1. Nghiên cứu, hoạch định chiến lược, chương trình, kế hoạch phát triển ứng dụng CNTT và xây dựng các quy định về ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế.

2. Hướng dẫn, chỉ đạo và kiểm tra cơ quan thuế các cấp trong việc thực hiện ứng dụng CNTT trong công tác quản lý thuế.

3. Xây dựng, phát triển, bảo trì, quản lý và tổ chức triển khai các phần mềm ứng dụng thống nhất trong công tác quản lý thuế.

4. Xây dựng và quản lý cơ sở dữ liệu thông tin phục vụ cho yêu cầu quản lý thuế; trực tiếp quản trị cơ sở dữ liệu tập trung của ngành; xây dựng, thực hiện các cơ chế và giải pháp kỹ thuật bảo mật, an toàn dữ liệu cho toàn ngành Thuế. 

5. Thiết kế, xây dựng và quản trị hệ thống mạng, truyền thông toàn ngành Thuế. Xây dựng cơ chế, giải pháp về an ninh mạng, kết nối mạng với các ngành liên quan và kết nối mạng Internet. 

6. Chủ trì phối hợp với Ban Tài vụ - Quản trị và các đơn vị liên quan tổ chức thực hiện đầu tư mua sắm, cài đặt, triển khai và quản lý thiết bị tin học thống nhất cho toàn ngành Thuế. 

7. Biên soạn tài liệu đào tạo cán bộ về ứng dụng CNTT trong công tác quản lý thuế.

8. Tổng kết, đánh giá kết quả kết quả triển khai và nghiên cứu đề xuất các biện pháp nâng cao hiệu quả ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế.

9. Thực hiện việc chuyển giao công nghệ và hỗ trợ ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế.

10. Quản lý cán bộ, công chức, tài chính và tài sản theo quy định của pháp luật.

11. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng cục trưởng Tổng cục thuế giao.

1. Cục Ứng dụng CNