này có thể làm rõ các mối tương quan lâm sàng và các kiểu hình kháng thuốc mà trước đây chưa được giải thích rõ ràng. Do đó, các phòng xét nghiệm (PXN) vi sinh lâm sàng cần cập nhật danh pháp theo các cơ sở dữ liệu phân loại học quốc tế uy tín, và các bác sĩ lâm sàng cần trao đổi với phòng xét nghiệm khi gặp các tên vi sinh vật mới hoặc không quen thuộc trên phiếu kết quả.

1.3. Hệ vi sinh vật người

Thuật ngữ "hệ vi sinh vật người" (human microbiome) được sử dụng để chỉ toàn bộ quần thể vi sinh vật (vi khuẩn, virus, nấm, archaea) và vật chất di truyền của chúng cùng tồn tại trên và trong cơ thể người khỏe mạnh. Khái niệm này đã thay thế cho thuật ngữ cũ "hệ vi khuẩn chí" (normal flora) để phản ánh sự đa dạng và phức tạp của hệ sinh thái này. Số lượng tế bào vi sinh vật trong cơ thể người ước tính xấp xỉ bằng số lượng tế bào của chính cơ thể người. Hệ vi sinh vật này không phân bố đồng đều mà có sự khác biệt lớn về thành phần và mật độ tại các vị trí khác nhau như da, đường tiêu hóa, đường hô hấp, và hệ sinh dục-tiết niệu, tạo nên các hệ sinh thái vi mô đặc trưng (Bảng 1).

Hệ vi sinh vật người là hàng rào bảo vệ đầu tiên giúp cơ thể chống lại các tác nhân gây bệnh, hỗ trợ quá trình tiêu hóa, chuyển hóa các chất độc và góp phần vào sự trưởng thành của hệ thống miễn dịch. Khi hệ vi sinh vật bị thay đổi hoặc kích hoạt phản ứng viêm, có thể gây ra bệnh lý như viêm âm đạo nhiễm khuẩn, viêm nha chu và viêm ruột (inflammatory bowel disease).

Vai trò của hệ vi sinh vật người

Da và niêm mạc luôn chứa nhiều loại vi sinh vật được chia thành (1) vi sinh vật tồn tại lâu dài (resident microbiota), là tập hợp nhiều loại vi sinh vật tương đối cố định, thường xuyên được tìm thấy ở một vùng cơ thể nhất định ở một độ tuổi nhất định, nếu tập hợp vi sinh vật này bị xáo trộn thì sẽ nhanh chóng thiết lập lại trạng thái cũ và (2) vi sinh vật tồn tại thoáng qua (transient microbiota), bao gồm các vi sinh vật không gây bệnh hoặc có khả năng gây bệnh, cư trú trên da hoặc niêm mạc trong nhiều giờ, nhiều ngày hoặc nhiều tuần, có nguồn gốc từ môi trường, không gây bệnh, không tồn tại vĩnh viễn. Khi hệ vi sinh vật tồn tại lâu dài ở trạng thái bình thường, các vi sinh vật tồn tại thoáng qua không có ý nghĩa, nhưng khi hệ vi sinh vật tồn tại lâu dài bị thay đổi, các vi sinh vật tồn tại thoáng qua này có thể chiếm cư, tăng sinh và gây bệnh.

Các vị trí khác nhau trên da hoặc niêm mạc có hệ vi khuẩn đặc trưng (bảng 1)

Bảng 1. Hệ vi khuẩn thường trú trên cơ thể[1]

Da	Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus (số lượng ít) Micrococcus spp. Streptococci tiêu huyết α và không tiêu huyết (Streptococcus mitis) Corynebacterium spp. Propionibacterium spp. Peptostreptococcus spp. Acinetobacter spp. Số lượng ít các vi sinh vật khác (Candida spp., Pseudomonas aeruginosa, …)
Họng mũi	Số lượng bất kỳ: diphtheroid, các loài Neisseria không gây bệnh, S. epidermidis, streptococci tiêu huyết α và không tiêu huyết, vi khuẩn kỵ khí (rất nhiều loài, trong đó có Prevotella spp., các cầu khuẩn kỵ khí, Fusobacterium spp.). Số lượng ít hơn các loài trên: nấm men, Haemophilus spp., phế cầu, S. aureus, trực khuẩn Gram âm, Neisseria meningitidis.
Đường tiêu hóa	Nhiều loại vi khuẩn đường ruột, ngoại trừ Salmonella, Shigella, Yersinia, Vibrio và Campylobacter spp. Trực khuẩn Gram âm không lên men glucose Enterococci Streptococci tiêu huyết α và không tiêu huyết Diphtheroid S. aureus với số lượng ít Nấm men với số lượng ít Vi khuẩn kỵ khí với số lượng nhiều (rất nhiều loài)
Đường sinh dục	Số lượng bất kỳ: Corynebacterium spp., Lactobacillus spp., streptococci tiêu huyết α và không tiêu huyết, các loài Neisseria không gây bệnh. Hỗn hợp vi khuẩn với số lượng không nhiều: enterococci, vi khuẩn đường ruột và các trực khuẩn Gram âm khác, S. epidermidis, Candida albicans và các loại nấm men khác. Vi khuẩn kỵ khí (rất nhiều loài): Prevotella, Clostridium và Peptostreptococcus spp., …

Các vi sinh vật nuôi cấy được trong phòng thí nghiệm chỉ đại diện cho một phần rất nhỏ của hệ vi sinh vật người. Khi dùng phản ứng polymerase chain reaction (PCR) để phát hiện rDNA 16S của vi khuẩn, đã phát hiện được rất nhiều vi khuẩn mà trước đây chưa xác định được. Số loài vi sinh vật của hệ vi sinh vật người lớn hơn nhiều so với số lượng đã biết trước đây. Như vậy, hiểu biết về hệ vi sinh vật người đang được nghiên cứu và có thể sẽ thay đổi.

Các vi sinh vật thường là vi sinh vật hội sinh (commensal), thu lợi từ ký chủ nhưng chung sống hòa bình và không gây hại cho ký chủ. Tuy nhiên ở một số vị trí như ruột, mối quan hệ này có thể là cộng sinh, hai bên đều có lợi.

Hệ vi sinh vật người có vai trò nhất định trong việc duy trì sức khỏe và chức năng bình thường. Hệ vi sinh vật trong đường tiêu hóa tổng hợp vitamin K, các hợp chất có hoạt tính sinh học như axit 3-indolepropionic (IPA) và hỗ trợ hấp thu nhiều chất dinh dưỡng.

Trên niêm mạc và da, hệ vi sinh vật có thể ngăn chặn sự chiếm cư của các tác nhân gây bệnh thông qua các cơ chế như cạnh tranh các thụ thể hoặc vị trí liên kết trên tế bào ký chủ, cạnh tranh chất dinh dưỡng, ức chế lẫn nhau bởi các sản phẩm chuyển hóa hoặc độc tố, ức chế lẫn nhau bởi các chất có tính kháng khuẩn hoặc bacteriocins, …Khi hệ vi sinh vật bị ức chế, sẽ tạo ra khoảng trống và được lấp vào bởi các vi sinh vật từ môi trường hoặc từ các vị trí khác của cơ thể. Những vi sinh vật này có thể là tác nhân gây bệnh cơ hội và gây bệnh.

Mặt khác, bản thân các vi sinh vật thường trú cũng có thể gây bệnh trong những tình trạng nhất định. Những vi sinh vật này thích nghi và không gây bệnh ở môi trường sống bình thường nhưng nếu được đưa vào máu hoặc các mô thì có thể trở thành tác nhân bệnh. Ví dụ, streptococci nhóm viridans là vi sinh vật thường trú ở đường hô hấp trên. Nếu một lượng lớn vi khuẩn này đi vào máu (ví dụ: sau khi nhổ răng hoặc phẫu thuật răng miệng), chúng có thể lắng đọng trên các van tim bị biến dạng hoặc van nhân tạo và gây ra viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn.

Bacteroides spp. là vi khuẩn thường trú phổ biến của ruột già và không gây bệnh khi ở vị trí đó. Tuy nhiên, nếu vi khuẩn vào khoang phúc mạc hoặc vào các mô vùng chậu do các chấn thương, sẽ gây ra nhiễm khuẩn sinh mủ và nhiễm khuẩn huyết.

Có nhiều ví dụ khác, nhưng điểm quan trọng là hệ vi sinh vật người là vô hại và có thể có lợi ở vị trí bình thường của chúng trong cơ thể ký chủ và khi không có các bất thường kèm theo. Các vi sinh vật này có thể gây bệnh nếu đi vào các vị trí khác với số lượng lớn và nếu có các yếu tố bất thường.

Loạn khuẩn là tình trạng mất cân bằng về thành phần, chức năng hoặc sự phân bố của hệ vi sinh vật. Tình trạng này có thể do nhiều yếu tố gây ra như sử dụng kháng sinh, thay đổi chế độ ăn, stress, hoặc các bệnh lý nền. Loạn khuẩn có liên quan đến nhiều bệnh lý, không chỉ các bệnh nhiễm trùng như nhiễm Clostridioides difficile sau khi dùng kháng sinh, mà còn cả các bệnh viêm mạn tính, tự miễn và chuyển hóa như bệnh viêm ruột (IBD), hen phế quản, dị ứng, béo phì và đái tháo đường type 2.

2. Sinh bệnh học nhiễm khuẩn

2.1. Định nghĩa

Sinh bệnh học nhiễm khuẩn bao gồm sự khởi đầu quá trình nhiễm khuẩn và các cơ chế dẫn đến sự phát triển dấu hiệu và triệu chứng của bệnh.

Các bệnh nhiễm trùng có sự tương tác giữa ba yếu tố:

- Người bị nhiễm trùng: khi bị nhiễm trùng, một loạt các đáp ứng của cơ thể được tạo ra. Đáp ứng có thể khu trú tại vị trí nhiễm trùng hoặc toàn thân, đáp ứng miễn dịch có thể là miễn dịch bẩm sinh hoặc miễn dịch mắc phải.

- Tác nhân gây nhiễm trùng: có thể là vi khuẩn, vi rút, nấm hoặc ký sinh trùng. Đặc điểm của tác nhân gây bệnh gồm có sự lây truyền, bám dính tế bào ký chủ, tồn tại, xâm nhập mô tế bào ký chủ, tính sinh độc tố và thoát khỏi hệ thống miễn dịch ký chủ. Những điều này góp phần tạo nên độc lực (virulence) vi khuẩn.

- Môi trường: là cầu nối giữa tác nhân gây nhiễm trùng và người bị nhiễm trùng, là nguồn chứa và con đường lây truyền các tác nhân này.

Một số định nghĩa:

- Sự bám dính (adherence, adhesion, attachment): quá trình vi khuẩn bám dính vào bề mặt tế bào ký chủ. Sau khi vi khuẩn đi vào cơ thể, bám dính là bước khởi đầu quan trọng của quá trình nhiễm khuẩn.

- Người lành mang mầm bệnh (carrier): người bị nhiễm trùng không có triệu chứng nhưng có thể lây truyền cho người khác.

- Sự nhiễm khuẩn (infection): sự tăng sinh của vi khuẩn gây bệnh bên trong cơ thể ký chủ. Sự tăng sinh của vi khuẩn thường trú không gọi là nhiễm khuẩn. Ngược lại, sự tăng sinh vi khuẩn gây bệnh nhưng người bệnh không có triệu chứng vẫn xem như là nhiễm khuẩn.

- Sự xâm nhập (invasion): quá trình vi khuẩn, vi rút, nấm hoặc ký sinh trùng đi vào vào mô hay tế bào của ký chủ và lan tràn trong cơ thể.

- Vi khuẩn thường trú (microbiota): vi khuẩn thường trú trên người khỏe mạnh, bình thường.

- Tác nhân không gây bệnh (nonpathogen): vi sinh vật không gây bệnh, có thể là một thành phần của hệ vi khuẩn thường trú.

- Tác nhân gây bệnh cơ hội (opportunistic pathogen): tác nhân chỉ gây bệnh khi sức đề kháng của ký chủ bị hư hại.

- Tác nhân gây bệnh (pathogen): vi sinh vật có khả năng gây bệnh.

- Tính sinh bệnh (pathogenicity): khả năng của một tác nhân nhiễm trùng để gây bệnh.

- Tính sinh độc tố (toxigenicity): khả năng sinh độc tố gây bệnh.

- Độc lực (virulence): khả năng định lượng của một tác nhân để gây được bệnh. Tác nhân độc lực có thể gây bệnh mặc dù xâm nhập vào ký chủ với số lượng nhỏ. Độc lực liên quan đến khả năng bám dính, tồn tại, xâm nhập và tính sinh độc tố.

2.2. Các giai đoạn của quá trình nhiễm trùng

Đa số vi khuẩn sau khi xâm nhập vào cơ thể trước hết sẽ bám dính lên tế bào ký chủ, thường là tế bào biểu mô. Sau khi định cư tại nơi nhiễm đầu tiên, vi khuẩn tăng sinh và lan tràn vào các mô hoặc từ hệ bạch huyết đi vào máu. Tình trạng vi khuẩn trong máu có thể tạm thời hoặc kéo dài, cho phép vi khuẩn lan tràn rộng khắp cơ thể và đi đến mô thích hợp để tăng sinh.

Ví dụ về quá trình nhiễm khuẩn Streptococcus pneumoniae gây viêm phổi: S. pneumoniae phân lập từ vùng họng mũi người khỏe mạnh với tỉ lệ 5-40%. Đôi khi S. pneumoniae từ họng mũi được hít vào phổi, thường gặp ở người suy nhược, giảm phản xạ ho. Nhiễm khuẩn phát triển trong phổi ở những người không có kháng thể chống lại nang polysaccharide của S. pneumoniae. Viêm phổi là hậu quả do sự tăng sinh của S. pneumoniae và phản ứng viêm. Vi khuẩn này đi vào mạch bạch huyết ở phổi và từ đó đi vào máu. Có khoảng 10-20% bệnh nhân bị nhiễm khuẩn huyết trong thời gian bị viêm phổi. Từ máu, S. pneumoniae gây nhiễm khuẩn thứ phát ở dịch não tủy, van tim và khớp. Biến chứng chủ yếu của viêm phổi do S. pneumoniae là viêm màng não, viêm khớp nhiễm khuẩn và hiếm hơn là viêm nội tâm mạc.

Ví dụ về quá trình nhiễm khuẩn Vibrio cholerae trong bệnh tả: Sau khi được nuốt vào, vi khuẩn được hóa hướng động tới tế bào biểu mô ruột, vi khuẩn di động nhờ lông ở một đầu tế bào, xâm nhập vào lớp màng nhầy của ruột. V. cholerae bám dính vào bề mặt tế bào biểu mô nhờ pili và các yếu tố bám dính khác. Độc tố cholera toxin làm mất nước và chloride vào lòng ruột, gây tiêu chảy và rối loạn điện giải.

3. Vai trò của vi sinh lâm sàng

3.1. Các phương pháp chẩn đoán trong vi sinh lâm sàng

Các phương pháp chẩn đoán trong vi sinh lâm sàng có thể chia thành các nhóm sau:

- Khảo sát bằng kính hiển vi (microscopy);

- Nuôi cấy, định danh (traditional cultivation and identification) và kháng sinh đồ (antimicrobial susceptibility testing);

- Phương pháp sinh học phân tử (molecular diagnosis);

- Phương pháp miễn dịch (immunodiagnosis).

3.1.1. Khảo sát bằng kính hiển vi

Khảo sát bằng kính hiển vi là sử dụng kính hiển vi để phóng đại, nhờ đó có thể quan sát được các đối tượng quá nhỏ, không thể quan sát bằng mắt thường.

Khảo sát bằng kính hiển vi là phương pháp được sử dụng phổ biến và quan trọng trong vi sinh, có thể phát hiện các vi sinh vật trực tiếp từ trong bệnh phẩm và xác định các tính chất của vi sinh vật đã được nuôi cấy.

Có nhiều phương pháp nhuộm màu (nhuộm Gram, nhuộm kháng acid, nhuộm huỳnh quang, …) và nhiều loại kính hiển vi (kính hiển vi quang học, kính hiển vi huỳnh quang, kính hiển vi nền đen, kính hiển vi điện tử, …) được sử dụng để khảo sát các vi sinh vật.

Khảo sát mẫu bệnh phẩm trực tiếp bằng kính hiển vi cung cấp thông tin sơ bộ về sự hiện diện, số lượng, hình thái, cách sắp xếp tế bào của tác nhân gây bệnh. Ngoài ra, còn cung cấp thông tin về số lượng, hình thái của các tế bào viêm để gợi ý cho bác sĩ lâm sàng về nguồn gốc hoặc tác nhân gây nhiễm trùng trong trường hợp không quan sát được tác nhân gây bệnh. Với các thông tin sơ bộ này, mẫu bệnh phẩm sẽ được xác định tác nhân gây bệnh bằng các phương pháp kiểu hình, kiểu gen (dựa trên axit nucleic) và/hoặc miễn dịch học.

3.1.2. Nuôi cấy, định danh, kháng sinh đồ

a) Nuôi cấy

Nuôi cấy là quá trình thu thập vi sinh vật từ vị trí nhiễm trùng (môi trường vivo) và làm cho chúng mọc trong môi trường nhân tạo của phòng thí nghiệm (môi trường in vitro). Sau khi được nuôi cấy, có thể quan sát khuẩn lạc của vi khuẩn và có đủ số lượng vi khuẩn để thực hiện các thử nghiệm định danh.

Để chuyển đổi từ môi trường thử nghiệm in vivo sang in vitro đòi hỏi phải đáp ứng các yêu cầu về dinh dưỡng và điều kiện phát triển của vi sinh vật. Sự chuyển đổi môi trường sống như vậy không phải dễ dàng đối với vi khuẩn. Ở môi trường in vivo, chúng đang sử dụng nhiều quá trình chuyển hóa và sinh lý phức tạp để tồn tại trên hoặc trong cơ thể ký chủ. Sau đó, vi khuẩn đột ngột tiếp xúc với môi trường nhân tạo in vitro của phòng thí nghiệm, nên phải thích nghi để tồn tại và tăng sinh, bị phụ thuộc vào sự cung cấp các chất dinh dưỡng thiết yếu và điều kiện môi trường phù hợp. Mặc dù các điều kiện nuôi cấy nhân tạo có thể giúp cho những vi khuẩn gây bệnh thường gặp tăng trưởng được, nhưng một số vi sinh vật vẫn chưa thể nuôi cấy trong phòng thí nghiệm, ví dụ như Treponema pallidum (tác nhân gây bệnh giang mai) hay Mycobacterium leprae (tác nhân gây bệnh phong). Để chẩn đoán các tác nhân gây bệnh không thể nuôi cấy được, cần sử dụng các phương pháp thay thế khác như xác định kiểu gen hoặc miễn dịch.

Nếu vẫn không thể xác định tác nhân bằng các phương pháp thay thế, bác sĩ lâm sàng phải dựa vào các dấu hiệu và triệu chứng của bệnh nhân để xác định nguyên nhân gây bệnh và chỉ định điều trị phù hợp.

Nuôi cấy vi khuẩn có các mục đích sau:

- Nuôi cấy và phân lập tất cả vi khuẩn từ mẫu bệnh phẩm.

- Từ các vi khuẩn phân lập được, xác định vi khuẩn nào có khả năng là vi khuẩn gây bệnh hay vi khuẩn thường trú, ngoại nhiễm.

- Tăng sinh vi khuẩn đủ số lượng để thực hiện định danh và kháng sinh đồ.

Quá trình nuôi cấy vi khuẩn cần đảm bảo môi trường nhân tạo có đầy đủ các chất dinh dưỡng cần thiết và các điều kiện khác như oxy và CO2, nhiệt độ, pH, độ ẩm,… tối ưu cho vi khuẩn phát triển để phân lập và chẩn đoán tác nhân gây nhiễm trùng nhanh và chính xác nhất có thể.

b) Định danh

Định danh chính xác vi sinh vật là trọng tâm của vi sinh lâm sàng, bao gồm những vấn đề sau:

- Xác định ý nghĩa lâm sàng của một vi sinh vật cụ thể (là tác nhân gây bệnh, vi sinh vật ngoại nhiễm hay vi sinh vật thường trú);

- Định hướng điều trị cho bác sĩ lâm sàng;

- Xác định kháng sinh điều trị phù hợp;

- Xác định có bất thường hay không giữa tính đề kháng kháng sinh với kết quả định danh của một loài vi khuẩn cụ thể;

- Xác định tác nhân gây bệnh có nguy cơ lây nhiễm cho các bệnh nhân khác trong bệnh viện, cộng đồng hoặc nhân viên phòng xét nghiệm;

- Thu thập dữ liệu dịch tễ học để kiểm soát sự lây truyền của các vi sinh vật.

Để định danh vi sinh vật, cần phân tích thông tin từ các thử nghiệm, để tạo thành phổ tính chất đặc trưng của từng loại vi sinh vật. Các thử nghiệm và thứ tự thực hiện để định danh vi sinh vật thường được gọi là quy trình định danh. Quy trình định danh dựa trên đặc điểm kiểu gen, đặc điểm kiểu hình hoặc cả hai.

Định danh vi sinh vật bằng kiểu gen: sử dụng các phương pháp sinh học phân tử để phân tích DNA hoặc RNA của vi sinh vật, thường là phát hiện một gen, một phần của gen hoặc một sản phẩm RNA đặc trưng cho một vi sinh vật nhất định. Phương pháp định danh vi sinh vật bằng kiểu gen có độ đặc hiệu và độ nhạy cao.

Định danh vi sinh vật bằng kiểu hình: Hầu hết các đặc điểm kiểu hình sử dụng trong chẩn đoán vi sinh học dựa trên hình thái và khả năng chuyển hóa của vi khuẩn. Các đặc điểm kiểu hình được sử dụng phổ biến nhất bao gồm:

- Hình thái và tính chất bắt màu khi khảo sát bằng kính hiển vi.

- Hình thái khuẩn lạc, bao gồm mùi và sắc tố.

- Yêu cầu về điều kiện môi trường để tăng trưởng.

- Đề kháng hoặc nhạy cảm với các kháng sinh. Ví dụ như nhiều vi khuẩn Gram dương (ngoại trừ một số loài Enterococcus spp., Lactobacillus spp., Leuconostoc spp., và Pediococcus spp.) nhạy cảm với vancomycin, nhưng hầu hết vi khuẩn Gram âm quan trọng trên lâm sàng (ngoại trừ một số loài Chryseobacterium spp., Moraxella spp., và Acinetobacter spp.) kháng với vancomycin. Ngược lại, hầu hết vi khuẩn Gram âm nhạy cảm với kháng sinh colistin hoặc polymyxin, trong khi vi khuẩn gram dương thường kháng các kháng sinh này.

- Nhu cầu dinh dưỡng và tính chất chuyển hóa.

- Các phản ứng sinh hóa bao gồm các phản ứng enzym hoặc hóa học.

Hiện nay có một kỹ thuật mới để định danh vi sinh vật được gọi là Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Đây là một kỹ thuật sử dụng laser để ion hóa các nhóm chức hóa học có trong protein của vi sinh vật. MALDI-TOF MS có khả năng giảm đáng kể thời gian thực hiện, tốc độ định danh và chi phí vật tư tiêu hao trong phòng xét nghiệm vi sinh.

3.1.3. Kháng sinh đồ (antimicrobial susceptibility testing)

a) Chỉ định thực hiện kháng sinh đồ

Mục tiêu chủ yếu của kháng sinh đồ là xác định chủng vi khuẩn có biểu hiện tính kháng với các kháng sinh được lựa chọn để điều trị hay không.

Về bản chất, kháng sinh đồ là thử nghiệm để xác định tính kháng thuốc thu nhận (acquired resistance) ở những vi khuẩn quan trọng trên lâm sàng mà tính nhạy cảm với kháng sinh không thể dự đoán được. Vì vậy, kháng sinh đồ được chỉ định thực hiện cho chủng vi khuẩn được xác định là tác nhân gây bệnh mà không thể dự đoán được tính nhạy cảm với kháng sinh dựa trên những hiểu biết về đặc điểm của loài vi khuẩn đó.

Kháng sinh đồ có thể không cần thiết thực hiện trong một số tình huống. Hầu hết vi khuẩn có tính kháng nội tại (intrinsic resistance) với một số kháng sinh nhất định; kết quả định danh là đủ để biết vi khuẩn kháng với kháng sinh, vì thế thử nghiệm kháng sinh đồ với các kháng sinh mà vi khuẩn kháng nội tại là không cần thiết. Một số loài vi khuẩn được biết là rất nhạy cảm với thuốc có hiệu quả điều trị cao (ví dụ như S. pyogenes vẫn rất nhạy cảm với penicillin) và điều trị theo kinh nghiệm được chấp nhận sử dụng phổ biến, khi đó kháng sinh đồ hiếm khi cần thiết. Khi bệnh cảnh nhiễm trùng không rõ ràng hoặc bệnh phẩm chứa nhiều loại vi khuẩn, bệnh phẩm lẫn vi khuẩn thường trú cũng không cần thiết phải làm kháng sinh đồ vì nếu cố thực hiện có thể dẫn đến định hướng sai cho bác sĩ lâm sàng.

b) Hạn chế của kháng sinh đồ

Các điều kiện trong phòng xét nghiệm không thể tái tạo hoàn toàn chính xác môi trường in vivo tại vị trí nhiễm trùng, nơi kháng sinh và vi khuẩn thực sự tương tác. Các yếu tố như nồng độ vi khuẩn, pH, nồng độ cation và oxy có thể khác nhau nhiều, tùy thuộc vào vị trí nhiễm trùng. Ngoài ra, một số yếu tố khác đóng vai trò quan trọng trong kết quả điều trị của bệnh nhân và không thể xác định bằng thử nghiệm kháng sinh đồ. Một trong số các yếu tố bao gồm:

- Khuếch tán kháng sinh vào mô và tế bào;

- Liên kết của protein huyết thanh và kháng sinh;

- Tương tác và cạnh tranh giữa các thuốc;

- Tình trạng miễn dịch của người bệnh;

- Các bệnh khác phối hợp;

- Độc lực và tính sinh bệnh của vi khuẩn gây bệnh;

- Vị trí và độ nặng của nhiễm trùng.

Bất chấp những hạn chế này, xác định tính kháng kháng sinh có thể làm thay đổi đáng kể tỷ lệ biến chứng và tử vong ở bệnh nhân nhiễm trùng.

Nhận biết sớm và chính xác vi khuẩn kháng kháng sinh hỗ trợ đáng kể cho việc lựa chọn kháng sinh và điều trị tối ưu cho người bệnh. Do đó, kháng sinh đồ cung cấp thông tin rất giá trị để kết hợp với các thông tin lâm sàng khác trong việc điều trị cho người bệnh. Ngoài ra, kháng sinh đồ còn cung cấp dữ liệu để xây dựng báo cáo kháng sinh đồ tích lũy, theo dõi xu hướng kháng kháng sinh của các vi khuẩn quan trọng trên lâm sàng.

c) Các phương pháp thực hiện kháng sinh đồ

Các phương pháp thực hiện kháng sinh đồ có thể chia thành 3 nhóm:

- Xác định hoạt tính của kháng sinh đối với một chủng vi khuẩn;

- Xác định cơ chế đề kháng của một chủng vi khuẩn;

- Các phương pháp đặc biệt xác định mối tương tác phức tạp giữa vi khuẩn-kháng sinh.

Phương pháp được lựa chọn sử dụng phụ thuộc vào nhu cầu lâm sàng, sự chính xác và thuận tiện. Các phương pháp thường được sử dụng tại các phòng xét nghiệm vi sinh bao gồm:

Pha loãng kháng sinh (Dilution test):

Pha loãng kháng sinh trong môi trường lỏng là cho vi khuẩn và kháng sinh tiếp xúc với nhau trong môi trường lỏng. Mỗi kháng sinh được pha loãng theo một dải nồng độ, để xác định nồng độ kháng sinh thấp nhất ức chế sự phát triển của vi khuẩn có thể nhìn thấy được (nồng độ ức chế tối thiểu - MIC). MIC được phiên giải theo tiêu chuẩn, thường là tiêu chuẩn của Viện Tiêu chuẩn Phòng xét nghiệm và Lâm sàng Hoa Kỳ (CLSI), để xác định vi khuẩn nhạy, trung gian, kháng, không nhạy (nonsusceptible) hoặc nhạy phụ thuộc liều (susceptible dose-dependent).

Pha loãng kháng sinh trong môi trường thạch là cho vi khuẩn và kháng sinh tiếp xúc với nhau trong môi trường thạch, mỗi đĩa thạch là một nồng độ kháng sinh. Sau khi ủ, các đĩa thạch được đọc kết quả để xác định MIC. Tiêu chuẩn phiên giải tương tự như phương pháp pha loãng kháng sinh trong môi trường lỏng.

Phương pháp pha loãng kháng sinh có thể cho kết quả định lượng (MIC) và kết quả định tính (phiên giải theo tiêu chuẩn).

Đĩa giấy khuếch tán (Disk diffusion):

Nguyên tắc của phương pháp đĩa giấy khuếch tán là đặt các đĩa giấy kháng sinh với nồng độ đã biết trên bề mặt thạch được phết vi khuẩn. Kháng sinh sẽ khuếch tán vào thạch và tạo một gradient nồng độ xung quanh đĩa kháng sinh, nồng độ cao nhất là vùng gần đĩa kháng sinh nhất. Sau khi ủ, vi khuẩn sẽ phát triển trên bề mặt thạch, ngoại trừ ở vùng mà nồng độ kháng sinh đủ cao để ức chế vi khuẩn mọc. Vùng vi khuẩn không mọc xung quanh đĩa kháng sinh được đo đường kính, gọi là đường kính vùng vô khuẩn.

Đường kính vùng vô khuẩn được ghi nhận và so sánh với tiêu chuẩn phiên giải để xác định vi khuẩn nhạy, trung gian hoặc kháng, thường là tiêu chuẩn của CLSI.

Phương pháp này có ưu điểm quan trọng là thuận tiện và dễ thực hiện. Có thể thực hiện với nhiều loại kháng sinh cùng lúc cho một chủng vi khuẩn, cần ít vật tư và thiết bị.

Hạn chế của phương pháp này là không có tiêu chuẩn phiên giải cho một số vi khuẩn và không thể cung cấp thông tin chính xác hơn về mức độ kháng hoặc nhạy của vi khuẩn (giá trị Nồng độ ức chế tối thiểu - MIC).

Hình 1. Kháng sinh đồ đĩa giấy khuếch tán

Khuếch tán theo gradient (Gradient diffusion):

Đây là phương pháp kết hợp sự thuận tiện của đĩa giấy khuếch tán với phương pháp có thể cho kết quả MIC. Phương pháp này sử dụng một dải nhựa (E-test), có một bên tẩm kháng sinh với nhiều nồng độ, một bên có thang số cho biết nồng độ kháng sinh. E-test được đặt trên bề mặt thạch đã được phết vi khuẩn, tương tự như phương pháp đĩa giấy khuếch tán. Sau khi ủ, E-test được đọc kết quả, nồng độ kháng sinh nơi tiếp giáp giữa vùng vi khuẩn không mọc và E-test được lấy làm MIC. MIC được phiên giải theo tiêu chuẩn giống như tiêu chuẩn MIC của các phương pháp pha loãng.

 

Hình 2. Kháng sinh đồ E-test

Kháng sinh đồ hệ thống tự động (Automated antimicrobial susceptibility test systems):

Các hệ thống tự động thương mại để thực hiện kháng sinh đồ hiện nay đang được sử dụng rộng rãi trong các phòng xét nghiệm vi sinh. Các hệ thống này có thể ủ và phát hiện sự tăng trưởng của vi khuẩn, phiên giải các kết quả MIC một cách tự động.

Các hệ thống tự động có thể thực hiện cùng lúc nhiều mẫu, tiết kiệm thời gian và ít thao tác thủ công hơn so với các phương pháp truyền thống. Hệ thống máy tính giúp phiên giải kết quả và các quy tắc chính xác hơn cũng như có khả năng lưu trữ và phân tích một lượng lớn dữ liệu.

Hạn chế: không thể thực hiện kháng sinh đồ với tất cả các loại vi khuẩn, cần nội kiểm, xác nhận giá trị sử dụng, thường xuyên bảo trì và cập nhật phần mềm với tiêu chuẩn phiên giải và quy tắc mới.

3.1.4. Phương pháp sinh học phân tử

Axit deoxyribonucleic (DNA), axit ribonucleic (RNA) hoặc protein của vi sinh vật trong các mẫu bệnh phẩm lâm sàng có thể được được sử dụng để xác định tác nhân gây bệnh. Phương pháp sinh học phân tử có thể giúp phát hiện các tác nhân gây bệnh không thể nuôi cấy được hoặc không thể phát hiện được bằng các phương pháp miễn dịch.

Các kỹ thuật sinh học phân tử còn là phương pháp định danh nhanh, có thể thay thế các phương pháp truyền thống như phản ứng sinh vật hóa học để định danh vi khuẩn và nấm phân lập được trong phòng xét nghiệm vi sinh.

Bảng 2. Ví dụ về ứng dụng của phương pháp chẩn đoán sinh học phân tử[2]

Xét nghiệm	Phương pháp sinh học phân tử	Phương pháp khác
Nhiễm trùng bệnh viện	MSSA, MRSA	Nuôi cấy tốn nhiều thời gian hơn
	Clostridium difficile	Phương pháp miễn dịch có độ nhạy thấp, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Trực khuẩn Gram âm kháng carbapenem	Nuôi cấy tốn nhiều thời gian hơn
Xét nghiệm sản phụ khoa	Chlamydia trachomatis	Nuôi cấy mô hoặc chẩn đoán huyết thanh, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Neisseria gonorrhoeae	Nuôi cấy, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Trichomonas vaginalis	Nuôi cấy hoặc khảo sát bằng kính hiển vi, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Streptococcus nhóm B	Nuôi cấy, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Viêm âm đạo do vi khuẩn	Khảo sát bằng kính hiển vi, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
Xét nghiệm đa tác nhân	Nhiễm trùng hô hấp (vi khuẩn, virus)	Nuôi cấy hoặc phương pháp miễn dịch cho một số virus và vi khuẩn, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn cho hầu hết các tác nhân
	Nhiễm trùng tiêu hóa (vi khuẩn, virus, ký sinh trùng)	Nuôi cấy hoặc phương pháp miễn dịch cho một số vi khuẩn, phương pháp miễn dịch cho một số virus, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn cho hầu hết các tác nhân
	Mẫu cấy máu dương tính (vi khuẩn, nấm men)	Định danh nhanh bằng khối phổ, phương pháp sinh học phân tử bổ sung nhưng không thay thế cho nuôi cấy
	Viêm màng não (vi khuẩn, virus)	Không có phương pháp thay thế cho virus, phương pháp sinh học phân tử bổ sung nhưng không thay thế cho nuôi cấy
Xét nghiệm virus trong máu	HIV	Phương pháp miễn dịch, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Virus viêm gan (A, B, C)	Phương pháp miễn dịch, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	HPV (Human papilloma virus)	Tế bào học, phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
	Các loại virus khác	Phương pháp sinh học phân tử được ưu tiên lựa chọn
Xét nghiệm khác	Mycobacterium tuberculosis	Nuôi cấy và/hoặc khảo sát bằng kính hiển vi
	Streptococcus nhóm B	Phương pháp sinh học phân tử có thể thay thế phương pháp miễn dịch hoặc nuôi cấy

3.1.5. Phương pháp miễn dịch

Các kỹ thuật miễn dịch được sử dụng để phát hiện, xác định và định lượng kháng nguyên trong các mẫu bệnh phẩm lâm sàng, cũng như đánh giá đáp ứng kháng thể đối với nhiễm trùng và tiền căn tiếp xúc với tác nhân gây bệnh. Tính đặc hiệu của phản ứng kháng nguyên-kháng thể và độ nhạy của các kỹ thuật miễn dịch đã giúp cho các phương pháp miễn dịch trở thành một công cụ chẩn đoán quan trọng trong vi sinh lâm sàng.

Nguyên lý của các phương pháp miễn dịch là sự kết hợp đặc hiệu của phức hợp kháng nguyên-kháng thể. Phức hợp kháng nguyên-kháng thể có thể được phát hiện trực tiếp bằng kỹ thuật kết tủa, đánh dấu kháng thể bằng phóng xạ, huỳnh quang, enzyme, hoặc có thể được phát hiện gián tiếp thông qua việc đo lường phản ứng với kháng thể, chẳng hạn như trong kỹ thuật cố định bổ thể.

Phản ứng miễn dịch thể của cơ thể có thể cung cấp thông tin về tình trạng nhiễm trùng. Vì vậy, chẩn đoán huyết thanh có thể được sử dụng để xác định tác nhân nhiễm trùng, đánh giá giai đoạn hoặc bản chất của nhiễm trùng là nguyên phát hay tái nhiễm, cấp tính hay mãn tính. Xét nghiệm huyết thanh học thường được sử dụng để xác định virus và những tác nhân khó phân lập trong phòng xét nghiệm hoặc gây ra các bệnh diễn tiến chậm.

Bảng 3. Các kỹ thuật miễn dịch và một số ví dụ ứng dụng lâm sàng[3]

Kỹ thuật	Mục đích	Ví dụ ứng dụng lâm sàng
Khuếch tán miễn dịch kép Ouchterlony	Phát hiện và so sánh kháng nguyên và kháng thể	Phát hiện kháng nguyên và kháng thể nấm (Histoplasma spp., Blastomyces spp, coccidioidomycoses)
Miễn dịch huỳnh quang EIA (Enzyme immunoassay)	Phát hiện và định vị kháng nguyên	Phân tích kháng nguyên virus trong mẫu sinh thiết (ví dụ: virus dại, virus herpes simplex)
Tế bào dòng chảy	Phân tích quần thể tế bào dương tính với kháng nguyên	Xác định và định lượng tế bào lympho (kiểu hình miễn dịch)
ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay) RIA (Radioimmunoassay)	Định lượng kháng nguyên hoặc kháng thể	Định tính/định lượng kháng nguyên virus (rotavirus); kháng thể kháng virus (kháng thể kháng HIV)
Western blot	Phát hiện kháng nguyên hoặc kháng thể đặc hiệu với kháng nguyên	Xác nhận kết quả huyết thanh dương tính với HIV
Cố định bổ thể	Xác định hiệu giá kháng thể đặc hiệu	Xác định hiệu giá kháng thể kháng nấm, kháng thể kháng virus
Ngăn ngưng kết hồng cầu	Xác định hiệu giá kháng thể kháng vi-rút; định type huyết thanh các chủng virus	Xác định sự chuyển đổi huyết thanh với chủng cúm đang lưu hành, phân biệt các chủng cúm
Ngưng kết latex	Định lượng và phát hiện kháng nguyên, kháng thể	Xác định yếu tố dạng thấp, kháng nguyên nấm, kháng nguyên streptococci

 

3.2. Sự tương tác giữa vi sinh và lâm sàng

Bác sĩ lâm sàng và phòng xét nghiệm vi sinh cần phối hợp chặt chẽ để gia tăng giá trị lâm sàng của các xét nghiệm vi sinh.

Chẩn đoán vi sinh bao gồm việc phát hiện sự hiện diện và tìm ra các đặc điểm của rất nhiều vi sinh vật là tác nhân gây bệnh hoặc liên quan đến các bệnh nhiễm trùng. Các kỹ thuật được sử dụng để tìm ra đặc điểm của các tác nhân lây nhiễm khác nhau rất nhiều tùy thuộc vào hội chứng lâm sàng và loại tác nhân đang được nghi ngờ, có thể là vi rút, vi khuẩn, nấm hoặc ký sinh trùng. Bởi vì có rất nhiều loại xét nghiệm dùng để chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng và cần biện luận, phiên giải kết quả, nên các thông tin lâm sàng rất quan trọng đối với xét nghiệm vi sinh, nhiều hơn so với xét nghiệm sinh hóa hoặc huyết học. Bác sĩ lâm sàng cần có chẩn đoán sơ bộ trước khi có kết quả vi sinh. Khi chỉ định xét nghiệm vi sinh, bác sĩ lâm sàng cần cung cấp các thông tin cho phòng xét nghiệm vi sinh về chẩn đoán sơ bộ (loại nhiễm trùng và tác nhân gây bệnh đang nghi ngờ). Phiếu chỉ định xét nghiệm vi sinh cần có thông tin lâm sàng, thông tin của bệnh nhân, tên và thông tin liên hệ của bác sĩ cho chỉ định.

Nhiều vi sinh vật gây bệnh phát triển chậm, cần vài ngày hoặc thậm chí vài tuần để phân lập và định danh. Vì vậy, bác sĩ lâm sàng không thể trì hoãn điều trị để chờ cho đến khi có kết quả. Sau khi lấy được các mẫu bệnh phẩm thích hợp và thông báo cho phòng xét nghiệm vi sinh về chẩn đoán sơ bộ, bác sĩ lâm sàng nên bắt đầu điều trị theo kinh nghiệm các vi sinh vật nghi ngờ là nguyên nhân gây bệnh. Khi có kết quả, phòng xét nghiệm vi sinh sẽ thông báo cho bác sĩ lâm sàng để đánh giá lại chẩn đoán cũng như diễn biến lâm sàng của bệnh nhân và thay đổi điều trị nếu cần thiết. Thông tin từ phòng xét nghiệm vi sinh có thể là các kết quả sơ bộ của các bước trong quá trình phân lập và định danh tác nhân gây bệnh.

 

PHẦN II. ĐỊNH HƯỚNG LÂM SÀNG CHỈ ĐỊNH XÉT NGHIỆM

1. Nhiễm trùng huyết và nhiễm trùng tim mạch

1.1. Nhiễm trùng huyết và viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn

Chẩn đoán nhiễm trùng huyết là một trong những xét nghiệm quan trọng của phòng xét nghiệm vi sinh. Cấy máu nếu dương tính thường có tín hiệu báo chai cấy dương trong vòng khoảng 24 - 48 giờ. Chai cấy theo dõi trong 5 ngày nếu không báo dương sẽ được trả cấy âm tính. Các vi khuẩn khó mọc như HACEK (Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella và Kingella) và Brucella nếu mọc cũng sẽ mọc trong vòng 5 ngày cấy.

Cấy máu có thể phát hiện được hầu hết các tác nhân gây bệnh nhiễm trùng huyết nhưng một số ít tác nhân không chẩn đoán được bằng kỹ thuật cấy máu thường qui mà phải sử dụng các xét nghiệm khác như xét nghiệm miễn dịch (ví dụ như Bartonella, Coxiella), PCR hay giải trình tự gen (ví dụ Tropheryma whipplei).

Những điểm quan trọng cần lưu ý khi cấy máu

- Thời điểm: nên lấy máu để cấy trước khi sử dụng kháng sinh.

- Thể tích máu cấy rất quan trọng, liên quan trực tiếp đến độ nhạy của cấy máu. Thể tích cấy càng nhiều, xác suất bắt được vi khuẩn, vi nấm càng cao. Độ nhạy của cấy máu giảm 3 -5% khi giảm mỗi 1 ml máu cấy dưới thể tích khuyến cáo.

+ Người lớn: 2 - 3 bộ cấy máu (ít nhất gồm 1 chai cấy máu hiếu khí và 1 chai kỵ khí)

+ Trẻ em: 1 - 2 chai cấy máu hiếu khí (xem xét sử dụng thêm chai kỵ khí tuỳ theo từng trường hợp cụ thể) (Xem Bảng 2)

- Khử khuẩn vị trí lấy máu:

+ Người trưởng thành và trẻ em (>2 tháng tuổi): chlorhexidine hoặc cồn iod 2%.

+ Trẻ em <2 tháng tuổi: Povidone - iodine.

- Máu lấy qua catheter có thể ngoại nhiễm vi khuẩn thường trú trên catheter.

- Streptococcus pneumoniae, một số vi khuẩn gram dương và vi khuẩn kỵ khí tuỳ tiện có thể mọc tốt hơn trong chai cấy máu kỵ khí (thời gian phát hiện sớm hơn).

- Không để máu trong tủ lạnh.

Bảng 1. Chỉ định xét nghiệm xác định vi sinh vật gây nhiễm trùng huyết

Chẩn đoán nghi ngờ/ theo dõi Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản, vận chuyển
- Nhiễm khuẩn huyết - Viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn - Nhiễm trùng huyết từ các ổ nhiễm trùng như: Viêm xương tuỷ xương, Viêm phổi, viêm da mô mềm, viêm khớp nhiễm trùng, viêm màng não, nhiễm trùng ổ bụng, nhiễm trùng tiết niệu… - Nhiễm trùng huyết liên quan catheter - Sốt kéo dài không rõ nguyên nhân - Bệnh suy giảm miễn dịch - Bệnh nhân giảm bạch cầu hạt - Bệnh lý tổn thương đa cơ quan nặng, nhiều bệnh nền (ung thư, phỏng, chấn thương, ngộ độc …), động vật cắn, cào	Staphylococcus spp. Streptococcus spp. Enterococcus spp. Listeria monocytogenes Enterobacterales Pseudomonas spp. Burkholderia pseudomallei Acinetobacter spp., HACEK, Brucella spp. Vi khuẩn kị khí Các tác nhân vi khuẩn khác…	Cấy máu	Chai cấy máu: Cấy máu 2 vị trí, mỗi vị trí cấy từ 1 đến 2 chai. Khuyến cáo 1 bộ gồm 1 chai cấy máu hiếu khí và 1 chai kị khí. Thể tích máu. Người lớn: thể tích máu mỗi chai 8-10 ml hay tuỳ yêu cầu của nhà sản xuất (NSX) Trẻ em: thể tích máu tuỳ thuộc vào cân nặng hay tuỳ yêu cầu của nhà sản xuất	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN càng sớm càng tốt, tối đa 4 giờ
		Định danh (máy tự động/ khối phổ/PCR/ sinh hoá) khi cấy dương. Xét nghiệm định danh tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng PXN.	Khuẩn lạc/ mẫu máu cấy dương
		Kháng sinh đồ (định tính, định lượng MIC, PCR gene kháng thuốc/ test nhanh gene kháng thuốc) khi cấy dương Xét nghiệm tính nhạy cảm kháng sinh được tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng phòng XN. Kháng sinh đồ được xét nghiệm độc lập với cấy máu	Khuẩn lạc/ mẫu máu cấy dương
	Bartonella spp	PCR	5 ml huyết tương chống đông EDTA	Nhiệt độ phòng, chuyển đến Phòng xét nghiệm (PXN) càng sớm càng tốt, trong vòng 2 giờ
		Tìm IgM, IgG	5 ml huyết thanh	Nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN càng sớm càng tốt, tối đa 2 giờ
	Legionella spp	Test nhanh tìm antigen trong nước tiểu (serotype 1)	10 ml nước tiểu giữa dòng	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, trong vòng 2 giờ
	Coxiella burneti	Test miễn dịch huỳnh quang	5 ml huyết thanh	Nhiệt độ phòng, trong vòng 2 giờ
		PCR	5 ml huyết tương, tube EDTA	Nhiệt độ phòng, trong vòng 2 giờ
	Tropheryma whipplei	PCR	5 ml huyết tương, tube EDTA	Nhiệt độ phòng, trong vòng 2 giờ
	Nấm men	Cấy máu	Cấy máu 2 vị trí, mỗi vị trí thu thập từ 1 đến 2 chai. Người lớn: thể tích máu mỗi chai 8-10 ml, hay tuỳ yêu cầu của nhà SX. Trẻ em: thể tích máu tuỳ thuộc vào cân nặng hay tuỳ yêu cầu của nhà SX	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN càng sớm càng tốt, tối đa 1 giờ
		- Định danh (máy tự động/ khối phổ/ PCR/ sinh hoá) khi cấy dương - Xét nghiệm định danh tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng PXN	Khuẩn lạc nấm/ Mẫu máu cấy dương
		- Kháng nấm đồ (định tính, định lượng MIC/PCR gene kháng thuốc) khi cấy dương - Kháng nấm đồ được tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng phòng XN. Kháng nấm đồ được xét nghiệm độc lập với cấy máu	Khuẩn lạc nấm
	Nấm sợi và nấm lưỡng hình	Cấy máu	Cấy máu 2 vị trí, mỗi vị trí thu thập từ 1 đến 2 chai. Người lớn: thể tích máu mỗi chai 8-10 ml, hay tuỳ yêu cầu của NSX. Trẻ em: thể tích máu tuỳ thuộc vào cân nặng hay tuỳ yêu cầu của NSX.	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN càng sớm càng tốt, tối đa 4 giờ
		- Định danh (hệ thống tự động/ PCR/hình thái học, sinh hóa) khi cấy dương - Xét nghiệm định danh tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng PXN.	Khuẩn lạc nấm
		- Kháng sinh đồ (định tính, định lượng MIC, PCR gen kháng thuốc) khi cấy dương - Xét nghiệm tính nhạy cảm thuốc kháng nấm được tiến hành tuỳ theo điều kiện của từng phòng XN	Khuẩn lạc nấm
	Mycobacteria (bao gồm M. tuberculosis và nonmycobacterium tuberculosis). (Xét nghiệm Chẩn đoán nhiễm Lao cần tham khảo thêm Hướng dẫn chẩn đoán, điều trị và dự phòng bệnh Lao theo Quyết định số 1314/QĐ- BYT).	Cấy máu	3 mẫu cấy máu bằng chai cấy máu đặc biệt cho Mycobacteria, thể tích mỗi chai 5 ml máu.	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN càng sớm càng tốt, tối đa 4 giờ.
		Định danh	PCR từ mẫu cấy máu dương/định danh từ khuẩn lạc
		Kháng lao đồ

 

Bảng 2. Thể tích cấy máu khuyến cáo cho bệnh nhi

Cân nặng (kg)	Số vị trí cấy	Chai hiếu khí	Chai kị khí	Tổng thể tích cấy
≤ 1	1 vị trí	2 ml	-	2 ml
1,1 - 2	2 vị trí	2 ml	2 ml	4 ml
2,1 - 12,7	2 vị trí	4 ml	2 ml	6 ml
12,8 - 36,3	2 vị trí	5 ml	5 ml	10 ml
>36,3	Cấy như khuyến cáo với người lớn

1.2. Nhiễm khuẩn huyết liên quan đến catheter

- Chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết liên quan đến catheter thường là “chẩn đoán loại trừ” và không có tiêu chuẩn vàng về vi sinh.

- Hầu hết các trường hợp nhiễm khuẩn huyết do catheter được chẩn đoán dựa trên bằng chứng nhiễm khuẩn huyết.

- Không khuyến cáo cấy thường quy đầu catheter sau khi rút.

- Một số phương pháp có thể thực hiện được trong chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết liên quan đến catheter:

(1) Thời gian dương tính khác nhau: 2 mẫu cấy máu được lấy cùng 1 thời điểm, theo dõi bằng hệ thống cấy máu tự động

- Mẫu 1: máu lấy từ catheter.

- Mẫu 2: máu lấy từ tĩnh mạch ngoại biên.

- Nếu 2 mẫu cùng dương tính với 1 tác nhân và thời gian dương tính của mẫu 1 (mẫu lấy từ catheter) sớm hơn 2 giờ so với mẫu 2 (lấy từ tĩnh mạch ngoại biên): có thể chẩn đoán tác nhân này gây nhiễm khuẩn huyết từ catheter ngoại biên.

(2) Cấy đầu catheter

- Phương pháp 1 (phương pháp Maki):

+ Cắt đoạn catheter khoảng 5 cm (đoạn nằm trong lòng mạch), lăn tròn trên thạch và đếm số lượng khuẩn.

+ Nhược điểm: chỉ phát hiện vi khuẩn nằm mặt ngoài của catheter, và bỏ sót vi khuẩn nằm trong lòng catheter.

- Phương pháp 2 (phương pháp Maki cải tiến): vortex đầu catheter hoặc chải rửa trong lòng catheter (tuy nhiên ít được sử dụng).

1.3. Phình mạch nhiễm trùng và mảnh ghép mạch máu nhiễm trùng

Phình mạch nhiễm trùng và mảnh ghép mạch máu nhiễm trùng thường có cấy máu dương tính. Để chẩn đoán xác định cần phát hiện được vi sinh vật khi nhuộm soi hoặc nuôi cấy từ mẫu mô hoặc mảnh ghép (Bảng 3).

Bảng 3. Xét nghiệm chẩn đoán phình mạch nhiễm trùng và mảnh ghép mạch máu nhiễm trùng

Tác nhân gây bệnh	Xét nghiệm	Mẫu bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản, vận chuyển
Vi khuẩn	Nhuộm Gram Nuôi cấy Cấy máu (xem mục cấy máu ở trên)	Mảnh mô sinh thiết hoặc mảnh ghép đã tháo bỏ	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến phòng xét nghiệm
Vi nấm	Nhuộm soi (Kali hydroxyd - KOH) Cấy nấm Cấy máu (xem mục cấy máu ở trên)	Mảnh mô sinh thiết hoặc mảnh ghép đã tháo bỏ	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển trong vòng 2 giờ

1.4. Viêm màng ngoài tim và viêm cơ tim

Nhiều virus, vi khuẩn, Rickettsia, nấm và ký sinh trùng đã được xác định là tác nhân gây bệnh của viêm màng ngoài tim và viêm cơ tim. Ở nhiều bệnh nhân viêm màng ngoài tim, và phần lớn bệnh nhân viêm cơ tim, nguyên nhân cụ thể (tác nhân gây bệnh) thường không được xác định, và bệnh nhân được điều trị theo kinh nghiệm lâm sàng.

Tuy nhiên, việc xác định chính xác nguyên nhân nhiễm trùng có ý nghĩa lâm sàng quan trọng (xem Bảng 4).

Tác nhân gây bệnh	Xét nghiệm	Mẫu bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản, vận chuyển
Vi khuẩn	Nhuộm Gram Nuôi cấy Cấy máu (xem mục cấy máu ở trên)	Dịch màng tim, Mảnh sinh thiết màng ngoài tim	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến phòng xét nghiệm.
Vi nấm	Nhuộm soi (KOH) Cấy nấm Cấy máu (xem mục cấy máu ở trên)	Dịch màng tim, Mảnh sinh thiết màng ngoài tim	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển trong vòng 2 giờ.
Mycobacteria	Nhuộm AFB Cấy MGIT Cấy máu (xem mục cấy máu ở trên)	Dịch màng tim, Mảnh sinh thiết màng ngoài tim	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển trong vòng 2 giờ.
Coxsackie B virus Coxsackie A virus Echovirus Polio virus Adenovirus Mumps virus Cytomegalovirus Các virus khác	Xét nghiệm miễn dịch đặc hiệu       PCR đặc hiệu	Huyết thanh       Dịch màng tim, Mảnh sinh thiết màng ngoài tim	Tube chống đông, nhiệt độ phòng, chuyển trong vòng 2 giờ Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, chuyển trong vòng 2 giờ.

 

2. Nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương

2.1. Đại cương

Hệ thống thần kinh trung ương (Central Nervous System-CNS) có các đặc điểm giải phẫu và đáp ứng miễn dịch đặc biệt, đóng một vai trò quan trọng trong cơ chế bệnh sinh của các bệnh lý nhiễm trùng thần kinh. Thần kinh trung ương được bảo vệ bởi hàng rào máu não, nhưng vẫn rất dễ bị vi sinh vật xâm nhập từ một ổ nhiễm trùng khác, lan truyền qua 3 con đường: Máu, nhiễm trùng kế cận (Viêm xoang, viêm tai giữa), trực tiếp qua các vết thương hở. Các vi khuẩn, vi rút, nấm, đơn bào hoặc ký sinh trùng khác nhau từ môi trường bên ngoài hoặc thường trú ở các hốc tự nhiên của cơ thể đều có thể xâm nhập vào thần kinh trung ương gây ra nhiều loại nhiễm trùng. Biểu hiện lâm sàng của nhiễm trùng thần kinh trung ương có thể gồm sốt, nhức đầu, nôn mửa, sợ ánh sáng, cứng cổ và các biểu hiện thần kinh khu trú.

Nhiễm trùng thần kinh trung ương được phân loại theo vị trí giải phẫu (Hình 1). Nhiễm trùng màng não, não và tủy sống dẫn đến viêm màng não (meningitis), viêm não (encephalitis), áp xe não (brain abscess) và viêm tủy (myelitis). Nhiễm trùng có thể giới hạn ở một vị trí giải phẫu đơn lẻ hoặc có thể liên quan đến nhiều vị trí (ví dụ, viêm não-màng não và viêm não tủy). Dựa trên thời gian, nhiễm trùng có thể được phân loại thành cấp tính, bán cấp tính, mãn tính hoặc tái phát. Viêm màng não được đặc trưng bởi Hội chứng màng não + hội chứng nhiễm trùng trong khoảng thời gian vài giờ đến vài ngày. Viêm não được đặc trưng bởi tình trạng viêm nhu mô não, và dấu hiệu lâm sàng là tình trạng rối loạn ý thức, các dấu hiệu thần kinh khu trú hoặc co giật. Viêm tủy được đặc trưng bởi tình trạng liệt tứ chi hay liệt hai chân do tổn thương tủy sống và hội chứng nhiễm trùng...

Hình 1. Sơ đồ giải phẫu hệ thần kinh và các tác nhân gây bệnh cụ thể liên quan đến từng cấu trúc[4]

 

Viết tắt: AV, alphavirus; BV, bunyavirus; CMV, cytomegalovirus; HEV, enterovirus ở người; HIV, vi rút suy giảm miễn dịch ở người; HSV, herpes simplex virus; JCV, John Cunningham virus; JEV, virus viêm não Nhật Bản; LCMV, vi rút viêm màng não tế bào lympho; Mev, vi rút sởi; Mum, vi rút quai bị; Nip, vi rút Nipah; PV, vi rút bại liệt; RV, vi rút dại; SLEV, vi rút viêm não St. Louis; TBEV, vi rút viêm não do ve; WNV, vi rút Tây sông Nile. Lm, Listeria monocytogenes; Nm, Neisseria meningitidis; Ec, Escherichia coli; Cn, Cryptococcus neoformans; Hc, Histoplasma capsulatum; Bh, Blastocystis hominis; Ci, Coccidioides immitis; Td, Toxoplasma gondii; GBS, Guillain-Barré syndrome; HIB, Haemophilus influenzae type b; MTB, Mycobacterium tuberculosis; Sp, Streptococcus pneumoniae; Tp, Treponema pallidum

Việc phát hiện và xác định nhanh chóng, chính xác các mầm bệnh do vi sinh vật gây ra là điều cần thiết để điều trị. Các phương pháp thông thường được sử dụng trong các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng bao gồm nhuộm soi tìm vi sinh vật trực tiếp bằng kính hiển vi, nuôi cấy vi sinh vật, xét nghiệm phát hiện kháng nguyên và kháng thể.

Hiện nay, các phương pháp phân tử, chủ yếu là xét nghiệm khuếch đại chuỗi polymerase (Polymerase Chain Reaction-PCR), đã dần trở thành công cụ chính trong việc phát hiện và xác định mầm bệnh vi sinh vật trong dịch não tủy (Bảng 1). Các phương pháp phân tử được thực hiện trên các mẫu dịch não tủy được coi là tiêu chuẩn “bạch kim”, so với với tiêu chuẩn "vàng" nuôi cấy, trong chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng thần kinh trung ương do một số loài vi sinh vật (nhất là vi rút) khó phát hiện và xác định.

Bảng 1. Các phương pháp xét nghiệm chẩn đoán nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương

Phương pháp	Khả năng thực hiện	Thời gian	Ưu điểm	Nhược điểm
Nhuộm soi	Có thể thực hiện ở các PXN đơn giản	0,5-1 giờ	Nhanh	Độ nhạy và độ đặc hiệu thấp
Test nhanh kháng nguyên	Có thể thực hiện ở các PXN đơn giản	15-30 phút	Nhanh	Các kết quả dương tính giả
Nuôi cấy	Cần PXN vi sinh có điều kiện thực hiện kỹ thuật nuôi cấy	2-14 ngày	Xác định chắc chắn tác nhân gây bênh. Có thể xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh	Mất thời gian; độ nhạy thấp; một số vi sinh vật không thể nuôi cấy được
Chẩn đoán huyết thanh	Có thể thực hiện ở các PXN đơn giản hoặc có máy tự động	2-8 giờ	Có thể sử dụng các phương pháp tự động	Kết quả thường là hồi cứu, có thể bị phản ứng chéo và có khi phụ thuộc vào khả năng đáp ứng miễn dịch của bệnh nhân
Chẩn đoán phân tử	Cần PXN vi sinh có điều kiện thực hiện kỹ thuật sinh học phân tử	2-8 giờ	Độ nhạy và độ đặc hiện cao	Cần các điều kiện về thiết bị, trình độ nhân lực, giá thành cao.

Thông thường 3 hoặc 4 ống dịch não tủy (DNT) được thu thập bằng cách chọc dò tủy sống để xét nghiệm chẩn đoán. Ống đầu tiên có khả năng nhiễm vi sinh vật trên da cao nhất và không được gửi đến phòng thí nghiệm vi sinh để làm phết tế bào, nuôi cấy hoặc xét nghiệm phân tử trực tiếp. Cần gửi tối thiểu 0,5-1 mL DNT ngay sau khi thu thập đến phòng thí nghiệm vi sinh trong một hộp đựng vô trùng để xét nghiệm tìm vi khuẩn. Đối với Mycobacteria và nấm, thể tích lớn hơn (5-10 mL) sẽ làm tăng độ nhạy của nuôi cấy và kết quả tối ưu hơn. Nên lấy mẫu để nuôi cấy trước khi bắt đầu điều trị kháng sinh.

Nhuộm Gram dịch não tủy nên được chuẩn bị sau khi ly tâm và kết quả dương tính được gọi đến khoa lâm sàng ngay lập tức. Việc xác định và kiểm tra tính nhạy cảm của vi khuẩn phân lập từ các mẫu cấy được thực hiện thường xuyên trừ khi nghi ngờ có sự tạp nhiễm trong quá trình thu thập hoặc xử lý bệnh phẩm.

Hầu hết các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng không thực hiện tất cả các xét nghiệm được liệt kê trong bảng 1 (Nhất là với các xét nghiệm chẩn đoán phân tử và huyết thanh học). Các xét nghiệm sinh học phân tử giúp phát hiện nhiều tác nhân mà xét nghiệm cổ điển bị hạn chế. Tuy nhiên, nó đòi hỏi các phòng xét nghiệm có trang thiết bị, nhân lực thích hợp và giá thành cao. Do đó, mặc dù PCR đa mồi đã được thiết kế nhắm mục tiêu vào 14 sinh vật và giải trình tự thế hệ mới (NGS) có sẵn để chẩn đoán viêm màng não và viêm não, nó vẫn chưa được xem là phương pháp thay thế cho nuôi cấy trong thời điểm hiện tại. Chẩn đoán huyết thanh dựa trên chỉ số kháng thể từ dịch não tủy đến huyết thanh, hiệu giá globulin miễn dịch G (IgG) từ cấp tính đến hồi phục tăng gấp 4 lần, hoặc globulin miễn dịch M (IgM) dương tính. Việc phát hiện kháng thể trong CSF có thể cho thấy nhiễm trùng thần kinh trung ương, tạp nhiễm máu hoặc kháng thể được chuyển qua hàng rào máu não.

Nên gửi các mẫu huyết thanh cấp tính (3-10 ngày sau khi khởi phát triệu chứng) và khuyến khích lấy các mẫu huyết thanh thời kỳ hồi phục (2-3 tuần sau khi cấp tính). Huyết thanh cần được tách khỏi tế bào hồng cầu càng sớm càng tốt.

Các điểm chính trong phòng thí nghiệm chẩn đoán nhiễm trùng thần kinh trung ương:

- Bất cứ khi nào có thể, hãy thu thập bệnh phẩm trước khi bắt đầu liệu pháp kháng sinh.

- Hai đến bốn mẫu cấy máu cũng nên được lấy nếu nghi ngờ viêm màng não do vi khuẩn.

- Thông báo cho phòng thí nghiệm vi sinh nếu nghi ngờ có thể có các sinh vật bất thường (ví dụ: Nocardia, nấm, mycobacteria), là các vi sinh vật cần thực hiện các kỹ thuật đặc biệt.

- Không làm lạnh DNT.

- Các ống dịch não tủy số 2 hoặc số 3 (không phải ống số 1), phải được gửi để nuôi cấy vi khuẩn và xét nghiệm sinh học phân tử.

- Cố gắng thu thập càng nhiều mẫu càng tốt cho nhiều nghiên cứu (khuyến nghị tối thiểu là 1 mL); ưu tiên nhiều yêu cầu kiểm tra trên các mẫu khối lượng nhỏ.

Các sinh vật thường xâm nhập vào thần kinh trung ương bằng cách vượt qua hàng rào niêm mạc vào máu. Các con đường lây nhiễm khác bao gồm xâm nhập trực tiếp từ vị trí giải phẫu liền kề, di chuyển dọc theo dây thần kinh hoặc do các thiết bị xâm nhập đưa vào.

Trong phần này, các bệnh nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương được phân loại như sau: viêm màng não, viêm não, nhiễm trùng khu trú nhu mô não, nhiễm trùng ống dẫn lưu thần kinh trung ương, tụ mủ dưới màng cứng, áp xe ngoài màng cứng và viêm tắc tĩnh mạch nội sọ.

2.2. Phân loại

2.2.1. Viêm màng não

Các tác nhân căn nguyên phổ biến nhất của viêm màng não cấp tính là vi rút (echovirus và parechovirus) và vi khuẩn (Streptococcus pneumoniae và Neisseria meningitidis) (Bảng 2). Tuổi của bệnh nhân và các yếu tố khác (như suy giảm miễn dịch, đã trải qua phẫu thuật thần kinh, chấn thương) có liên quan đến các tác nhân gây bệnh cụ thể.

Xét nghiệm phân tử đã thay thế việc nuôi cấy vi-rút để chẩn đoán viêm màng não do vi- rút ruột, nhưng không thường xuyên được dựa vào để phát hiện vi khuẩn trong dịch não tủy, loại bệnh phẩm cần chỉ định nhuộm Gram và nuôi cấy vi khuẩn. Độ nhạy của nhuộm Gram đối với chẩn đoán viêm màng não do vi khuẩn là 60% - 80% ở những bệnh nhân không được điều trị kháng sinh và 40% - 60% ở những bệnh nhân đã được điều trị. Ở những bệnh nhân nghi ngờ bị viêm màng não do vi khuẩn, nên tiến hành ít nhất 2-4 lần cấy máu, nhưng không được trì hoãn điều trị.

Các sinh vật được cho là gây viêm màng não mãn tính (các triệu chứng kéo dài trên 4 tuần) bao gồm Mycobacterium tuberculosis, nấm và xoắn khuẩn (Bảng 2). Vì độ nhạy của các xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (Nucleic Acid Amplification Testing-NAAT) đối với M. tuberculosis trong các bệnh phẩm không qua đường hô hấp có thể kém, cũng nên yêu cầu nuôi cấy. Độ nhạy được ghi nhận của nuôi cấy để chẩn đoán viêm màng não do lao là 25% -70%. Kết quả đạt được cao nhất đối với nhuộm vi khuẩn kháng cồn axit (AFB) và nuôi cấy AFB xảy ra khi thể tích lớn (≥5 mL) dịch não tủy được sử dụng để thực hiện xét nghiệm. Thử nghiệm kháng nguyên cryptococcus có thể thay thế nhuộm mực Tàu để chẩn đoán nhanh bệnh viêm màng não do Cryptococcus neoformans hoặc Cryptococcus gattii và nên có sẵn ở hầu hết các phòng xét nghiệm. Xét nghiệm này nhạy nhất khi thực hiện trên dịch não tủy hơn là huyết thanh. Độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm kháng nguyên cryptococcus là> 90%, nhưng có thể xảy ra kết quả âm tính giả và dương tính giả, ví dụ ở bệnh nhân nhiễm vi rút suy giảm miễn dịch ở người HIV/AIDS. Xét nghiệm cố định bổ thể được thực hiện trên DNT được khuyến cáo để chẩn đoán viêm màng não do cầu trùng vì phết tế bào trực tiếp và nuôi cấy thường âm tính. Phát hiện kháng thể Coccidioides trong DNT bằng phương pháp khuếch tán miễn dịch có độ đặc hiệu thấp hơn so với cố định bổ thể.

Bảng 2. Xét nghiệm chẩn đoán Viêm màng não mủ[5]

Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
Vi khuẩn
Staphylococcus aureus Streptococcus pneumoniae Streptococcus agalactiae Streptococcus suis Neisseria meningitidis Listeria monocytogenes Haemophilus influenzae Escherichia coli Elizabethkingia meningoseptica Burkholderia pseudomallei Một số vi khuẩn đường ruột khác	Nhuộm Gram a Cấy vi khuẩn hiếu khí Cấy máu Multiplex PCR	DNT DNT Máu, 2-4 bộ	Ống vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ.
Mycobacterium tuberculosis	- Nhuộm AFB - Cấy vi khuẩn lao - MTB nuôi cấy môi trường lỏng (MGIT) XN sinh học phân tử Mycobacterium tuberculosis b (Realtime PCR xác định vi khuẩn lao, MTB XPERT định danh và kháng RMP …) - MTB QuantiFERON (IGRA).	DNT (≥5 mL) DNT (≥5 mL) DNT	Ống vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
		Máu	Lấy máu toàn phần vào 4 ống chuyên dụng (QFT- plus), nhiệt độ phòng, theo HD của NXS
Xoắn khuẩn
Treponema pallidum (Giang mai)	VDRL, FTA-ABS (Xét nghiệm hấp thụ kháng thể treponema huỳnh quang)	DNT	Ống vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sàng lọc RPR, với RPR dương tính được khẳng định bằng xét nghiệm TPPA hoặc xét nghiệm khẳng định bằng phương pháp treponema khác	Huyết thanh	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Borrelia burgdorferi (Bệnh Lyme)	Tìm kháng thể B. burgdorferi, IgM và IgG, xét nghiệm khẳng định Western blot c	Huyết thanh	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tử B. burgdorferi (độ nhạy thấp)	Huyết thanh	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Leptospira spp	XN sinh học phân tử Leptospira	Máu	Ống EDTA hoặc ống có citrat, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
		DNT, nước tiểu	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Cấy Leptospira (yêu cầu môi trường nuôi cấy đặc biệt, hiếm có sẵn ở PXN thông thường)	Tuần đầu tiên của bệnh: DNT, 10 mL máu	Ống vô khuẩn, ống có citrat hoặc heparin, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
		Sau tuần đầu tiên của bệnh: 10 mL nước tiểu.	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
	XN kháng thể Leptospira, XN vi ngưng kết (microscopic agglutination test), phản ứng ngưng kết tan (Martin Petit)	Huyết thanh	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi nấm
Cryptococcus neoformans	- XN test nhanh kháng nguyên Cryptococcus - Nhuộm soi (nhuộm mực tàu) - Nhuộm Gram - Cấy nấm - XN sinh học phân tử chẩn đoán Cryptococcus	DNT	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Cryptococcus gattii	- Nhuộm Gram - Cấy hiếu khí (phát triển nhanh hơn trên môi trường thạch máu) - Cấy nấm - Test nhanh kháng nguyên	DNT	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Coccidioides spp	- XN kháng thể Coccidioides, cố định bổ thể, và khuếch tán miễn dịch (immunodiffusion)d - Nhuộm Calcofluor và cấy nấm - XN mô học	DNT Huyết thanh DNT Mẫu mô hoặc mô cố định bằng formalin	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ hoặc lâu hơn (formalin)
Ký sinh trùng đơn bào
Acanthamoeba spp. Thể bệnh viêm não do amip sinh u hạt (Granulomatous amoebic encephalitis-GAE)	- XN dịch não tủy tìm bào nang hay thể tư dưỡng; - XN huỳnh quang miễn dịch gián tiếp (Indirect immunofluorescence) và PCR; - Nuôi cấy mô não; - Sinh thiết mô não tìm thấy tư dưỡng hoặc bào nang.	DNT   Huyết thanh     Mẫu mô	- Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN ≤ 2 giờ; - Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Naegleria fowleri Thể bệnh viêm não màng não do amip tiên phát - Primary amebic meningoencephalitis (PAM)	- PCR phát hiện N. fowleri trong DNT hay mô não; - Hóa mô miễn dịch (IHC) và huỳnh quang miễn dịch gián tiếp (IIF) nhuộm và phát hiện Ab đặc hiệu kháng N. fowleri; - Soi trực tiếp DNT dưới kính hiển vi, N. fowleri có thể nhìn thấy trong dịch hoặc nuôi cấy sau nhuộm hematoxylin và eosin (H&E), periodic acid-Schiff (PAS), trichrome, Giemsa hay Wright-Giemsa; - Không nhuộm Gram vì N. fowleri có thể bị hủy khi cố định nhiệt.	DNT     Mẫu mô	- Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN ≤ 2 giờ; - Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút
Enteroviruses (nonpolio) Parechoviruses Herpes simplex virus (1,2) Varicella zoster virus	- XN sinh học phân tử, NAAT - XN kháng thể IgM/IgG của HSV	DNT   Huyết thanh	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút Viêm màng não lympho bào (Lymphocytic Choriomeningitis Virus- LCM virus)	- Kháng thể IgM và IgG của LCM - IFA (indirect fluorescent antibody- XN miễn dịch huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể) - XN sinh học phân tử, NAAT	DNT   Huyết thanh	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút Sởi (Mumps virus)	XN kháng thể vi rút Sởi, IgM and IgG	Huyết thanh DNT	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Cấy vi rút và XN sinh học phân tử, NAAT	DNT Tăm bông phết họng miệng	Lọ chứa vô khuẩn, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN Dụng cụ vận chuyển vi rút, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN
HIV

Các từ viết tắt: AFB: acid-fast bacilli (trực khuẩn kháng cồn acid); DNT: dịch não tủy; EDTA: ethylenediaminetetraacetic acid; FTA-ABS: fluorescent treponemal antibody-absorbed; HIV: human immunodeficiency virus; HSV: herpes simplex virus; IHC: Immunohistochemical stain (nhuộm hóa mô miễn dịch); IgG: immunoglobulin G; IgM: immunoglobulin M; NAAT: nucleic acid amplification test (Xét nghiệm khuếch đại acid nucleic); IIF: Indirect ImmunoFluorescence (xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp); PAS: Periodic Acid-Schiff; PXN: phòng xét nghiệm; RPR: rapid plasma reagin; TPPA: Treponema pallidum particle agglutination assay; VDRL: Venereal Disease Research Laboratory; VZV: varicella zoster virus.

a. Nhuộm gram có thể được thực hiện trên các mẫu không ly tâm khi DNT có màu đục.

b. Kết quả âm tính không loại trừ Mycobacterium tuberculosis.

c. Bao gồm chỉ số DNT: tỷ lệ DNT: Huyết thanh đồng thời của kháng thể Borrelia burgdorferi với lượng protein bình thường.

d. Cố định bổ thể mẫu DNT là xét nghiệm tối ưu; kháng thể cố định bổ thể trong huyết thanh có thể phản ánh một nhiễm trùng từ lâu chứ không phải là một nhiễm trùng đang hoạt động.

e. Việc chẩn đoán viêm màng não cấp tính do HIV, một tình trạng thường phát sinh trong giai đoạn đầu của hội chứng retrovirus HIV, được thiết lập tốt nhất dựa trên các phát hiện DNT tương thích. (tức là tăng nhẹ tế bào lympho trong DNT với mức protein DNT tăng nhẹ và glucose bình thường) kết hợp với bằng chứng xác định về nhiễm HIV gần đây.

2.2.2. Viêm não

Viêm não là tình trạng nhiễm trùng nhu mô não gây bất thường chức năng não (thay đổi trạng thái tâm thần, rối loạn hành vi hoặc lời nói, giảm cảm giác hoặc vận động). Bất chấp những tiến bộ trong công nghệ phân tử để chẩn đoán nhiễm trùng thần kinh trung ương, tác nhân gây bệnh viêm não thường không thể xác định được. Tiền sử về suy giảm miễn dịch, lịch sử du lịch và tiếp xúc khác (côn trùng, động vật, nước, tình dục) có thể giúp định hướng cho xét nghiệm.

Mặc dù việc chẩn đoán nguyên nhân do vi rút cụ thể thường dựa trên xét nghiệm được thực hiện trên CSF, nhưng xét nghiệm bệnh phẩm thu thập từ các vị trí khác có thể hữu ích. Loại vi rút thường được xác định gây viêm não là herpes simplex virus (HSV) với 90% là HSV-1. Độ nhạy và độ đặc hiệu của NAAT đối với viêm não do HSV là> 95%; dữ liệu ban đầu cho thấy HSV được nuôi cấy từ dịch não tủy trong <5% trường hợp.

Các báo cáo về HSV NAAT âm tính giả là cơ sở để khuyến nghị lấy một mẫu dịch não tủy khác 3-7 ngày sau đó để xét nghiệm lại nếu vẫn nghi ngờ viêm não do HSV.

Độ nhạy của NAAT thực hiện trên DNT đối với viêm não do enterovirus là> 95% và độ nhạy của nuôi cấy là 65% -75%. NAAT bổ sung đặc hiệu cho parechovirus được khuyến cáo cho trẻ nhỏ. Vì các đặc điểm thực hiện của xét nghiệm phân tử đối với các nguyên nhân khác của viêm não do vi rút chưa được thiết lập tốt, nên có thể yêu cầu xét nghiệm huyết thanh và xét nghiệm phân tử lặp lại (Bảng 3).

Bảng 3. Xét nghiệm chẩn đoán Viêm não[6]

Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
Vi rút
Herpes simplex virus Enteroviruses (nonpolio) Parechoviruses Human herpesvirus 6 JC virus	XN sinh học phân tử	DNT	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
West Nile virus	XN IgM a	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tửb	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Varicella zoster virus c Cytomegalovirus d,f Epstein-Barr viruse	XN sinh học phân tử	DNT hoặc huyết tương	Lọ chứa vô khuẩn hoặc EDTA tube, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Varicella zoster virus Cytomegalovirus Epstein-Barr virus	XN kháng thể IgM và IgG XN VCA IgG và IgM, EBNA	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút Sởi (Mumps virus)	XN kháng thể vi rút Sởi, IgM và IgG	Huyết thanh DNT	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Cấy vi rút và XN sinh học phân tử	DNT Tăm bông phết họng miệng	Lọ chứa vô khuẩn, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN Dụng cụ vận chuyển vi rút, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN
Vi rút Sởi Đức (rubeola)	XN kháng thể IgM và IgG	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Cấy vi rút và XN sinh học phân tử	DNT, Urine	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
		Tăm bông ngoáy họng	Dụng cụ vận chuyển vi rút, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN
Influenza virus Adenovirus	XN miễn dịch huỳnh quang trực tiếp tìm kháng thể (DFA) và nuôi cấy hoặc XN sinh học phân tử	Dịch rửa mũi họng hoặc các bệnh phẩm đường hô hấp khác	Dụng cụ vận chuyển vi rút, ủ đá lạnh, chuyển ngay đến PXN
Adenovirus	XN sinh học phân tử	DNT hoặc huyết tương	Lọ chứa vô khuẩn hoặc EDTA tube, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút Dại (Rabies virus)	XN miễn dịch huỳnh quang trực tiếp tìm kháng nguyên (DFA)	Sinh thiết mảnh da gáy	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
	XN sinh học phân tử	Nước bọt	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
	XN kháng thể	DNT và huyết thanh	Lọ chứa kín, ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi rút Viêm màng não lympho bào (Lymphocytic Choriomeningitis Virus- LCM virus)	Xem bảng 2 (VMNM)
Zika virus	Xét nghiệm tìm kháng thể IgM	DNT Huyết thanh	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống tách huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tử	DNT Huyết tương Huyết thanh Nước tiểu Máu toàn phần	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống EDTA, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống tách huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Ống EDTA hoặc citrat, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi khuẩn
Mycobacterium tuberculosis	Xem bảng 2 (Viêm màng não mủ)
Bartonella spp	XN sinh học phân tử	DNT hoặc huyết tương	Lọ chứa vô khuẩnhoặc EDTA, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Bartonella spp Mycoplasma pneumoniae	XN kháng thể IgM và IgG	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín, ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Mycoplasma pneumoniae	XN sinh học phân tử	DNT hoặc bệnh phẩm hô hấp	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Tropheryma whipplei (Bệnh Whipple)	XN sinh học phân tử	DNT	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Listeria monocytogenes	Nhuộm Gram Cấy vi khuẩn hiếu khí	DNT, máu	Lọ chứa vô khuẩn, chai cấy máu, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN kháng thể, cố định bổ thể	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Coxiella burnetii (Sốt Q)	XN kháng thể IgM và IgG	Huyết thanh	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tử	Máu toàn phần Mẫu mô	EDTA tube, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Rickettsia rickettsii (Sốt phát ban Rocky Mountain- RMSF), Rickettsia typhi	XN kháng thể IgM và IgG, XN miễn dịch huỳnh quang gián tiếp (IFA)	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	R. rickettsii DFA hoặc IHC và NAAT	Sinh thiết da từ vùng phát ban	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tử	Máu toàn phần	Ống EDTA, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Ehrlichia chaffeensis, Anaplasma phagocytophilum	XN kháng thể IgM và IgG	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN sinh học phân tử	Máu toàn phần	Ống EDTA, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Khác: B.burgdorferi, T.pallidum, Leptospira spp	Xem bảng 2 (Viêm màng não mủ)
Vi nấm
Cryptococcus neoformans	Nhuộm Gram Cấy nấm XN test nhanh tìm kháng nguyên Cryptococcus	DNT, huyết thanh	Lọ chứa kín, ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Cryptococcus gattii	Nhuộm Gram Cấy nấm XN test nhanh tìm kháng nguyên Cryptococcus	DNT	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Coccidioides spp	XN kháng thể Coccidioides, cố định bổ thể, và khuếch tán miễn dịch (immunodiffusion)	DNT và/hoặc huyết thanh	Lọ chứa kín hoặc ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Nhuộm Calcofluor Cấy nấm	DNT, các bệnh phẩm vị trí khác	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN mô học	Mẫu mô hoặc mô cố định bằng formalin	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ hoặc lâu hơn (formalin)
Ký sinh trùng và đơn bào
Acanthamoeba spp. Thể bệnh viêm não do amip sinh u hạt (Granulomatous Amoebic Encephalitis-GAE)	- XN dịch não tủy tìm bào nang hay thể tư dưỡng; - XN huỳnh quang miễn dịch gián tiếp (IIF) và PCR; - Nuôi cấy mô não; - Sinh thiết mô não tìm thấy tư dưỡng hoặc bào nang.	DNT Huyết thanh Mẫu mô não	- Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển đến PXN ≤ 2 giờ; - Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ

Các từ viết tắt: DNT: dịch não tủy; DFA: direct fluorescent antibody; EBNA, Epstein-Barr nuclear antigen (kháng nguyên nhân của EBV); EBV: Epstein-Barr virus; EDTA: ethylenedi- aminetetraacetic acid; HHV-6: human herpesvirus type 6; HSV: herpes simplex virus; IHC: Immunohistochemical stain (nhuộm hóa mô miễn dịch); IFA, indirect fluorescent antibody (xét nghiệm huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể); IIF: Indirect Immunofluorescence (xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp); IgG: immunoglobulin G; IgM: immunoglobulin M; IHC: immunohistochemistry (hóa mô miễn dịch); IIF: indirect immunofluorescent antibody (xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể); LCM: lymphocytic choriomeningitis virus; NAAT: nucleic acid amplification testing (xét nghiệm khuếch đại acid nucleic); PXN: phòng xét nghiệm; RMSF: Rocky Mountain spotted fever; VCA: viral capsid antigen (kháng nguyên vỏ vi rút); WNV: West Nile virus (vi rút Tây sông Nile).

a. Kháng thể WNV IgM có thể tồn tại > 6 tháng. Dương tính giả có thể xảy ra khi mới tiêm chủng (viêm não Nhật Bản, sốt vàng da) hoặc nhiễm flavivirus khác.

b. Độ nhạy của XN sinh học phân tử WNV ở người có khả năng miễn dịch là < 60%. Xét nghiệm tìm IgM trong dịch não tủy được ưu tiên, nhưng có thể âm tính giả trong tuần đầu tiên của các triệu chứng.

c. Việc phát hiện ADN của VZV trong dịch não tủy (~ 60% trường hợp), IgM trong dịch não tủy, hoặc tổng hợp kháng thể trong vỏ giúp phân biệt viêm màng não với quá trình sau truyền nhiễm, qua trung gian miễn dịch.

d. Bệnh bẩm sinh ở trẻ sơ sinh và sự tái hoạt ở vật chủ bị suy giảm miễn dịch. Kết quả sinh học phân tử CMV trong DNT dương tính giả đã được báo cáo ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch/viêm màng não do vi khuẩn.

e. XN sinh học phân tử định lượng EBV có thể giúp phân biệt dương tính thật với vi rút tiềm ẩn.

f. Ở bệnh nhân nhiễm HIV, phát hiện CMV ADN trong DNT có độ nhạy 82% -100% và độ đặc hiệu 86% -100% để chẩn đoán nhiễm CMV hệ thần kinh trung ương.

g. Trường hợp không có kháng thể IgM hoặc IgG huyết thanh không hẳn đã loại trừ nhiễm Toxoplasma spp. do âm tính giả trên cơ địa bệnh nhân suy giảm miễn dịch (22% bệnh nhân AIDS bị viêm não do Toxoplasma gondii thiếu IgG; hiếm khi phát hiện thấy IgM).

2.2.3. Áp xe não

Nhiễm trùng nhu mô não khu trú bắt đầu như viêm não, sau đó tiến triển đến hoại tử được bao bọc bởi một bao xơ. Có 2 loại bệnh sinh lớn: (1) lây lan tiếp giáp (viêm tai giữa, viêm xoang, viêm xương chũm và nhiễm trùng răng miệng), chấn thương, biến chứng phẫu thuật thần kinh, hoặc (2) lây lan theo đường máu từ vị trí nhiễm trùng xa (da, phổi, vùng chậu, ổ bụng, thực quản, viêm nội tâm mạc). Áp xe não ở vật chủ có khả năng miễn dịch thường do vi khuẩn gây ra (Bảng 4). Một số các sinh vật gặp phải ở những người bị suy giảm miễn dịch.

Bảng 4. Xét nghiệm chẩn đoán áp xe não[7]

Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
Vi khuẩn
Hiếu khí: Streptococcus, Staphylococcus, Vi khuẩn đường ruột, Pseudomonas, Haemophilus, Listeria spp Kỵ khí: Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella, Actinomyces, Clostridium, Propionibacterium spp	Nhuộm Gram Cấy vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí Sinh học phân tử (Multiplex PCR)	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa vô khuẩn kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
Nocardia spp	Nhuộm Gram, nhuộm kháng cồn - axít cải tiến Cấy hiếu khí (theo dõi trong 7 ngày; thêm thạch buffered charcoal yeast extract agar) Mô học (GMS, nhuộm Gram)	Dịch chọc hút áp xe, mô não Mô não	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Mycobacterium tuberculosis	Nhuộm kháng cồn - axít Cấy AFB	Dịch chọc hút áp xe (không lấy tăm bông), mô não	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển đ PXN ≤ 2 giờ
	Mô học (Nhuộm AFB)	Mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Xét nghiệm sinh học phân tử M. tuberculosisa	Dịch chọc hút, mô não	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi nấm
Candida spp Cryptococcus spp Aspergillus spp Zygomycetes (Rhizopus, Mucor spp) Scedosporium apiospermum Trichosporon spp Trichoderma spp Dematiaceous molds (Cladophialophora bantiana, Bipolaris spp, Exophiala spp Endemic dimorphic fungi	Nhuộm Calcofluor Cấy nấm Mô học (Nhuộm GMS) Nhuộm Mucicarmine tìm Cryptococcus	Dịch chọc hút áp xe, mô não Mô não	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Ký sinh trùng
Toxoplasma gondii	XN sinh học phân tử tìm Toxoplasma	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN kháng thể IgM và IgGb	Huyết thanh	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Nhuộm Giemsa Mô học	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ hoặc lâu hơn (formalin)
Taenia solium (neurocysticercosis)	XN IgG, ELISA, khẳng định bằng Western blotc	Huyết thanh	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Mô họcd	Mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ hoặc lâu hơn (formalin)
Acanthamoeba spp	Soi tươi Nhuộm Giemsa	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Mô học (Nhuộm trichrome)	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Cấy	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	XN miễn dịch huỳnh quang gián tiếp (IFA)	Huyết thanh	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Nhuộm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể (IIF)	Mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Nhuộm Giemsa	Dịch chọc hút áp xe, mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Balamuthia mandrillaris	Mô học (Nhuộm trichrome)	Mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ hoặc lâu hơn (formalin)
	XN miễn dịch huỳnh quang gián tiếp(IFA)	Huyết thanh	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
	Nhuộm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể (IIF)	Mô não	Lọ chứa kín, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ

Các từ viết tắt: AFB: acid-fast bacilli (trực khuẩn kháng cồn acid); ELISA: enzyme-linked immunosorbent assay (Thử nghiệm hấp phụ miễn dịch gắn men); GMS: Gomori methenamine silver (Nhuộm Grocott methenamine silver); IFA: indirect fluorescent antibody (xét nghiệm huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể); IgG: immunoglobulin G; IgM: immunoglobulin M; IIF: indirect immunofluorescent antibody (miễn dịch huỳnh quang gián tiếp tìm kháng thể); PXN: phòng xét nghiệm.

a. Kết quả âm tính không loại trừ Mycobacterium tuberculosis.

b. Việc không có IgM hoặc IgG huyết thanh không loại trừ nhiễm Toxoplasma.

c. Độ nhạy chỉ 50% nếu bệnh nhân có tổn thương nhu mô đơn độc; Có khả năng cho kết quả ELISA dương tính giả do phản ứng chéo với Echinococcus.

d. Chẩn đoán thường dựa trên biểu hiện lâm sàng, xét nghiệm hình ảnh hệ thần kinh và huyết thanh học. Thỉnh thoảng mới yêu cầu các thủ thuật xâm lấn (sinh thiết não).

2.2.4. Nhiễm trùng dẫn lưu (Shunt) hệ thần kinh trung ương

Ống dẫn lưu (Shunt) được đặt để chuyển hướng dịch não tủy trong điều trị não úng thủy. Đầu gần của dẫn lưu được đặt trong não thất, nang nội sọ, hoặc khoang dưới nhện (vùng thắt lưng). Đầu xa có thể được vào trong (khoang phúc mạc, mạch máu hoặc màng phổi) hoặc bên ngoài. Có 5% đến 15% số dẫn lưu bị nhiễm khuẩn (Bảng 5). Các con đường tiềm ẩn của nhiễm trùng dẫn lưu bao gồm bị nhiễm tại thời điểm đặt, bị nhiễm từ đầu xa (ngược dòng), phân hủy da trên shunt, và theo dòng máu. Cấy máu cũng nên được thu thập nếu dẫn lưu kết thúc trong một không gian có mạch máu (dẫn lưu não thất tâm nhĩ- ventriculoatrial shunt). Hầu hết các trường hợp nhiễm trùng dẫn lưu hệ thần kinh trung ương là do vi khuẩn. Nấm có nhiều khả năng gây nhiễm trùng dẫn lưu ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch và những người nhận dinh dưỡng toàn phần qua đường tĩnh mạch, steroid hoặc kháng sinh phổ rộng. Không nên nuôi cấy các thành phần ống dẫn lưu hoặc ống dẫn lưu sau khi cắt bỏ, trừ khi bệnh nhân có các triệu chứng của nhiễm trùng thần kinh trung ương.

Bảng 5. Xét nghiệm chẩn đoán Nhiễm trùng dẫn lưu hệ thần kinh trung ương[8]

Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
Vi khuẩn (1 hay nhiều loại)
- Hiếu khí: Staphylococcus, Streptococcus, Vi khuẩn đường ruột, Pseudomonas, Acinetobacte, Corynebacterium spp. - Một số vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện khác: E coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumanii, Stenotrophomonas maltophilia, Burkhoderia cepacia, Citrobacter freundii, Serratia marcescens, Enterococcus faecium, Candida spp… - Kỵ khí: Cutibacterium (Propionibacterium) acnes	Nhuộm Gram Cấy vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí (Theo dõi đến 14 ngày đối với C. acnes) Sinh học phân tử (Multiplex PCR) - Cấy vi khuẩn kỵ khí (Theo dõi đến 14 ngày đối với C. acnes)	DNT	- Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN - Lọ chứa vô khuẩn kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
Mycobacterium spp (rare)	- Nhuộm kháng cồn - axít - Cấy	DNT (≥ 5 ml)	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi nấm
Candida spp, các loài nấm khác	Nhuộm Calcofluor Cấy nấm	DNT	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ

Các từ viết tắt: AFB: acid-fast bacilli (trực khuẩn kháng cồn acid); DNT: Dịch não tủy; PXN: Phòng xét nghiệm

2.2.5. Tụ mủ dưới màng cứng, áp xe ngoài màng cứng và viêm tắc tĩnh mạch nội sọ

Tụ mủ dưới màng cứng và áp xe ngoài màng cứng là những cấp cứu ngoại khoa thường do vi khuẩn (liên cầu, tụ cầu, trực khuẩn gram âm hiếu khí, vi khuẩn kỵ khí, thường là nhiều loại vi khuẩn) (Bảng 6). Mycobacteria và nấm là những tác nhân gây biến chứng nhiễm trùng sau phẫu thuật hiếm gặp (phẫu thuật, sinh thiết, chọc dò tủy sống, gây mê). Áp xe ngoài màng cứng thường do tụ cầu, liên cầu, trực khuẩn gram âm hiếu khí và vi khuẩn kỵ khí.

Nocardia spp, Mycobacteria và nấm cũng có thể gây áp xe ngoài màng cứng. Biểu hiện lâm sàng của các sinh vật gây bệnh trong tụ mủ dưới màng cứng tương tự như áp xe ngoài màng cứng.

Công hưởng từ tiêm thuốc đối quang từ có dựng thì tĩnh mạch chẩn đoán tối ưu cho viêm tắc tĩnh mạch nội sọ cấp cứu. Tác nhân gây bệnh có thể được phát hiện từ dịch não tủy và cấy máu. Các sinh vật gây bệnh tương tự như áp xe ngoài màng cứng sọ và tụ mủ dưới màng cứng. Liệu pháp kháng khuẩn theo kinh nghiệm thường dựa trên tình trạng lâm sàng sẵn có.

Bảng 6. Các xét nghiệm chẩn đoán tụ mủ dưới màng cứng, áp xe ngoài màng cứng và viêm tắc tĩnh mạch nội sọ

Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
Vi khuẩn
Hiếu khí: Streptococcus, Enterococcus, Staphylococcus, Vi khuẩn đường ruột, Haemophilus, Pseudomonas spp Kỵ khí: Peptostreptococcus, Veillonella, Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella spp, Cutibacterium (Propionibacteriu) acnes	Nhuộm Gram Cấy vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí (Theo dõi đến 14 ngày đối với C. acnes) Sinh học phân tử (Multiplex PCR)	Dịch hút có mủ (không bao giờ sử dụng tăm bông)	Lọ chứa vô khuẩn kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
Nocardia spp.	Nhuộm Gram, nhuộm kháng cồn - axít cải tiến Cấy hiếu khí (theo dõi trong 7 ngày; thêm thạch buffered charcoal yeast extract agar)	Dịch hút có mủ	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN
Mycobacterium spp.	Nhuộm kháng cồn - axít Cấy AFB Xét nghiệm sinh học phân tử M. tuberculosisa	Dịch hút có mủ	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ
Vi nấm
Candida spp., các loài nấm khác	Nhuộm Calcofluor Cấy nấm	Dịch hút có mủ	Lọ chứa vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2 giờ

Các từ viết tắt: AFB: acid-fast bacilli (trực khuẩn kháng cồn acid); DNT: Dịch não tủy; PXN: Phòng xét nghiệm

a. Kết quả âm tính không loại trừ Mycobacterium tuberculosis

 

3. Nhiễm trùng mắt

Nhiễm trùng mắt rất phổ biến và xảy ra ở mọi lứa tuổi. Tác nhân gây bệnh nhiễm trùng mắt có thể do vi khuẩn, virus, nấm hoặc do các loại ký sinh trùng gây tổn thương cho mắt tại nhiều vị trí khác nhau như mi mắt, kết mạc, giác mạc, lệ đạo, màng bồ đào, nội nhãn...và xảy ra ở một hay cả hai mắt, nếu không được chẩn đoán và điều trị kịp thời bệnh sẽ gây ảnh hưởng nhiều đến thị lực của người bệnh.

3.1. Viêm bờ mi

Viêm bờ mi là một bệnh lý hay gặp. Lấy đường xám làm mốc, viêm bờ mi chia thành hai loại viêm bờ mi trước và viêm bờ mi sau. Tuỳ theo nguyên nhân viêm bờ mi sẽ có các triệu chứng khác nhau: Do vi khuẩn sẽ gây ngứa mi, xuất tiết vảy ướt và dính; do virus xuất hiện các vết loét ở bờ mi, góc mi kèm theo mụn nước, hay tái phát; do nấm triệu chứng ngứa là dấu hiệu nổi bật, vảy khô màu trắng và hay bị rụng lông mi; do Demodex có các triệu chứng ngứa mi, ngứa da, rụng lông mi.

3.2. Viêm kết mạc

Viêm kết mạc nhiễm trùng là bệnh lý hay gặp trong nhãn khoa, dưới dạng viêm kết mạc nhiễm trùng cấp tính hay mạn tính với nguyên nhân đa dạng như do vi khuẩn, virus, nấm, ký sinh trùng. Trên lâm sàng viêm kết mạc nhiễm trùng biểu hiện sưng nề mi mắt, kết mạc cương tụ, chất xuất tiết (rử, ghèn mắt), màng giả ở mắt cùng với các tổn thương khác như hột kết mạc, nhú gai kết mạc...Bệnh không ảnh hưởng đến thị lực trừ khi tác nhân có thể gây bệnh ở cả giác mạc như lậu cầu, bệnh mắt hột...hoặc khi giác mạc bị tổn thương bởi các tổn thương của kết mạc như tróc, trợt biểu mô giác mạc do màng giả kết mạc.

3.3. Viêm giác mạc

Viêm giác mạc nhiễm trùng là bệnh lý nặng và hay gặp ở các nước đang phát triển, bệnh có thể gây mù lòa bởi di chứng sẹo giác mạc hoặc phải bỏ nhãn cầu. Viêm giác mạc nhiễm trùng có thể biểu hiện dưới dạng viêm loét giác mạc hoặc chỉ thâm nhiễm ở nhu mô nội mô mà không có biểu hiện loét biểu mô. Bệnh có nguyên nhân đa dạng như vi khuẩn, nấm, virus, ký sinh trùng...Trên lâm sàng viêm loét giác mạc nhiễm trùng thường gây đau nhức, nhìn mờ, chói sáng, chảy nước mắt, co quắp mi với tổn thương trên giác mạc là ổ loét giác mạc nông, trung bình hoặc sâu, thậm chí dọa thủng và thủng, có thể tổn thương là các ổ thâm nhiễm nhu mô ở các mức độ khác nhau. Ngoài ra có thể có tổn thương ở mặt sau giác mạc và trong tiền phòng như xuất tiết, mủ tiền phòng.

3.4. Viêm củng mạc, viêm thượng củng mạc

Viêm củng mạc và viêm thượng củng mạc là một nhóm bệnh có liên quan về giải phẫu và nguyên nhân gây bệnh. Ngoài nguyên nhân gây viêm củng mạc, thượng củng mạc hay gặp là bệnh lý miễn dịch dị ứng thì nguyên nhân nhiễm trùng cần phải chú ý, đặc biệt viêm củng mạc sau các can thiệp bề mặt nhãn cầu, trên bệnh nhân viêm giác mạc, sau chấn thương...Viêm củng mạc có biểu hiện đau nhức nhiều, cương tụ kết mạc nhiều với các tổn thương đa dạng như viêm củng mạc thành ổ có chất hoại tử (mủ củng mạc) hoặc tỏa lan, hoặc gây hoại tử mỏng củng mạc. Tác nhân nhiễm trùng gây viêm củng mạc, thượng củng mạc cũng đa dạng như vi khuẩn, nấm, ký sinh trùng. Bệnh thường diễn biến kéo dài, khó điều trị, nhiều trường hợp diễn biến nặng phải bỏ nhãn cầu.

3.5. Viêm lệ đạo

Hệ thống lệ đạo bắt đầu từ điểm lệ, lệ quản, đến túi lệ, ống lệ mũi và kết thúc ở lỗ lệ tỵ ở ngách mũi dưới. viêm lệ đạo nhiễm trùng có thể cấp tính (như viêm lệ quản cấp, viêm túi lệ cấp, áp xe túi lệ) hoặc mạn tính như viêm lệ quản mạn tính, viêm túi lệ mạn tính. Đối với viêm cấp, bệnh nhân có biểu hiện chảy nước mắt, sưng nóng, đau đỏ vùng viêm, đặc biệt áp xe túi lệ gây đau nhiều, sưng nề cả tổ chức vùng mặt xung quanh, có thể sốt, có thể rò mủ khi ổ viêm vỡ. Viêm mạn tính cũng gây chảy nước mắt kèm chảy mủ từ hệ thống lệ đạo hoặc khi ấn vào vùng túi lệ, lệ quản có thể thấy mủ chảy ra góc mắt. Nguyên nhân hay gặp là vi khuẩn, Actinomyces, nấm (hay gặp nấm men).

3.6. Viêm sẹo bọng

Nhiễm trùng sẹo bọng là biến chứng sau phẫu thuật cắt bè có thể đe dọa tới thị lực của người bệnh nếu không được phát hiện và điều trị kịp thời. Biến chứng này đang có xu hướng gia tăng do việc sử dụng kết hợp các chống chuyển hoá như 5FU hay Mitomycin C. Triệu chứng giai đoạn sớm thường không điển hình, giống với viêm kết mạc do virus hay vi khuẩn như: sưng nề mi, cộm vướng, đau, cương tụ kết mạc, có tiết tố dử. Khám sinh hiển vi phát hiện thâm nhiễm dạng mủ vùng sẹo bọng, cương tụ kết mạc mạnh quanh sẹo bọng. Thị lực thường không hoặc ít bị ảnh hưởng trong giai đoạn sớm. Khi bệnh tiến triển, sẽ xuất hiện phản ứng viêm trong tiền phòng-tế bào viêm, mủ, phù giác mạc và phản ứng của dịch kính.

3.7. Viêm nội nhãn

Viêm nội nhãn là tình trạng phản ứng viêm nghiêm trọng xảy ra trong nhãn cầu. Viêm nội nhãn thường do nhiễm trùng, có thể do phẫu thuật hoặc chấn thương nhưng đôi khi là nội sinh do vi khuẩn hoặc nấm theo đường máu đến gây bệnh tại mắt. Bệnh thường diễn biến cấp tính với các triệu chứng như đau mắt dữ dội, đỏ mắt, nhìn mờ..và nếu không được điều trị kịp thời có thể gây mắt thị lực hoặc thậm chí phải bỏ nhãn cầu.

Hội chứng Posner-Schlossman do viêm thể mi cấp, được phát hiện vào năm 1948 bởi hai nhà khoa học là Posner & Schlossman. Bệnh lý này thường gặp ở người trưởng thành ở độ tuổi từ 20-50 tuổi. Bệnh thường ở một mắt nhưng cũng có khi ở hai mắt. Nguyên nhân của bệnh hiện tại chưa rõ ràng, tuy nhiên một số tác giả trên thế giới đã đưa ra vài giả thuyết như: H.Pylori, HSV/VZV, CMV, yếu tố tự miễn.

Chọc hút tiền phòng là thủ thuật lấy bệnh phẩm dịch nội nhãn làm xét nghiệm. Đây là thủ thuật đơn giản có thể thực hiện được tại các khoa lâm sàng. Chọc hút dịch tiền phòng được chỉ định trong các trường hợp có viêm nội nhãn như viêm mủ nội nhãn, hội chứng Posner Schlossman, một số trường hợp có mủ tiền phòng cần làm xét nghiệm

3.8. Viêm màng bồ đào

Viêm màng bồ đào là tình trạng phản ứng viêm xảy ra ở lớp màng bồ đào của nhãn cầu. Màng bồ đào là lớp màng có sắc tố đen chứa nhiều mạch máu nằm giữa củng mạc phía ngoài và võng mạc phía trong (đây là ba lớp vỏ của nhãn cầu). Bệnh có thể do nguyên nhân nhiễm trùng hoặc tự miễn...Bệnh biểu hiện với các triệu chứng như đau mắt, đỏ mắt, sợ ánh sáng, nhìn mờ, nhìn như thấy ruồi bay trước mắt..Các trường hợp nặng không được điều trị có thể gây mất thị lực hoặc teo nhãn cầu. Nguyên nhân thường do ký sinh trùng (Toxocara canis,Onchocerca volvulus, Toxoplasma gondii…); vi khuẩn (lao, giang mai, …); virus (HSV, VZV, CMV…).

3.9. Viêm tổ chức hốc mắt

Viêm hốc mắt thường biểu hiện trên lâm sàng là phản ứng viêm cấp tính, nó có thể do một hoặc nhiều nhóm vi sinh vật gây ra. Tác nhân chủ yếu là vi khuẩn, ngoài ra có thể gặp nấm và ký sinh trùng. Do hốc mắt nằm sát cạnh các cấu trúc khác của vùng hàm mặt nên có thể dễ dàng lây nhiễm các tác nhân nhiễm trùng từ các cấu trúc bao quanh hốc mắt.

a) Viêm hốc mắt

Viêm hốc mắt thường gặp ở trẻ em và người trẻ, tập trung chủ yếu trong độ tuổi 0-15. Bệnh thường diễn biến cấp tính và được coi là một cấp cứu trong nhãn khoa. Nguồn lây nhiễm chủ yếu đến từ các xoang vùng hàm mặt, trong đó hay gặp nhất là xoang sàng. Các nguyên nhân khác như áp xe da mi, lẹo, viêm túi lệ, viêm toàn nhãn, sau các chấn thương hốc mắt, dị vật hốc mắt, các phẫu thuật tại hốc mắt và vùng hàm mặt,..

Viêm hốc mắt trên lâm sàng được chia thành 2 dạng: viêm tổ chức trước vách và viêm tổ chức hốc mắt.

- Viêm tổ chức trước vách: Viêm tại tổ chức trước vách ngăn hốc mắt bao gồm da mi và tổ chức dưới da. Bệnh thường cấp tính, biểu hiện với các triệu chứng sưng phù đỏ mi mắt, có thể kèm theo phù, cương tụ kết mạc, không lồi mắt, vận nhãn không hạn chế, không có tổn thương phản xạ đồng tử hướng tâm (RAPD). Nguồn lây nhiễm chính từ da và đường hô hấp trên, các nguyên nhân khác như chấn thương, viêm túi lệ cấp...

- Viêm tổ chức hốc mắt: triệu chứng lâm sàng bao gồm đau, sưng phù đỏ mi, kết mạc, lồi mắt, hạn chế vận nhãn, tổn thương phản xạ đồng tử hướng tâm (RAPD). Nguyên nhân thường gặp là viêm xoang, trong đó viêm xoang sàng hay gặp nhất.

- Tác nhân gây bệnh: Ở nhóm bệnh nhân trẻ em, tác nhân hay gặp nhất là Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae. Ở người lớn hay gặp nhiễm phối hợp nhiều loại vi khuẩn. Pseudomonas aeruginosa và Proteus mirabilis hay gặp ở các bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết phối hợp, đái tháo đường, viêm túi mật và leukaemia cấp tính. Các trường hợp nhiễm khuẩn sau chấn thương có thể gặp một số loại vi khuẩn như Bacillus thuringiensis, Yersinia enterocolitica...

+ Viêm tổ chức trước vách: tác nhân hay gặp là Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae.

+ Viêm tổ chức hốc mắt: thường gặp nhất là Staphylococcus aureus. Các tác nhân khác như Streptococcusspp., Haemophilus influenzae, Clostridium sp, Enterococcus sp., Pseudomonas aeruginosa., vi khuẩn kỵ khí (Clostridium sp, …)

b) Nhiễm nấm hốc mắt

Nhiễm nấm hốc mắt tương đối hiếm gặp, thường dễ nhầm lẫn với các trường hợp viêm hốc mắt mạn tính hay u hốc mắt và có thể bỏ sót trên lâm sàng. Nguồn lây nhiễm thường từ các xoang hàm mặt lân cận, ngoài ra các đường vào khác như chấn thương hốc mắt, đường máu. Tác nhân gây bệnh bao gồm nấm Mucor (Rhizopus, Mucormycosis, Absidia) và Aspergillus sp.

Bệnh nấm Mucor

Bệnh nấm Mucor là tình trạng nhiễm nấm cấp tính của hốc mắt gây ra bởi Rhizopus, Mucormycosis, Absidia sp. Bệnh thường gặp ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch,đái tháo đường thể ceton, bệnh nhân suy tủy, dùng ức chế miễn dịch kéo dài..nguồn lây chủ yếu từ các xoang hàm mặt. Triệu chứng lâm sàng diễn biến cấp tính với sốt, đau hốc mắt, lồi mắt, liệt vận nhãn, sụp mi, mất cảm giác giác mạc, giảm thị lực.

Ngoài ra còn có thể thấy triệu chứng đặc hiệu là các mảng hoại tử màu đen trên da mi, vách ngăn mũi, khẩu cái cứng.

Bệnh nấm Aspergillus

Nhiễm nấm Aspergillus có thể gặp 2 dạng là nhiễm nấm xâm lấn và không xâm lấn. Dạng nhiễm nấm xâm lấn, biểu hiện lâm sàng cấp tính như bệnh nấm Mucorvới các yếu tố nguy cơ tương tự. Trong giai đoạn cuối cũng từ xoang bướm. Với dạng nhiễm không xâm lấn thường gặp ở bệnh nhân có miễn dịch bình thường, nguyên nhân từ viêm nhiễm các xoang hàm mặt, chủ yếu là xoang hàm. Biểu hiện lâm sàng thường không rầm rộ, mạn tính và chủ yếu là các triệu chứng của hiệu ứng khối choán chỗ hốc mắt.

c) Nhiễm ký sinh trùng hốc mắt

Nhiễm ký sinh trùng trong các bộ phận của mắt nói chung và hốc mắt nói riêng khá hiếm gặp, có thể nhiễm trùng đúng hoặc lạc chỗ từ nơi khác. Nhiễm ký sinh trùng liên quan đến mắt có thể triệu chứng nhẹ đến đe dọa thị lực tiềm tàng như Acanthamoeba spp., Taenia spp., Toxoplasma spp., Toxocara spp., Onchocerca spp.), mức độ từ phổ biến đến ít nghiêm trọng như ngoại ký sinh trùng Demodex spp. trên mi mắt. Mỗi loại ký sinh trùng có một con đường xâm nhập vào mắt riêng biệt (tắm hay nuốt nước nhiễm mầm bệnh, côn trùng đốt, hay nhiễm trùng qua kính sát tròng).

Bệnh ấu trùng sán lợn Cysticercus cellulosae

Nhiễm ấu trùng sán lợn ở mắt gây ra do Cysticercus cellulosae dạng ấu trùng của sán dây Taenia solium. Người là vật chủ trung gian và bệnh thường lây nhiễm qua đường thức ăn, hay nước có chứa trứng sán. Bệnh thường gặp ở cả đối tượng trẻ em và người lớn, không có sự khác biệt về giới tính.

Triệu chứng lâm sàng không đặc hiệu với các triệu chứng thường gặp như lồi mắt, giới hạn vận nhãn, song thị, sụp mi, có khối dưới kết mạc hoặc mi mắt. Bệnh có thể biểu hiện như một tình trạng viêm tổ chức hốc mắt không đặc hiệu. Chẩn đoán chủ yếu dựa vào yếu tố dịch tễ và lâm sàng.

Nhiễm sán dây Echinococcus spp. ở hốc mắt

Bệnh thường gây ra bởi dạng ấu trùng của sán Echinococcus granulosus. Chó và động vật hoang dã là vật chủ chính, trong khi người là vật chủ trung gian. Nguồn lây nhiễm chính từ thức ăn có nhiễm ấu trùng sán E. granulosus 1-2% số trường hợp nhiễm sán dây có biểu hiện ở hốc mắt.

Triệu chứng lâm sàng thường biểu hiện khối choán chỗ hốc mắt với các triệu chứng như lồi mắt, lệch trục nhãn cầu, khối giả u ở hốc mắt, có thể có dấu hiệu chèn ép thị thần kinh. Khi nang ấu trùng vỡ có thể có biểu hiện viêm hố mắt cấp tính. Chẩn đoán chủ yếu dựa vào yếu tố dịch tễ và lâm sàng.

Bệnh do Toxoplasma spp. ở hốc mắt

Bệnh do Toxoplasma gondii ở mắt lây truyền qua đường bẩm sinh hoặc mắc phải. Một khi đơn bào đi vào võng mạc, nó tăng sinh bên trong các tế bào vật chủ và theo sau đó làm vỡ tế bò vật rồi xâm nhập vào các tế bào kế bên tạo ra các tổn thương tiên phát. Đôi khi Toxoplasma gondii bị kiểm soát bởi miễn dịch vật chủ trong vết sẹo lần đầu tiên, sau đó lại được hoạt hóa rồi nhiễm vào các tổn thương khác gần vết sẹo giác mạc.

Triệuchứng chính trên các bệnh nhân là nhìn mờ, viêm võng mạc hoại tử khu trú, nặng hơn có thể viêm màng bồ đào, phá hủy mô mắt. Trên trẻ em nhỏ bị nhiễm trùng T. gondii bẩm sinh thường dẫn đến biến chứng trên thủy tinh thể, viêm mống mắt thể mi, viêm màng mạch và mất thị lực một bên mắt. Chẩn đoán thông qua triệu chứng lâm sàng và xét nghiệm phát hiện kháng thể trong huyết thanh hoặc sinh học phân tử phát hiện DNA của T. gondii trong máu, dịch kính của bệnh nhân. Nếu không điều trị sẽ dẫn đến mất thị lực và viêm võng mạc màng mạch toàn thể. Việc điều trị cần phối hợp thuốc để chống viêm và giải quyết mầm bệnh.

Bệnh do Toxocara spp. ở hốc mắt

Bệnh do ấu trùng giun đũa chó ở mắt là một quá trình nhiễm trùng do người nuốt phải trứng Toxocaraspp.Triệu chứng lâm sàng có thể hình thành u hạt ngoại vi, hoặc u hạt và kèm theo viêm nội nhãn. Đôi khi có thể là một tình trạng mất thị lực vĩnh viễn do viêm nghiêm trọng và điều quan trọng là cần chẩn đoán phân biệt với u nguyên bào võng mạc. Việc chẩn đoán dựa vào khám chuyên khoa mắt và chẩn đoán huyết thanh phát hiện kháng thể IgG kháng Toxocara spp., tuy nhiên kết quả thường âm tính giả do nồng độ kháng thể thấp và chỉ có một ấu trùng vào mắt.

Bệnh do Onchocerca spp. ở hốc mắt

Bệnh do Onchocerca spp. ở mắt cũng là một nhiễm trùng hiếm gặp. Triệu chứng xuất hiện do ấu trùng giun chỉ di chuyển trong mô dưới da và mắt, gây nên đáp ứng viêm trầm trọng, biểu hiện ngứa và các thay đổi trên da. Tổn thương mắt có thể dẫn đến suy giảm thị lực và mù vĩnh viễn. Trong hầu hết ca bệnh, các nốt trên da bao quanh giun trưởng thành.

3.10. Hướng dẫn sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng trong nhiễm trùng mắt

TT	Chẩn đoán nghi ngờ, theo dõi Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm bờ mi	Streptococcus pneumoniae Streptococcus viridans Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Escherichia coli Corynebacterium spp.	Nhuộm gram Vi khuẩn nuôi cấy và định danh Vi khuẩn kháng thuốc định tính Vi khuẩn kháng thuốc định lượng	Chất nạo bờ mi, vảy...	Lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng (như: Curette/ Forceps...)
		Pityrosporum	Nhuộm Gram Vi nấm nuôi cấy và định danh Kháng nấm đồ
		Demodex Phthirus pubis	Soi tươi KOH	Lông mi
		Virus Herpessimplex, virus Varicella zoster	Tế bào học Sinh học phân tử		Bệnh phẩm cho vào ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º C không quá 24h.
2	Viêm kết mạc	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcusviridans Staphylococcus epidermidis Neisseria gonorrhoeae Group D Streptococci Pseudomonas aeruginosa Klebsiella spp. Escherichia coli	Nhuộm gram Vi khuẩn nuôi cấy và định danh Vi khuẩn kháng thuốc định tínhVi khuẩn kháng thuốc định lượng	Dịch/chất xuất tiết kết mạc ở cùng đồ dưới (rử mắt, mủ kết mạc); Chất nạo biểu mô kết mạc. Dị vật kết mạc, chỉ khâu kết mạc, kính tiếp xúc...; Mảnh sinh thiết kết mạc.	Lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng (như Curette/Forceps/Tăm bông tẩm Calcium alginate/tăm bông thường…); Bệnh phẩm là dịch, mảnh sinh thiết... cho vào xylanh vô trùng/ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º C không quá 24h.
		Nấm men	Nhuộm Gram Vi nấm nuôi cấy và định danh Kháng nấm đồ
		Chlamydial	Nhuộm Methylene blue, test nhanh, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Giem sa Sinh học phân tử
		Microsporidia	Nhuộm Gram, nhuộm Giem sa, Huỳnh quang, nhuộm Modified Trichrome Sinh học phân tử
		Virus Herpes simplex, virus Adeno, Virus Varicella zoster	Tế bào học Sinh học phân tử
3	Viêm giác mạc	Streptococcuspneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcusviridans Staphylococcus epidermidis Corynebacterriumxerosis Moraxellacatarrhalis Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Enterobacterriaaerogenes Aeromonashydrophila Escherichia coli Serratia marcescens Klebsiellaspp	Nhuộm gram Vi khuẩn nuôi cấy và định danh Vi khuẩn kháng thuốc định tính Vi khuẩn kháng thuốc định lượng	Chất hoại tử ổ loét giác mạc; Mảnh giác mạc từ phẫu thuật gọt giác mạc; Mảnh bệnh phẩm từ sinh thiết giác mạc; Mảnh giác mạc khi ghép giác mạc; Dị vật giác mạc; Thiết bị cấy ghép trên giác mạc: giác mạc nhân tạo, vòng nhu mô giác mạc, chỉ giác mạc, kính tiếp xúc...; Rửa lấy hoặc hút lấy xuất tiết, dịch tiền phòng, dịch kính; Dung dịch bảo quản kính tiếp xúc, bảo quản giác mạc..	Lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng (như thìa Kimura,s spatula, lưỡi dao mổ số 15, đầu kim tiêm uốn cong..); Bệnh phẩm là dịch, mảnh sinh thiết lấy vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
		Fusariumspp Aspergillusfumigatus Aspergillusflavus Aspergillusniger Aspergillustereus Aspergillusspp Curvularia Cladosporium Cephalosporium Dreschlaria Cylindrocarpon Bipolaris Candida albicans	Vi nấm soi tươi bằng KOH, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Gram, Nhuộm Methylene blue; Vi nấm nuôi cấy và định danh định danh; Kháng nấm đồ; Sinh học phân tử.
		Nocardia Mycobacteria	AFB trực tiếp nhuộm Ziehl-Neelsen, nhuộm Ziehl-Neelsen cải tiến Vi khuẩn nuôi cấy, định danh Sinh học phân tử
		Microsporidia	Nhuộm Gram, soi tươi bằng KOH, Sinh học phân tử
		Acanthamoeba	Soi tươi bằng KOH Nhuộm Gram, nhuộm Giemsa Sinh học phân tử
		Herpes Simplex Virus, Varicella-Zoster Virus	Tế bào học, sinh học phân tử.
4	Viêm củng mạc và viêm thượng củng mạc	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcusviridans Staphylococcusepidermidis Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Enterobacterriaaerogenes Aeromonashydrophila Escherichia colis Serratia marcescens Klebsiellaspp	Nhuộm Gram Vi khuẩn nuôi cấy và định danh; Vi khuẩn kháng thuốc định tính; Vi khuẩn kháng thuốc định lượng.	Chất hoại tử mủ củng mạc, thượng củng mạc; Mảnh sinh thiết củng mạc; Thiết bị cấy ghép ở củng mạc: van dẫn lưu, đai củng mạc.	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
		Fusariumspp Aspergillusfumigatus Aspergillusflavus Aspergillusniger Aspergillustereus Aspergillusspp Curvularia Cladosporium Cephalosporium Dreschlaria Cylindrocarpon Bipolaris Candida albicans	Vi nấm soi tươi bằng KOH, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Gram, Nhuộm Methylene blue ; Vi nấm nuôi cấy và định danh định danh Kháng nấm đồ Sinh học phân tử
		Actinomyces spp	Nhuộm Gram, nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí.
		Mycobacteria Nocardia	AFB trực tiếp nhuộm Ziehl- Neelsen, nhuộm Ziehl-Neelsen cải tiến; Vi khuẩn nuôi cấy, định danh; Sinh học phân tử.
		Actinomyces spp	Nhuộm Gram, nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí.
5	Viêm lệ đạo	Staphylococcus aureus Staphylococcusepidermidis Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Enterobacterriaaerogenes Aeromonashydrophila Escherichia coli Serratia marcescens Klebsiellaspp	Nhuộm Gram; Vi khuẩn nuôi cấy, định danh; Vi khuẩn kháng thuốc định tính; Vi khuẩn kháng thuốc định lượng.	- Nặn lấy mủ lệ quản, mủ túi lệ; - Chích rạch áp xe túi lệ lấy mủ túi lệ; - Mảnh sinh thiết lệ quản, túi lệ khi phẫu thuật lệ đạo; - Thiết bị đặt vào hệ thống lệ: các loại nút điểm lệ, các loại ống lệ quản, ống lệ mũi.	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
		Actinomyces spp	Nhuộm Gram, nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí.
6	Viêm sẹo bọng	Staphylococcus epidermidis Streptococcuspneumoniae Propionibacterium acnes Pseudomonas aeruginosa Haemophilus influenzae Corynebacterium	Nhuộm Gram; Vi khuẩn nuôi cấy, định danh; Vi khuẩn kháng thuốc định tính; Vi khuẩn kháng thuốc định lượng.	Tiết tố kết mạc, mủ sẹo bọng; Dịch tiền phòng; Dịch kính.	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
7	Viêm mủ nội nhãn	Staphylococcus aureus Streptococcus pyogenes Staphylococcus epidermidis Streptococcusviridans Streptococcus pneumoniae Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Enterobacterriaaerogenes Aeromonashydrophila Escherichia coli Serratia marcescens Klebsiellaspp Bacillus cereus	Nhuộm Gram Vi khuẩn nuôi cấy, định danh; Vi khuẩn kháng thuốc định tính; Vi khuẩn kháng thuốc định lượng.	Dịch tiền phòng, dịch kính	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
		Fusariumspp Aspergillusfumigatus Aspergillusflavus Aspergillusniger Aspergillustereus Aspergillusspp Curvularia Cladosporium Cephalosporium Dreschlaria Cylindrocarpon Bipolaris Candida albicans Candida	Vi nấm soi tươi bằng KOH, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Gram, Nhuộm Methylene blue ; Vi nấm nuôi cấy và định danh định danh Kháng nấm đồ Sinh học phân tử
		Herpes Simplex Virus	Tế bào học, sinh học phân tử
8	Viêm màng bồ đào	Staphylococcus aureus Streptococcus pyogenes Staphylococcusepidermidis Streptococcusviridans Streptococcus pneumoniae	Nhuộm Gram; Vi khuẩn nuôi cấy và định danh; Vi khuẩn kháng thuốc định tính; Vi khuẩn kháng thuốc định lượng.	Dịch tiền phòng Dịch kính Máu	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h. Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2h.
		Fusariumspp Aspergillusfumigatus Aspergillusflavus Aspergillusniger Aspergillustereus Aspergillusspp Curvularia Cladosporium Cephalosporium Dreschlaria Cylindrocarpon Bipolaris Candida albicans Candida	Vi nấm soi tươi bằng KOH, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Gram, Nhuộm Methylene blue ; Vi nấm nuôi cấy và định danh định danh Kháng nấm đồ Sinh học phân tử
		Herpes Simplex Virus Varicella- Zoster Virus Cytomegalovirus	Tế bào học, sinh học phân tử
		Mycobacteria	AFB trực tiếp nhuộm Ziehl-Neelsen, sinh học phân tử.
		Toxocaracanis,Toxoplasm osis	ELISA; Sinh học phân tử.
9	Viêm tổ chức hốc mắt	Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Streptococcusviridans Staphylococcus epidermidis Corynebacterriumxerosis Moraxella catarrhalis Pseudomonas aeruginosa Proteus mirabilis Enterobacterriaaerogenes Aeromonashydrophila Escherichia coli Serratia marcescens Klebsiellaspp	Nhuộm Gram Vi khuẩn nuôi cấy, định danh Vi khuẩn kháng thuốc định tính Vi khuẩn kháng thuốc định lượng	Xuất tiết, mủ lấy từ ổ áp xe hốc mắt hoặc xoang viêm nhiễm; Chất tiết kết mạc, mi mắt; Sinh thiết tổ chức hốc mắt hoặc các xoang có liên quan.	Bệnh phẩm cho vào xylanh vô trùng/ ống vô trùng có nắp xoáy vận chuyển ngay đến phòng XN trong vòng 2 giờ. Nếu không chuyển ngay được có thể bảo quản ở tủ lạnh 2-8º không quá 24h.
		Fusariumspp Aspergillusfumigatus Aspergillusflavus Aspergillusniger Aspergillustereus Aspergillusspp Curvularia Cladosporium Cephalosporium Dreschlaria Cylindrocarpon Bipolaris Candida albicans Rhizopus, Mucor	Vi nấm soi tươi bằng KOH, nhuộm Huỳnh quang, nhuộm Gram, nhuộm Methylene blue ; Vi nấm nuôi cấy và định danh định danh; Kháng nấm đồ; Sinh học phân tử.	Máu	Ống huyết thanh, nhiệt độ phòng, chuyển PXN ≤ 2h.
		Ấu trùng sán lợn (cycticercosis), sán dây (echinococcosis)	ELISA

Những lưu ý trong lấy bệnh phẩm nhiễm trùng Mắt:

- Chất nạo bờ mi, vảy da, chất bã nang lông...lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng như (Curette/forceps/tăm bông).

- Tìm Demodex , Phthius pubis dùng panh vuốt nhẹ lông mi trên và dưới lấy những lông mi dễ rụng.

- Dịch/chất xuất chất nạo biểu mô lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng: tăm bông tẩm Calcium alginate/tăm bông thường vô khuẩn.

- Bệnh phẩm là chất nạo biểu mô, chất nạo giác mạc lấy bệnh phẩm bằng dụng cụ chuyên dụng đã tiệt trùng (như thìa Kimura, lưỡi dao mổ số15, đầu kim tiêm uốn cong).

 

4. Nhiễm trùng vị trí đầu, cổ

Nhiễm khuẩn mô mềm và các khoang vùng đầu - mặt (bao gồm nhiễm trùng khoang cổ sâu) có thể phân loại theo nguồn gốc nhiễm khuẩn: từ răng; từ hầu họng; từ nguồn gốc bên ngoài.

4.1. Nhiễm khuẩn có nguồn gốc từ răng: thường do viêm nha chu hoặc do vi khuẩn thường trú ở nướu răng. Bao gồm: áp xe quanh amidan hoặc áp xe họng; áp xe khoang sâu như áp xe thành sau họng, áp xe hàm dưới hoặc khoang dưới lưỡi; viêm hạch bạch huyết cổ.

- Biến chứng của các nhiễm khuẩn từ răng: có thể do sự lan rộng của huyết khối hoặc bởi sự lan rộng trực tiếp của huyết khối nhiễm trùng tĩnh mạch cảnh trong (hội chứng Lemierre), viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn, áp xe nội sọ, viêm trung thất cấp tính.

- Việc chẩn đoán chính xác nguyên nhân: phụ thuộc vào khả năng thu thập mẫu bệnh phẩm.

- Mẫu bệnh phẩm thích hợp: chọc hút dịch hoặc sinh thiết mô viêm tại vị trí tổn thương, đặc biệt tránh tạp nhiễm vi khuẩn thường trú.

- Đối với mẫu bệnh phẩm cấy tìm vi khuẩn kỵ khí: cần thu thập trong môi trường chuyên chở vi khuẩn kỵ khí.

4.2. Nhiễm khuẩn gây ra bởi vi khuẩn thường trú vùng hầu họng

Bao gồm: viêm thanh thiệt, viêm xương chũm, viêm mô tuyến nước bọt, viêm mủ tuyến mang tai.

- Vi khuẩn thường trú vùng hầu họng có thể lan đến các mô khác như tai giữa, xương chũm, mô của mũi gây nhiễm khuẩn cấp tính.

- Các bệnh phẩm thích hợp bao gồm: dịch chọc hút, mô viêm hoặc mô nạo vét. Có thể thêm một ít nước muối vô khuẩn để giữ ẩm mô.

Viêm thanh thiệt

- Tránh lấy bệnh phẩm bằng que phết. Bởi vì thanh thiệt có thể phù nề khi bị viêm hoặc bị phản ứng trong quá trình lấy bệnh phẩm, do đó có thể gây tử vong do ngạt thở nếu không được cấp cứu kịp thời.

- Nên thực hiện chỉ định cấy máu.

Viêm xoang mãn tính

- Nguyên nhân phổ biến là nấm sợi.

- Tuy nhiên, các bệnh phẩm lấy bằng que phết sẽ không phân lập được nấm sợi (ngay cả khi lấy bằng phương pháp nội soi). Bệnh phẩm thích hợp nhất: chọc hút qua nội soi hoặc mô nạo vét.

4.3. Nhiễm khuẩn có nguồn gốc từ tác nhân bên ngoài (không phải các vi khuẩn thường trú khoang miệng)

Bao gồm: viêm tai ngoài ác tính, viêm xương chũm, vết cắn của động vật và chấn thương, bỏng và biến chứng của phẫu thuật.

- Những vi khuẩn thường trú ở niêm mạc là nguyên nhân gây nhiễm khuẩn, hầu hết là các trực khuẩn Gram âm và Staphylococci.

- Những điểm lưu ý khi sử dụng chỉ định cận lâm sàng trong chẩn đoán nhiễm khuẩn mô mềm vùng đầu và cổ:

+ Bệnh phẩm thích hợp: mô, dịch hoặc dịch chọc hút. Không nên lấy bệnh phẩm bằng que phết.

+ Trong viêm thanh thiệt: không nên sử dụng que phết để lấy bệnh phẩm.

+ Nếu nghi ngờ vi khuẩn kỵ khí: nên sử dụng môi trường chuyên chở vi khuẩn kỵ khí.

+ Mẫu mô: nên giữ ẩm mẫu mô trong quá trình vận chuyển.

TT	Chẩn đoán nghi ngờ/ Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm họng Vincent	Thường nhiễm đa khuẩn: Fusobacterium spp. và Borrelia spp. của khoang miệng	Nhuộm Gram. (không nên thực hiện xét nghiệm nuôi cấy).	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút dịch vết thương. (Không nên lấy bằng que phết).	Dụng cụ vô khuẩn. Nhiệt độ phòng, vận chuyển ngay đến PXN.
2	Viêm thanh thiệt và thượng thanh môn	Người miễn dịch bình thường Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Streptococci ß-hemolytic group Staphylococcus aureus Neisseria meningitidis	Có thể chỉ cần chẩn đoán lâm sàng.		Que phết vô trùng, nhiệt độ phòng, trong 2 giờ.
			- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy, định danh. - Kháng sinh đồ.	Phết thanh thiệt (1) (chỉ thực hiện trong trường hợp cần thiết)
			- Cấy máu tìm vi khuẩn. - Kháng sinh đồ.	2 - 4 bộ cấy máu. (có thể chỉ sử dụng chai hiếu khí).	Chai cấy máu kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
		Người suy giảm miễn dịch Vi khuẩn Haemophillus influenzae Streptococcus pneumoniae Streptococci ß- hemolytic group Staphylococcus aureus Nesseria meningitidis Pastereulla multocida	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy, định danh. - Kháng sinh đồ.	Phết thanh thiệt (1) (chỉ thực hiện trong trường hợp cần thiết).	Que phết, nhiệt độ phòng, trong 2 giờ.
			- Cấy máu tìm vi khuẩn. - Kháng sinh đồ.	2 - 4 bộ cấy máu. (có thể chỉ sử dụng chai hiếu khí).	Chai cấy máu hiếu khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
		Vi nấm Aspergillus spp. Hoặc nấm sợi khác	- Nhuộm KOH- calcofluor. - Nuôi cấy định danh vi nấm. - Kháng nấm đồ. - NAAT.	Mô sinh thiết Hoặc bệnh phẩm chải rửa có bảo vệ.	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, trong 2 giờ.
			- Cấy máu tìm vi nấm. - Kháng nấm đồ.	2 - 4 bộ cấy máu. (chai cấy máu tìm vi nấm).	Chai cấy máu cho vi nấm, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
3	Áp xe quanh amidan	Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Streptococcus anginosus group Arcanobacterium haemolyticum Nhiễm đa khuẩn: vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí ở khoang miệng	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (không nên lấy bằng que phết).	Môi trường vận chuyển kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
4	Hội chứng Lemierre (huyết khối nhiễm trùng tĩnh mạch cảnh trong)	Fusobacterium necrophorum Nhiễm đa khuẩn: gồm nhiều loại vi khuẩn kỵ khí ở khoang miệng như Prevotella spp. và cầu khuẩn gram dương (+) kỵ khí.	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (Không nên lấy bằng que phết).	Môi trường vận chuyển kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
			- Cấy máu (2) - Kháng sinh đồ.	2 - 4 bộ cấy máu.	Chai cấy máu hiếu khí và kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
5	Nhiễm khuẩn hàm dưới, nhiễm khuẩn thành sau họng hoặc khoang sâu (bao gồm Ludwig angina)	Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Streptococcus anginosus group Actinomyces spp. Nhiễm đa khuẩn: vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí ở khoang miệng	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (Không nên lấy bằng que phết).	Môi trường vận chuyển kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
			- Cấy máu (2) - Kháng sinh đồ.	2 - 4 bộ cấy máu.	Chai cấy máu hiếu khí và kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
6	Viêm hạch bạch huyết cổ cấp tính	Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Streptococcus anginosus group Nhiễm đa khuẩn: vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí ở khoang miệng	- Nhuộm Gram - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (Không nên lấy bằng que phết).	Môi trường vận chuyển kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
			- Cấy máu (2) - Kháng sinh đồ.	2 - 4 bộ cấy máu.	Chai cấy máu hiếu khí và kỵ khí, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
7	Viêm hạch bạch huyết cổ mãn tính	Mycobacterium avium complex Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium khác	- Nhuộm kháng acid - cồn. - Nuôi cấy AFB. - NAAT.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (Không nên lấy bằng que phết).	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, trong 2 giờ.
		Listeria monocytogenes	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Mô sinh thiết. Hoặc chọc hút áp xe. (Không nên lấy bằng que phết).	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
		Bartonella henselae	Bartonella NAAT (3)	Huyết tương (5ml).	Tuýp EDTA, nhiệt độ phòng, trong 2 giờ.
				Hoặc mô sinh thiết.	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
			Giải phẫu bệnh mô học.	Mẫu mô bảo quản trong formalin.	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
8	Viêm xương chũm	Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Streptococcus pyogenes Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Họ vi khuẩn đường ruột Vi khuẩn kỵ khí	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí. - Kháng sinh đồ.	Dịch tai giữa được lấy bằng phương pháp chọc hút xuyên màng nhĩ bằng kim nhỏ (tympanocentesis). Hoặc mô sinh thiết xương chũm. (Không nên lấy bằng que phết).	Môi trường vận chuyển kỵ khí vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
		Mycobacterium tuberculosis	- Nhuộm kháng acid - cồn. - Nuôi cấy lao. - NAAT.	Mô sinh thiết xương chũm.	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.
9	Viêm tai ngoài ác tính	Pseudomonas aeruginosa	- Nhuộm Gram. - Nuôi cấy tìm vi khuẩn hiếu khí. - Kháng sinh đồ.	Dịch hoặc mẫu nạo vét ống tai ngoài. Hoặc mô sinh thiết từ xương thái dương hoặc xương chũm.	Dụng cụ vô khuẩn, nhiệt độ phòng, chuyển ngay đến PXN.

Chú thích:

(1) Xem xét nguy cơ khi lấy bệnh phẩm: có thể gây tổn thương đường thở trong quá trình lấy bệnh phẩm. Cần chuẩn bị nội khí quản và các phương tiện hồi sức.

(2) Xét nghiệm cấy máu thực hiện theo quyết định của bác sĩ lâm sàng.

(3) Thử nghiệm acid nucleic thường không sẵn có tại đơn vị, thường phải gửi tới các phòng xét nghiệm tham chiếu, thời gian trả kết quả có thể kéo dài.

 

5. Nhiễm trùng đường hô hấp

5.1. Nhiễm trùng đường hô hấp trên

Thường đề cập đến viêm tai giữa, viêm họng và viêm xoang. Phần lớn viêm nhiễm trùng mũi họng là do vi rút.

Nuôi cấy dịch tỵ hầu không dự đoán chính xác căn nguyên gây viêm xoang.

Không khuyến cáo sử dụng tăm bông thông thường lấy bệnh phẩm viêm tai giữa, viêm xoang, khuyến cáo lấy dịch chọc hút hoặc dịch dẫn lưu bằng tăm bông đầu nhỏ từ vị trí tổn thương cho nuôi cấy.

Trong viêm họng lấy bệnh phẩm ở họng, tránh chạm vào răng, lợi, má.

Vi khuẩn Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Neisseria meningitidis và Streptococcus pneumoniae thường không phải là tác nhân gây viêm họng.

TT	Chẩn đoán nghi ngờ/ Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm tai giữa	Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae (non- typeable) Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Alloiococcus otitidis Staphylococcus aureus Escherichia coli Klebsiella pneumoniae	Dịch trích màng nhĩ hoặc tăm bông đầu nhỏ lấy dịch từ tai giữa (có ống thông hoặc chảy dịch tai)	Nhuộm Gram Nuôi cấy hiếu khí	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
2	Viêm xoang hàm cấp	Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Staphylococcus aureusa Streptococcus pyogenesa	Dịch hút từ xoang hàm Bệnh phẩm tăm bông lấy từ khe giữa mũi dưới hướng dẫn của nội soi	Nhuộm Gram Nuôi cấy hiếu khí	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
3	Viêm xoang phức tạp	Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Staphylococcus aureus Streptococcus pyogenes Pseudomonas aeruginosa Enterobacterales	Dịch hút từ xoang	Nhuộm Gram Nuôi cấy hiếu khí	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
		Hệ vi sinh hiếu khí - kỵ khí từ khoang miệng	Mô hoặc dịch hút khi phẫu thuật	Nhuộm Gram Nuôi cấy hiếu khí và kỵ khí	Dụng cụ kị khí vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
4	Viêm xoang	Nghĩ tới nấm Aspergillus spp. Zygomycetes Fusarium spp. Nấm sợi khác	Dịch hút từ xoang	Nhuộm KOH Nuôi cấy nấm	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
			Mô hoặc dịch hút khi phẫu thuật
5	Viêm họng	Streptococcus pyogenes	Tăm bông dịch họng	Test nhanh kháng nguyên NAAT Nuôi cấy	Tăm bông trong dụng cụ vận chuyển, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Streptococci tan huyết beta nhóm C và G (S. dysgalactiae, S. canis, hoặc S. equi)		Nuôi cấy
		Arcanobacterium haemolyticum
		Neisseria gonorrhoeae		Nuôi cấy NAAT
		Corynebacterium diphtheriae	Giả mạc	Nhuộm methylene blue Nuôi cấy	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
		Fusobacterium necrophorum	Tăm bông dịch họng		Tăm bông vận chuyển kị khí, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Epstein Barr virus (EBV)	2 ml huyết thanh	Huyết thanh học	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
		Herpes simplex virus (thường type 1)	Tăm bông bệnh phẩm nơi tổn thương	NAAT	Tăm bông trong dụng cụ vận chuyển, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Neisseria gonorrhoeae	Tăm bông dịch họng	Nuôi cấy NAAT	Tăm bông trong dụng cụ vận chuyển, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Chlamydia trachomatis		NAAT
		HIV	2 ml huyết thanh	EIA	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8 º < 24 giờ

 

Chữ viết tắt:

NAAT (Nucleic Acid Amplification Test): Xét nghiệm khuếch đại acid Nucleic

EIA (Enzyme imunoassay): phản ứng miễn dịch enzyme

Phản ứng huyết thanh xác định HSV IgG, IgM không được khuyến cáo sử dụng cho chẩn đoán viêm họng.

5.2. Nhiễm trùng đường hô hấp dưới

- Sử dụng phương pháp xét nghiệm xác định kháng nguyên hoặc NAAT để phát hiện tác nhân virus gây bệnh đường hô hấp

- Sử dụng panel đa mồi xác định tác nhân đường hô hấp cân nhắc thận trọng khi phiên giải kết quả xét nghiệm

- Nếu sử dụng mẫu đờm để nuôi cấy thì lấy mẫu đờm đầu tiên của buổi sáng

- Trong đợt cấp của bệnh xơ nang phổi nên bao gồm cả xét nghiệm nuôi cấy tìm vi khuẩn lao và nấm

- Nội soi phế quản và lấy dịch rửa phế quản là bệnh phẩm tối ưu ở trẻ em mắc viêm phổi cộng đồng nặng khi các xét nghiệm khác không xác định được tác nhân .

a) Trẻ em

TT	Chẩn đoán nghi ngờ/ Hội chứng, triệu chứng	Tuổi	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm phế quản cấp	<5 tuổi	Streptococcus pneumonia Haemophilus influenza Moraxella catarrahis	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Mẫu hút đờm, dịch khí quản, dịch phế quản, dịch rửa phế quản-phế nang	Dụng cụ vô trùng ở nhiệt độ phòng < 2 giờ
				Cấy máu	Thể tích máu phụ thuộc trọng lượng trẻ (xem phần nhiễm trùng huyết)	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, < 2 giờ
				Test nhanh kháng nguyên	Mẫu nước tiểu sạch đầu tiên (Streptococcus pneumoniae)	Dụng cụ vô trùng ở nhiệt độ phòng < 2 giờ
		>5 tuổi	Streptococcus pneumonia	Xem Streptococcus pneumonia ở trên
			Mycoplasma pneumonia Chlamydia pneumonia	NAAT	Đờm, dịch tỵ hầu, tăm bông phết họng, dịch nội khí quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ., 2-8º < 24 giờ
				IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8 º < 24 giờ
		Các nhóm tuổi	Respiratory syncytial virus Adenovirus Coronavirus	Test nhanh kháng nguyên NAAT	Tăm bông tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu	Tăm bông hoặc dụng cụ vô trùng ở nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Rhinovirus	NAAT	Tăm bông tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu
		Suy giảm miễn dịch	Bordetella bronchiseptica	NAAT	Tăm bông tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu	Tăm bông hoặc dụng cụ vô trùng ở nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
2	Viêm phổi cộng đồng	<3 tháng	Escherichia coli Staphylococus aureus	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Mẫu hút đờm, dịch khí quản, dịch phế quản, dịch rửa phế quản-phế nang	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
				Cấy máu	Thể tích máu phụ thuộc trọng lượng trẻ (xem phần nhiễm trùng huyết)	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, < 2 giờ
			Streptococcus group B Listeria monocytogenes	Nhuộm Gram Nuôi cấy NAAT	Mẫu hút đờm, dịch khí quản, dịch phế quản, dịch rửa phế quản-phế nang	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
				Cấy máu	Thể tích máu phụ thuộc trọng lượng trẻ (xem phần nhiễm trùng huyết)	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, < 2 giờ
			Chlamydia trac homatis	NAAT	Mẫu hút đờm, dịch tỵ hầu, dịch phết họng, dịch nội khí quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ., 2-8º < 24 giờ
				IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Respiratory syncytial virus Influenza virus,	Test nhanh kháng nguyên, NAAT	Dịch tỵ hầu, dịch mũi, dịch họng	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Parainfluenza virus, Human metapn eumovirus	NAAT	Dịch tỵ hầu, dịch mũi, dịch họng
			Bordetella pertussis	Nuôi cấy NAAT	Tăm bông tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu	Tăm bông hoặc dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ,
				IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		3 tháng - 5 tuổi	Streptococcus pneumonia Hemophilus influenza Moraxella catarrhalis Staphylococus aureus Streptococcus group A	Xem các vi khuẩn này ở phần trên
			Chlamydia trachomatis Mycoplasma pneumonia	Xem các vi khuẩn này ở phần trên
			Respiratory syncytial virus Influenza virus Adenovirus Coronavirus	Test nhanh kháng nguyên NAAT	Tăm bông hoặc dịch hút tỵ hầu	Tăm bông hoặc dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Parainfluenza virus Enterovirus Rhinovirus	NAAT	Tăm bông hoặc dịch hút tỵ hầu
		>5 tuổi	Chlamydia trachomatis Mycoplasma pneumonia	Xem các vi khuẩn này ở phần trên
			Streptococcus pneumonia Staphylococcus aureus	Xem các vi khuẩn này ở phần trên
			Influenza virus Adenovirus Enterovirus Rhinovirus Coronavirus	Xem các vi rút này ở phần trên
		Tất cả các nhóm tuổi	Mycobacterium tuberculosis	Nhuộm Zieh-Neelsen Nuôi cấy NAAT	Đờm, dịch tỵ hầu, dịch nội khí quản, dịch phế quản, dịch rửa phế quản-phế nang Dịch dạ dày (trẻ nhỏ) Phân (trẻ nhỏ)	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Paragonimus westermani	Soi trực tiếp	Đờm Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
				IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Suy giảm miễn dịch	Staphylococcus aureus	Xem vi khuẩn này ở phần trên	Xem vi khuẩn này ở phần trên
			Aspergillus spp.	Nhuộm soi Nuôi cấy Kháng nguyên Galactomannan	Dịch rửa phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
				Kháng thể Aspergillus Kháng nguyên B-D Glucan	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Pneumocystis jirovecii	NAAT	Đờm, dịch tỵ hầu, dịch nội khí quản, dịch rửa phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
				Kháng thể Aspergillus Kháng nguyên B-D Glucan	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
			Respiratory syncytial virus Adenovirus Influenza virus SARS-CoV-2	Test nhanh kháng nguyên NAAT	Dịch tỵ hầu	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ.
			Parainfluenza virus Rhinovirus	NAAT	Dịch tỵ hầu
			Cytomegalovirus	NAAT	Máu
3	Viêm phổi bệnh viện/ Viêm phổi thở máy		Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Klebsiella pneumoniae Stenotrophomo nas maltophilia Staphylococus aureus	Xem các vi khuẩn này ở phần trên
			Aspergillus spp	Xem Aspergillus ở trên
			Influenzae virus Parainfluenzae virus Adenovirus Respiratory syncytial virus	Xem các vi rút này ở phần trên
4	Tràn dịch Màng phổi		Staphylococcus aureus Trực khuẩn Gram âm Streptococcus pneumonia	Xem các vi rút này ở phần trên
			Mycobacterium tuberculosis	Xem Mycobacterium tuberculosis ở trên
			Ký sinh trùng: Paragonimus westermani Entamoeba histolytica Echinococcus spp. Toxoplasma gondii	Soi trực tiếp	Dịch màng phổi Đờm Dịch rửa phế quản Phân	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phóng < 2 giờ
				Hiệu giá kháng thể	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông ở nhiệt độ phóng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ

 

b) Người lớn

TT	Chẩn đoán nghi ngờ/ Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm phế quản cấp	Mycoplasma pneumoniae Chlamydia pneumoniae Bordetella pertussis	NAAT	Tăm bông dịch tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu, dịch họng	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
			IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông ở nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Influenzae virus Respiratory syncytial virus Coronavirus Adenovirus	Test nhanh kháng nguyên NAAT	Tăm bông tỵ hầu, dịch hút tỵ hầu, dịch hút mũi, dịch rửa mũi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
		Parainfluenza virus Rhinovirus Enterovirus	NAAT
2	Đợt cấp của viêm phế quản mãn	Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Đờm	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Chlamydia pneumoniae Mycoplasma pneumoniae	Xem phần Viêm phế quản cấp
		Streptococcus pneumoniae	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Đờm	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Test nhanh kháng nguyên	Nước tiểu
		Pseudomonas aeruginosa	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Đờm	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
3	Viêm phổi cộng đồng	Streptococcus pneumoniae	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Đờm, bệnh phẩm soi phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Test nhanh kháng nguyên	Nước tiểu
		Staphylococcus aureus Hemophillus influenza Enterobacterales Pseudomonas aeruginosa	Nhuộm soi Nuôi cấy	Đờm, bệnh phẩm soi phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Leigionella	NAAT	Đờm, bệnh phẩm soi phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Test nhanh kháng nguyên	Nước tiểu
		Mycoplasma pneumoniae Chlamydia pneumoniae	NAAT	Dịch họng, dịch tỵ hầu, đờm, dịch rửa phế quản phế nang	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			IgG, IgM	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông ở nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Mycobacterium tuberculosis	Nhuộm Ziehl- Neelsen Nuôi cấy NAAT	Đờm, dịch phế quản, dịch rửa phế quản-phế nang Dịch dạ dày (trẻ nhỏ) Phân (trẻ nhỏ)	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
		Aspergillus spp.	Nhuộm soi Nuôi cấy Kháng nguyên Galactomannan	Dịch rửa phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Kháng thể Aspergillus Kháng nguyên B- D Glucan	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Histoplasma capsulatum	Nhuộm soi Nuôi cấy	Dịch rửa phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
				Huyết thanh Nước tiểu	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Influenza virus Respiratory syncytial virus Adenovirus Coronavirus	Xem các tác nhân này ở trên
		Parainfluenza virus Rhinovirus Metapneumovirus	Xem các tác nhân này ở trên
		Paragonimus westermani	Soi trực tiếp	Dịch màng phổi Đờm	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
4	Viêm phổi bệnh viện/ Viêm phổi liên quan đến thở máy	Klebsiella pneumoniae Acinetobacter baumannii Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Stenotrophomonas maltophilia Staphylococus aureus kháng methicillin	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Đờm, dịch nội khí quản, dịch rửa phế quản, Mô sinh thiết phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Cấy máu	Cấy máu	Chai cấy máu, nhiệt độ phòng, < 2 giờ
		Vi khuẩn kị khí (viêm phổi hít)	Nhuộm soi Nuôi cấy	Nội soi phế quản lấy bệnh phẩm bằng bàn chải có bảo vệ Dịch màng phổi (nếu có)	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Legionella spp	NAAT	Đờm, dịch nội khí quản, dịch rửa phế quản, Mô sinh thiết phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
			Test nhanh kháng nguyên	Nước tiểu
		Aspergillus spp	Nhuộm soi, nuôi cấy Galactomanna	Dịch nội khí quản, dịch rửa phế quản, mô sinh thiết phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			B-D glucan	Huyết thanh	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
		Influenzae virus Coronavirus Adenovirus Respiratory syncytial virus	NAAT Test nhanh kháng nguyên	Dịch hút mũi, rửa mũi, tăm bông tỵ hầu, dịch hút nội khí quản, dịch hút phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2- 8º < 24 giờ
5	Tràn dịch màng phổi	Staphylococcus aureus và MRSA Streptococcus anginosus Streptococus pyogenes Enterobacterales Pseudomonas aeruginosa	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Streptococcus pneumoniae	Nhuộm Gram Nuôi cấy Test nhanh kháng nguyên trong nước tiểu	Dịch màng phổi Nước tiểu	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ Nước tiểu có thể kéo dài tới 24 giờ/2-8º
		Norcadia spp	Nhuộm Gram Nhuộm Ziehl- Neensel cải tiến Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Legionella	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Test nhanh kháng nguyên trong nước tiểu	Nước tiểu	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Vi khuẩn kị khí	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		Mycobacterium tuberculosis	Nhuộm Ziehl- Neelsen Nuôi cấy NAAT	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
		Aspergillus spp	Nhuộm soi Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Kháng thể Aspergillus	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
			(1-3) β-D-glucan
		Histoplasma capsulatum	Nhuộm soi Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Kháng nguyên	Huyết thanh Nước tiểu	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ hoặc 2-8º < 24 giờ
		Candida spp.	Nhuộm Gram Nuôi cấy	Dịch màng phổi	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
		RSV Influenza Adenovirus SARS-CoV-2	Kháng nguyên NAAT	Tăm bông hoặc dịch hút tỵ hầu	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
		Rhinovirus Parainfluenza virus Human metapneumovirus	NAAT
		Paragonimus westermani Entamoeba histolytica	Soi trực tiếp	Dịch màng phổi Đờm Dịch rửa phế quản	Dụng cụ vô trùng, nhiệt độ phòng < 2 giờ
			Kháng thể	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ
		Echinococcus spp. Toxoplasma gondii	Kháng thể	Huyết thanh	Tube không có chất chống đông, nhiệt độ phòng < 2 giờ, 2-8º < 24 giờ

Lưu ý: Xét nghiệm kháng nguyên trong nước tiểu nên lấy nước tiểu đầu buổi sáng, giữa dòng Histoplasma capsulatum nuôi cấy trong điều kiện an toàn sinh học cấp độ 3.

 

6. Nhiễm trùng đường tiêu hoá

6.1. Đại cương

Nhiễm trùng đường tiêu hóa bao gồm nhiều bệnh cảnh với nhiều tác nhân gây bệnh khác nhau. Một số bệnh cảnh, đặc biệt là tiêu chảy không gây viêm và viêm dạ dày ruột cấp tính trong thời gian ngắn, không cần chỉ định thực hiện xét nghiệm. Xét nghiệm vi sinh lâm sàng được chỉ định khi muốn chẩn đoán tác nhân gây bệnh viêm thực quản, viêm dạ dày, viêm dạ dày-ruột và viêm trực tràng.

Những điểm cần lưu ý khi sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng trong nhiễm trùng đường tiêu hóa:

- Mẫu bệnh phẩm để chẩn đoán bệnh tiêu chảy là mẫu phân lỏng, không phải là mẫu có hình dạng bình thường hoặc mẫu phân được phết bằng tampon; ngoại trừ ở trẻ em, mẫu phân được phết bằng tampon có thể được chấp nhận nếu quan sát thấy có phân dính trên tampon.

- Xét nghiệm độc tố hoặc phát hiện axit nucleic của C. difficile chỉ nên thực hiện với mẫu phân lỏng, không có hình dạng bình thường, trừ khi bệnh nhân bị tắc ruột.

a) Viêm thực quản

Viêm thực quản thường do nguyên nhân không nhiễm trùng, chẳng hạn như bệnh trào ngược dạ dày. Nguyên nhân do nhiễm trùng thường gặp ở bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch. Soi tìm nấm bằng calcofluor, kali hydroxit (KOH) hoặc soi tìm vi khuẩn bằng nhuộm Gram từ mẫu dịch rửa thực quản kết hợp với mô bệnh học và nuôi cấy vi rút từ mẫu sinh thiết thực quản sẽ xác định chẩn đoán trong hầu hết các trường hợp.

b) Viêm dạ dày

Helicobacter pylori có liên quan đến viêm teo dạ dày, loét dạ dày-tá tràng và ung thư dạ dày. Vì vậy, chẩn đoán nhiễm H. pylori quan trọng để điều trị làm giảm các biến chứng. Xét nghiệm H. pylori được khuyến cáo cho tất cả bệnh nhân có loét dạ dày-tá tràng, lymphoma mô lympho liên quan đến niêm mạc dạ dày (gastric mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma) và ung thư dạ dày giai đoạn sớm.

Xét nghiệm H. pylori có thể xâm lấn hoặc không xâm lấn.

Các xét nghiệm xâm lấn bao gồm soi nhuộm Gram và nuôi cấy H. pylori, khảo sát mô bệnh học và test urease trực tiếp từ mẫu sinh thiết qua nội soi ở bệnh nhân không dùng kháng sinh và thuốc ức chế bơm proton trong 2 tuần trước khi nội soi, như vậy, gây ra rủi ro lớn hơn cho bệnh nhân. Nuôi cấy, dù không được thực hiện thường quy, có thể cung cấp kết quả kháng sinh đồ của vi khuẩn. Soi nhuộm Gram và nuôi cấy H. pylori nếu lấy mẫu và vận chuyển mẫu đúng cách có độ nhạy 95%, bằng với khảo sát mô bệnh học.

Các xét nghiệm không xâm lấn như test hơi thở và xác định kháng nguyên trong phân có ưu điểm là bệnh nhân không cần nội soi và sinh thiết dạ dày. Test hơi thở có độ nhạy khoảng 95%; test kháng nguyên trong phân có độ nhạy 88% -98%, độ nhạy ở người lớn cao hơn ở trẻ em. Các xét nghiệm không xâm lấn hữu ích trong việc theo dõi hiệu quả điều trị diệt trừ vi khuẩn.

Chẩn đoán huyết thanh có độ nhạy và độ đặc hiệu thấp hơn, với độ nhạy (<90%), độ đặc hiệu (90%) và không có ích cho việc theo dõi điều trị.

c) Viêm dạ dày ruột, tiêu chảy nhiễm trùng và do độc tố

Nhiễm trùng đường tiêu hóa có triệu chứng đa dạng với nhiều tác nhân gây bệnh. Chẩn đoán bệnh tiêu chảy dựa vào tuổi và tình trạng của bệnh nhân, độ nghiêm trọng của bệnh, thời gian và phân loại bệnh, các mùa trong năm và khu vực địa lý.

Xét nghiệm phân bằng phương pháp nuôi cấy hoặc phương pháp không nuôi cấy được chỉ định cho tiêu chảy nặng, tiêu ra máu, sốt, hội chứng lỵ, nhiễm trùng bệnh viện hoặc tiêu chảy dai dẳng. Cần có sự trao đổi giữa lâm sàng và phòng xét nghiệm vi sinh để xác định vi sinh vật nào cần tìm, phương pháp nào cần thực hiện.

Hầu hết các phòng xét nghiệm có khả năng nuôi cấy Salmonella, Shigella, một số phòng xét nghiệm có thể nuôi cấy Campylobacter và Escherichia coli sinh độc tố Shiga. Một số phòng xét nghiệm còn có thể phát hiện Clostridium difficile bằng các phương pháp không nuôi cấy và xét nghiệm được các vi khuẩn khác và vi rút gây nhiễm trùng tiêu hóa. Nuôi cấy phân thường ít khi phát hiện được tác nhân gây bệnh, vì vậy khi cần thiết, cần thực hiện các phương pháp không nuôi cấy.

Bệnh phẩm tốt nhất là phân lỏng (phân có hình dạng của vật chứa).

Xét nghiệm nhiều mẫu phân hiếm khi được chỉ định để phát hiện tác nhân gây bệnh. Trong các nghiên cứu ở người lớn, tỷ lệ phát hiện tác nhân gây bệnh trong mẫu phân đầu tiên là 87% -94%, trong mẫu thứ hai là 98%. Ở trẻ em, mẫu phân đầu tiên phát hiện được tác nhân gây bệnh là 98%. Do đó, 1 mẫu với trẻ em và 2 mẫu với người lớn khi cần thiết có thể được cân nhắc.

Trong nuôi cấy, mẫu phết trực tràng có độ nhạy thấp hơn mẫu phân nên không được khuyến cáo cho người lớn, nhưng ở trẻ em, mẫu phết trực tràng và mẫu phân có độ nhạy tương đương. Trong các phương pháp không nuôi cấy, mẫu phết trực tràng có độ bằng mẫu phân, tuy nhiên chưa có xét nghiệm nào từ phết trực tràng được FDA chấp thuận.

Cấy phân

Cấy phân thường được chỉ định để phát hiện vi khuẩn xâm lấn đường tiêu hóa. Khi cấy phân, các phòng thí nghiệm phát hiện thường quy Salmonella, Shigella, và ở một số nơi là Campylobacter và E. coli sinh độc tố Shiga.

Nuôi cấy Salmonella spp. có thể mất 24-72 giờ và được định danh tới mức độ chi, một số phòng xét nghiệm có thể định type huyết thanh. Xét nghiệm tìm các chủng E. coli gây bệnh cần điều kiện nuôi cấy đặc biệt, nên không phải phòng xét nghiệm vi sinh nào cùng có thể thực hiện được. Sàng lọc E. coli sinh độc tố được khuyến cáo chỉ định cho trẻ em.

Cấy Vibrio và Yersinia cần chỉ định đặc biệt vì cần môi trường nuôi cấy và điều kiện ủ riêng. Bác sĩ lâm sàng cần trao đổi với phòng xét nghiệm vi sinh khi nghi ngờ những tác nhân này.

Khi muốn theo dõi hiệu quả điều trị nhiễm trùng, cần chỉ định cấy phân.

Các phương pháp không nuôi cấy

Các phương pháp xét nghiệm không nuôi cấy đang ngày càng phổ biến hơn. Các xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) có thể là đơn mồi hoặc đa mồi. Cần có sự trao đổi giữa lâm sàng và phòng xét nghiệm vi sinh về những loại tác nhân mà các kit xét nghiệm có thể phát hiện được.

Các phương pháp không nuôi cấy có thể cho kết quả sau 1-5 giờ, nhanh hơn so với 24- 96 giờ của phương pháp nuôi cấy. Các xét nghiệm này có độ nhạy cao hơn so với nuôi cấy, có thể phát hiện cùng lúc nhiều tác nhân, kể cả những tác nhân không nuôi cấy được.

Các phương pháp không nuôi cấy không nên sử dụng để theo dõi điều trị vì phát hiện cả vi sinh vật còn sống và đã chết.

Clostridium botulinum:

Botulism là tình trạng nhiễm độc do ngoại độc tố botulinum của Clostridium botulinum. Chẩn đoán thường không dựa vào kết quả vi sinh mà dựa vào chẩn đoán lâm sàng. Chẩn đoán vi sinh được xác định khi phát hiện độc tố botulinum trong huyết thanh (ở bệnh nhân nhiễm khuẩn từ vết thương, sơ sinh, nhiễm khuẩn từ thức ăn), phân (ở sơ sinh và nhiễm khuẩn từ thức ăn), và dịch dạ dày/chất nôn (ở bệnh nhân nhiễm khuẩn từ thức ăn). Phát hiện độc tố và nuôi cấy Clostridium botulinum được thực hiện ở các phòng xét nghiệm đặc biệt, chuyên sâu.

Clostridium difficile:

Có nhiều phương pháp xét nghiệm để chẩn đoán nhiễm trùng do Clostridium difficile. Cấy phân tìm Clostridium difficile sinh độc tố có độ nhạy và độ đặc hiệu cao nhất trong các xét nghiệm phát hiện C. difficile, nhưng chỉ xác định chủng sinh độc tố thì không đặc hiệu cho tình trạng nhiễm trùng, vì tốn nhiều thời gian và công sức nên phương pháp này không được thực hiện thường quy tại các phòng xét nghiệm. So với nuôi cấy tìm chủng sinh độc tố, thử nghiệm gây độc tế bào có độ nhạy 85% -90%, cần 24-48 giờ và nhiều công thực hiện nên cũng ít được thực hiện. Phát hiện độc tố bằng xét nghiệm miễn dịch gắn men (EIA) hoặc sắc ký miễn dịch được sử dụng rộng rãi trong thực hành lâm sàng, có độ nhạy 70% -85% nhưng thời gian cho kết quả nhanh hơn nhiều, dưới 2 giờ.

Xét nghiệm phát hiện cả độc tố A và độc tố B giúp tăng độ nhạy.

Xét nghiệm kháng nguyên glutamate dehydrogenase (GDH) nhạy nhưng độ đặc hiệu kém.

Khuếch đại axit nucleic để phát hiện C. difficile có độ nhạy 93% -100%.

Để giảm thời gian và chi phí, tăng độ chính xác cho chẩn đoán bệnh liên quan đến C. difficile, một số phòng xét nghiệm sử dụng quy trình với GDH là test sàng lọc nhanh, kết hợp với các phương pháp khác để khẳng định.

Ở trẻ em, có tình trạng người lành mang mầm bệnh với C. difficile, vì vậy xét nghiệm thường quy không cần thực hiện ở trẻ em <2 tuổi, đặc biệt là trẻ <1 tuổi. Với trẻ <2 tuổi, nên tìm các nguyên nhân khác trước, chỉ tìm C. difficile khi không tìm được các nguyên nhân khác và các triệu chứng nặng hoặc biểu hiện lâm sàng phù hợp với nhiễm C. difficile.

Ký sinh trùng

Số lượng mẫu bệnh phẩm để khảo sát, chẩn đoán nhiễm/ bệnh do ký sinh trùng vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau vì tùy thuộc vào tác nhân ký sinh trùng hay đơn bào gây bệnh và loại bệnh phẩm, giai đoạn tiến triển của bệnh và mục đích thực hiện. Các quy trình soi bệnh phẩm tươi truyền thống khuyến cáo soi 3 mẫu trong khoảng thời gian 7-10 ngày để khảo sát trứng, ấu trùng và ký sinh trùng non và trưởng thành. Hiện nay, để tiết kiệm chi phí, mẫu thứ hai được gửi kiểm tra khi mẫu thứ nhất âm tính và bệnh nhân còn triệu chứng, mẫu thứ 3 được gửi nếu vẫn âm tính và bệnh nhân còn triệu chứng.

Xét nghiệm huyết thanh miễn dịch hoặc phản ứng khuếch đại acid nucleic (NAAT) có thể áp dụng cho một số loại ký sinh trùng ở người, nhất là các bệnh do “ấu trùng ngõ cụt ký sinh” truyền từ động vật sang người thường gặp nhất ở những khu vực địa lý có lưu hành bệnh, quần thể nguy cơ và các bác sĩ lâm sàng yêu cầu cũng có thể được sử dụng như một bước sàng lọc trên các bệnh nhân có dấu chứng chỉ điểm và bệnh nhân có các yếu tố nguy cơ cần phải kiểm tra trứng và ký sinh trùng (ova and parasite testing-OPT) đầy đủ. Việc xét nghiệm có thể làm nhiều mẫu ở những thời điểm khác nhau, nhưng có những tác nhân chỉ làm một lần như huyết thanh miễn dịch cho Giardia spp.

Lợi điểm của các xét nghiệm miễn dịch hoặc sinh học phân tử là có thể phân biệt rõ ràng loài ký sinh trùng trong một số trường hợp mà phương pháp hình thái khó phân biệt rõ ràng, ví dụ trong xét nghiệm soi bệnh phẩm tươi thường quy không thể phân biệt Entamoeba histolytica gây bệnh với Entamoeba dispar bằng hình thái học, nên phòng xét nghiệm sẽ báo cáo kết quả E. histolytica/ dispar, khi đó dùng xét nghiệm miễn dịch hoặc khuếch đại acid nucleic để phân biệt 2 loài này là tăng độ chính xác.

Điểu kiện bảo quản mẫu nên được trao đổi giữa nhà lâm sàng và quy định phòng xét nghiệm, vì điều kiện này sẽ khác nhau tùy theo từng xét nghiệm thực hiện.

Virus

Tiêu chảy do virus thường có thời gian bệnh ngắn và tự giới hạn.

Có thể dùng xét nghiệm khuếch đại acid nucleic để chẩn đoán virus gây tiêu chảy, nhưng không cần thực hiện thường quy, ngoại trừ ở những người bệnh suy giảm miễn dịch, hoặc khi cần để kiểm soát nhiễm trùng, điều tra dịch tễ.

Ở người bệnh suy giảm miễn dịch, xem xét chỉ định tìm CMV bằng phương pháp khuếch đại acid nucleic định lượng từ mẫu huyết tương, khi kết quả âm tính cũng không được loại trừ và có thể chỉ định xét nghiệm lại.

d) Viêm trực tràng

Viêm trực tràng thường do các tác nhân lây truyền qua đường tình dục, hậu quả của tiếp xúc hậu môn - sinh dục, áp xe hoặc nhiễm trùng vết thương quanh trực tràng cũng có thể biểu hiện các triệu chứng tương tự. Một mẫu bệnh phẩm thường đã đủ để chẩn đoán.

6.2. Xét nghiệm vi sinh lâm sàng

TT	Chẩn đoán nghi ngờ/ Hội chứng, triệu chứng	Tác nhân	Xét nghiệm	Bệnh phẩm	Thu thập, đóng gói, bảo quản và vận chuyển
1	Viêm thực quản	Candida spp.	Soi tìm nấm bằng calcofluor-KOH Cấy nấm Kháng nấm đồ nếu cấy nấm dương tính trong các trường hợp phức tạp, kháng trị	Mẫu dịch rửa thực quản Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, 2 giờ
			Khảo sát mô bệnh học	Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
		Virus Herpes simplex (HSV)	Cấy HSV Nhuộm huỳnh quang trực tiếp	Mẫu dịch rửa thực quản Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ có môi trường vận chuyển virus, giữ lạnh, gửi mẫu ngay
			NAAT	Mẫu dịch rửa thực quản Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
			Khảo sát mô bệnh học	Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
		Cytomegalovirus (CMV)	Cấy CMV Nhuộm huỳnh quang trực tiếp	Mẫu dịch rửa thực quản Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ có môi trường vận chuyển virus, giữ lạnh, gửi mẫu ngay
			NAAT	Mẫu dịch rửa thực quản Mẫu sinh thiết thực quản Huyết tương	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ Huyết tương có EDTA
			Nhuộm hóa mô miễn dịch	Mẫu sinh thiết thực quản	Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
2	Viêm dạ dày	Helicobacter pylori	Test kháng nguyên trong phân	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
			Test hơi thở	Test hơi thở với đồng vị phóng xạ	Lấy mẫu theo phương pháp riêng
			Khảo sát mô bệnh học	Mẫu sinh thiết dạ dày	Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
			Test urease nhanh	Mẫu sinh thiết dạ dày	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
			Soi nhuộm Gram Cấy H. pylori Kháng sinh đồ H.pylori trong trường hợp tái phát, kháng trị	Mẫu sinh thiết: 2 mẫu sinh thiết từ hang vị và 2 mẫu sinh thiết từ mặt trước thân vị	Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, gửi mẫu ngay
3	Viêm dạ dày ruột Tiêu chảy nhiễm trùng và do độc tố	Vi khuẩn
		Clostridium difficile	NAAT Phát hiện kháng nguyên GDH và độc tố	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Salmonella spp. Shigella spp. Campylobacter spp.	NAAT Nuôi cấy Kháng sinh đồ nếu cấy dương tính	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		EHEC (E. coli O157:H7 và E. coli sinh độc tố Shiga khác)	NAAT tìm gen độc tố Shiga Thử nghiệm miễn dịch tìm độc tố Shiga Cấy tìm E. coli O157:H7	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Yersinia spp. Vibrio spp. Plesiomonas spp. E. coli (ETEC, EIEC, EPEC, EAEC)	NAAT	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Yersinia spp. Vibrio spp. Aeromonas spp. Plesiomonas spp. Edwardsiella tarda Staphylococcus aureus E. coli (ETEC, EIEC, EPEC, EAEC)	Nuôi cấy bằng phương pháp đặc biệt	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Bacillus cereus Clostridium perfringens Staphylococcus aureus	Phát hiện độc tố bằng quy trình riêng	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Clostridium botulinum	Phát hiện độc tố bằng thực nghiệm trên chuột	Mẫu phân, dịch dạ dày, chất nôn	Lọ kín, bảo quản và vận chuyển mẫu ở 4ºC, không để mẫu bị đông đá
		Ký sinh trùng và đơn bào
		Entamoeba histolytica Entamoeba dispar Blastocystis hominis Dientamoeba fragilis Balantidium coli Giardia lamblia Ascaris lumbricoides Strongyloides stercoralis Trichuris trichiura Ancylostoma duodenale Necator americanus Taenia spp. Fasciola spp. Opisthorchis viverrini Clornorhis sinensis	Soi tìm trứng, ấu trùng và ký sinh trùng non hay trưởng thành	Mẫu phân	Phân không có chất cố định: <1 giờ, nhiệt độ phòng Phân có chất cố định (5-10% formalin, PVA, SAF hoặc môi trường thương mại): 2-24 giờ
		E. histolytica	Xét nghiệm miễn dịch đặc hiệu E. histolytica	Mẫu phân	Phân không có chất cố định
			NAAT		Môi trường vận chuyển Cary- Blair, nhiệt độ phòng, 24 giờ
		Giardia lamblia Cryptosporidium spp.	Miễn dịch gắn men	Mẫu phân	Phân có chất cố định, 2-24 giờ
			Miễn dịch huỳnh quang		Phân có chất cố định, 2-24 giờ
			NAAT		Môi trường vận chuyển Cary- Blair, nhiệt độ phòng, 24 giờ
			Khảo sát mô học và xác nhận bằng kính hiển vi điện tử		Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
		Coccidia: Cryptosporidium spp. Cyclospora spp. Isospora spp.	Nhuộm kháng acid	Mẫu phân	Phân không có chất cố định: <1 giờ, nhiệt độ phòng Phân có chất cố định (5-10% formalin, PVA, SAF hoặc môi trường thương mại): 2-24 giờ
		Cryptosporidium spp. Cyclospora spp.	NAAT	Mẫu phân	Môi trường vận chuyển Cary- Blair, nhiệt độ phòng, 24 giờ
		Microsporidia spp.	Nhuộm trichrome	Mẫu phân	Phân không có chất cố định: <1 giờ, nhiệt độ phòng Phân có chất cố định (5-10% formalin, PVA, SAF hoặc môi trường thương mại): 2-24 giờ
		Enterobius vermicularis	Tìm giun và trứng	Vùng rìa quanh hậu môn	Nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Virus
		Astrovirus Calicivirus (norovirus, sapovirus) Enteric adenovirus Enterovirus/parechovirus Rotavirus	NAAT	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Rotavirus Enteric adenovirus	Miễn dịch gắn men	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
		Enteric adenovirus Enterovirus/parechovirus	Nuôi cấy virus	Mẫu phân	Lọ có môi trường vận chuyển virus, giữ lạnh, 2 giờ
		Cytomegalovirus	Khảo sát mô bệnh học	Sinh thiết	Lọ có formalin, nhiệt độ phòng, 2 giờ - 14 ngày
			Nuôi cấy virus		Lọ vô trùng, nhiệt độ phòng, gửi mẫu ngay
			NAAT xác định tải lượng virus	Huyết tương	Huyết tương có EDTA Nhiệt độ phòng: 2 giờ 2-8ºC: 24 giờ -20ºC: giữ được lâu hơn
		Calicivirus (norovirus, sapovirus)	Điều tra dịch tễ	Mẫu phân	Lọ kín, nhiệt độ phòng, 2 giờ
4	Viêm trực tràng	N. gonorrhoeae	NAAT	Mẫu phết trực tràng	Trao đổi với phòng xét nghiệm vi sinh để thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất
			Nuôi cấy		Môi trường vận chuyển Amies hoặc Stuart, nhiệt độ phòng, 8 giờ
		N. gonorrhoeae Chlamydia trachomatis	NAAT	Mẫu phết trực tràng	Trao đổi với phòng xét nghiệm vi sinh để thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất
		Chlamydia trachomatis	NAAT Nhuộm miễn dịch huỳnh quang	Mẫu phết trực tràng	Trao đổi với phòng xét nghiệm vi sinh để thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất
		Virus Herpes simplex (HSV)	NAAT Cấy HSV	Mẫu phết trực tràng	Môi trường vận chuyển virus nhiệt độ phòng, 2 giờ; giữ lạnh nếu thời gian gửi mẫu cấy trên 2 giờ
		Treponema pallidum	RPR hoặc VDRL kết hợp với các xét nghiệm đặc hiệu hoặc IgG	Huyết thanh	Ống lấy huyết thanh, nhiệt độ phòng, 2 giờ

Chú thích: NAAT (nucleic acid amplification test): thử nghiệm khuếch đại acid nucleic

RPR (Rapid Plasma Reagin)

VDRL (Venereal Disease Research Laboratory)

 

7. Nhiễm trùng ổ bụng

7.1. Đại cương

Nhiễm trùng ổ bụng là nguyên nhân quan trọng gây tử vong và tàn tật, đứng hàng thứ hai trong các nguyên nhân phổ biến nhất gây nhiễm trùng huyết trong các khoa hồi sức tích cực. Các nhiễm trùng trong ổ bụng điển hình thường do viêm hoặc thủng ống tiêu hoá như viêm ruột thừa, bệnh lý loét dạ dày, viêm túi thừa. Bệnh nhân có viêm phúc mạc toàn thể có thể do thủng nguyên phát, các nguyên nhân sau phẫu thuật, can thiệp hoặc chấn thương.

7.2. Phân loại

7.2.1. Nhiễm trùng ổ bụng không biến chứng (Uncomplicated abdominal infections)

Nhiễm trùng ổ bụng không biến chứng liên quan đến bệnh lý viêm trong ống tiêu hoá nhưng không vỡ về giải phẫu. Điều trị các nhiễm trùng này thường đơn giản nhưng dễ điều trị muộn hoặc không phù hợp, hoặc nhiễm trùng liên quan đến vi khuẩn thuộc vi hệ có độc lực cao và có nguy cơ đáng kể tiến triển thành nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng.

7.2.2. Nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng (Complicated abdominal infections)

Nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng đã vượt khỏi các cơ quan ban đầu và lan vào khoang phúc mạc. Các nhiễm trùng này gây viêm phúc mạc, có thể khu trú hoặc toàn thể. Viêm phúc mạc khu trú thường biểu hiện bởi hình thành áp-xe. Viêm phúc mạc toàn thể được phân loại thành nguyên phát (primary peritonitis), thứ phát (secondary peritonitis), tái phát (tertiary peritonitis).

- Viêm phúc mạc nguyên phát do vi khuẩn và cổ trướng (SPB: Spontaneous Bacterial Peritonitis): Nhiễm trùng này được cho là hậu quả của quá trình thẩm lậu vi khuẩn qua thành ống tiêu hoá hoặc hệ bạch huyết của ruột. Viêm phúc mạc nguyên phát có thể là biến chứng của các bệnh lý có hội chứng cổ chướng như suy tim và Budd-Chiari, hội chứng thận hư, xơ gan mất bù. Trên 90% các trường hợp viêm phúc mạc nguyên phát là do một loại vi khuẩn. Các căn nguyên gây bệnh thường gặp được liệt kê trong bảng 1.

- Viêm phúc mạc thứ phát bội nhiễm vi khuẩn: Có nhiều nguyên nhân gây viêm phúc mạc thứ phát bao gồm chấn thương do điều trị hoặc do tai nạn, thủng, loét, hoại tử các đoạn của ống tiêu hoá (viêm ruột thừa vỡ, thủng dạ dày, tá tràng do loét, thủng đại tràng (sigma), ung thư, viêm tuỵ hoại tử, phẫu thuật, thương hàn hoặc áp xe trong ổ bụng. Các biến chứng từ phẫu thuật giảm cân cũng có thể gây viêm phúc mạc thứ phát. Ngoài ra viêm phúc mạc cũng là biến chứng thường gặp và quan trọng ở bệnh nhân lọc màng bụng. Các nhiễm trùng thứ phát thường có nguồn gốc bội nhiễm hệ vi sinh vật từ các đoạn khác nhau của ống tiêu hoá và đường sinh dục. Tuy nhiên, không giống như SBP, viêm phúc mạc thứ phát có xu hướng do nhiều loại vi khuẩn và có thể bao gồm hệ vi sinh vật kỵ khí. Các nguyên nhân phổ biến bao gồm vi khuẩn Gram âm hiếu khí và kỵ khí (Bacteroides spp, E. coli, Klebsiella spp) và vi khuẩn Gram dương (Clostridium spp, Enterococcus spp, và ít phổ biến hơn là Bifidobacteria spp. và Peptostreptococcus spp). Các biến chứng nhiễm trùng sau phẫu thuật giảm béo thường do cầu khuẩn Gram dương và nấm men (Candida spp) (Bảng 1):

+ Dạ dày và tá tràng: Streptococcus, Lactobacillus

+ Đường mật: E. coli, Klebsiella, Enterococcus

+ Ruột non: E. coli, Klebsiella, Lactobacillus, Streptococci, Diptheroids, Enterococci.

+ Đại tràng: Bacteroides fragilis, Clostridium spp., E. coli, Enterobacter spp., Klebsiella spp., Peptostreptococci, Enterococci

+ Các chỉ định cần lưu ý với phòng xét nghiệm là Cytomegalovirus (CMV), N. gonorrhoeae PCR và nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí. Không nên cấy dịch màng bụng trong chai cấy máu vì sự phát triển cạnh tranh của hệ vi sinh vật trong bệnh phẩm có thể lấn át các vi khuẩn gây bệnh mọc trong môi trường nuôi cấy.

- Viêm phúc mạc tái phát (tertiary peritonitis): là viêm phúc mạc dai dẳng, tái phát sau điều trị viêm phúc mạc thứ phát không thành công. Viêm phúc mạc tái phát thường phát triển ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch hoặc những người có bệnh kèm theo nghiêm trọng. Các tác nhân thường gặp: Enterococcus - VRE, Candida, hoặc vi khuẩn sản xuất màng sinh học như Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus epidermidis (Bảng 2). Viêm phúc mạc do vi sinh vật bất thường hoặc phát triển chậm như nấm sợi và Mycobacteria spp cũng là một nguyên nhân quan trọng ở các nước đang phát triển, đặc biệt ở những bệnh nhân nhiễm HIV. Chỉ định cấy dịch phù hợp với viêm phúc mạc nguyên phát hoặc thứ phát, trong khi cấy dịch viêm phúc mạc tái phát thường âm tính với vi khuẩn.

- Viêm phúc mạc liên quan đến lọc màng bụng (PDAP: Peritoneal Dialysis-associated Peritonitis): Nhiễm trùng có xu hướng do một loại vi khuẩn và hiếm khi do vi khuẩn kỵ khí. Về số lượng nuôi cấy dương tính, vi khuẩn Gram dương (chủ yếu là Staphylococcus spp., sau đó là Streptococcus và Corynebacteria spp) chiếm > 60%; vi khuẩn Gram âm, (chủ yếu là E. coli, Klebsiella và Enterobacter spp) chiếm < 30%; vi khuẩn kỵ khí chiếm < 3% số chủng phân lập. Nấm, đặc biệt là các loài Candida có số ca nhiễm trùng tương tự vi khuẩn kỵ khí. Kết quả nuôi cấy âm tính chiếm khoảng >20% các trường hợp PDAP. Cấy trực tiếp dịch thẩm tách hoặc dịch thẩm tách đậm đặc vào chai cấy máu đã được chứng minh là có hiệu quả. Khi kết quả nuôi cấy dịch ban đầu âm tính, nên tiến hành nuôi cấy bổ sung đối với các vi sinh vật phát triển chậm như Nocardia hoặc Mycobacteria và nấm sợi.

- Tổn thương gan: Cần phân biệt các tổn thương nang gan do ký sinh trùng (Entamoeba histolytica và Echinococcus) với các áp xe sinh mủ do vi khuẩn hoặc nấm gây ra. Vị trí, kích thước và số lượng áp xe gan thường không hữu ích cho mục đích phân biệt vì phần lớn tổn thương nằm ở thùy phải và có thể có một hoặc nhiều ổ. Lấy mẫu ở thành ổ áp xe và dịch bên trong. Nên chỉ định xét nghiệm tìm ký sinh trùng, nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí (Bảng 37). Cấy máu cũng có thể hữu ích trong việc xác định nguyên nhân nếu được thu thập trước khi bắt đầu điều trị bằng kháng sinh. Đôi khi, bệnh nhân bị nhiễm trùng sinh dục nguyên phát do N. gonorrhoeae hoặc C. trachomatis có thể liên quan đến nang gan hoặc phúc mạc lân cận (hội chứng Fitz-Hugh-Curtis). Việc điều trị bằng phẫu thuật và thu thập mẫu bệnh phẩm phải được tiến hành hết sức thận trọng để tránh lây lan.

- Nhiễm trùng đường mật: Vi khuẩn là nguyên nhân chính gây nhiễm trùng đường mật (chủ yếu là viêm túi mật và viêm đường mật) và áp xe gan sinh mủ (bảng 1). Ngoài ra các ký sinh trùng như Ascaris và Clonorchis spp hoặc các ký sinh trùng khác có thể cư trú trong đường mật dẫn đến tắc mật. Nên chỉ định nhuộm Gram và nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí (nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí nếu dịch hút được bảo quản và vận chuyển trong điều kiện kỵ khí thích hợp). Có thể cấy dịch vào chai cấy máu nhưng lưu ý vi khuẩn gây bệnh có thể bị mọc lấn át trong trường hợp nhiễm nhiều loại vi khuẩn. Khi có dấu hiệu nhiễm trùng huyết và viêm phúc mạc, cũng nên cấy máu và cấy dịch phúc mạc. Đối với bệnh nhân nhiễm HIV, các tác nhân tiềm ẩn còn có thể bao gồm Cryptosporidium, Microsporidia, Cystoisospora (Isospora) belli, CMV và Mycobacteria avium complex.

- Áp xe lách: Hầu hết áp xe lách là kết quả của quá trình nhiễm trùng di căn hoặc tiếp giáp, chấn thương, nhồi máu lách hoặc ức chế miễn dịch. Nhiễm trùng rất có thể là hiếu khí và một tác nhân nhưStaphylococcus spp, Streptococcus spp, Enterococcus spp, Salmonella spp và E. coli. Vi khuẩn kỵ khí chiếm khoảng 5 - 17% trường hợp nuôi cấy dương tính. Chỉ định xét nghiệm giống như áp xe gan sinh mủ bao gồm nhuộm Gram, nuôi cấy hiếu khí và kỵ khí mủ áp xe, cấy máu (Bảng 2). Các nguyên nhân hiếm gặp gây áp xe lách bao gồm Bartonella spp, Streptobacillus moniliformis, Nocardia spp và Burkholderia pseudomallei (không phổ biến ngoài khu vực Đông Nam Bộ), Châu Á hoặc không có lịch sử du lịch gợi ý). Cần thông báo cho phòng xét nghiệm nếu chỉ định xét nghiệm B. pseudomallei - tác nhân có khả năng khủng bố sinh học để tăng cường các biện pháp phòng ngừa an toàn sinh học. Cần lưu ý các tác nhân Mycobacteria spp, nấm (bao gồm cả Pneumocystis jirovecii) và ký sinh trùng ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch.

- Viêm tụy thứ phát: Hầu hết các trường hợp viêm tụy cấp hoặc mãn tính đều do tắc nghẽn, tự miễn hoặc uống rượu. Hoại tử mô tụy có thể gây ra ổ nhiễm trùng. Căn nguyên gây viêm tụy cấp rất nhiều và đa dạng. Tuy nhiên, viêm tụy bội nhiễm thường do vi khuẩn đường tiêu hóa như E. coli, Klebsiella spp và các thành viên khác của Enterobacterales, Enterococcus spp, Staphylococcus spp, Streptococcus spp và Candida spp. gây ra. Bệnh phẩm mô hoại tử hoặc dịch hút tụy cần được chỉ định nhuộm Gram, nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí và cấy máu ngoại vi (Bảng 2). Kết quả kháng sinh đồ rất hữu ích để điều trị, giảm khả năng nhiễm trùng huyết, giảm lây nhiễm sang các cơ quan lân cận và giảm tỷ lệ tử vong. Trường hợp nuôi cấy mô tụy hoại tử âm tính cần tìm kiếm thêm các vi khuẩn phát triển chậm, nấm, ký sinh trùng hoặc vi rút.

7.3. Xét nghiệm

Các yếu tố cần xem xét khi lấy mẫu xét nghiệm để chẩn đoán nhiễm trùng ổ bụng:

- Lấy mẫu trước khi sử dụng kháng sinh để có độ nhạy cao nhất.

- Sát trùng vị trí lấy mẫu bằng cồn, dung dịch chứa iod để phòng mẫu bị nhiễm bẩn hoặc gây nhiễm trùng cho bệnh nhân.

- Sử dụng kỹ thuật chọc hút qua da vô trùng để lấy dịch ổ bụng.

- Những điểm chính để chẩn đoán Vi sinh nhiễm trùng ổ bụng:

- Quan trọng nhất là phải lấy được đúng loại bệnh phẩm - hạn chế sử dụng tăm bông.

- Phải thu thập đủ số lượng mẫu để có thể thực hiện được các xét nghiệm cần thiết.

- Mẫu bệnh phẩm áp xe phải bao gồm các chất bên trong và bờ viền của áp xe. Tùy thuộc vào lâm sàng, hai mẫu này có thể đựng chung một lọ chứa mẫu hoặc riêng biệt.

- Riêng bệnh phẩm mủ có thể không quan sát thấy tác nhân gây bệnh bằng kết quả nhuộm Gram trực tiếp hoặc phương pháp nhuộm trực tiếp khác vì các bạch cầu đoạn trung tính có thể phá hủy hình thái của vi khuẩn.

- Đa số các xét nghiệm sinh học phân tử đều có độ nhạy cao. Tuy nhiên, xét nghiệm Mycobacterium tuberculosis PCR (NAAT) được coi là phương pháp hỗ trợ cho xét nghiệm nuôi cấy và không nên chỉ định riêng lẻ. Hiện tại các sinh phẩm thương mại này chưa được FDA phê duyệt, vì vậy các phòng xét nghiệm phải có thẩm định phương pháp trước khi sử dụng.

- Nếu phát hiện M. tuberculosis thường là dấu hiệu của bệnh lan tỏa và phải được cân nhắc.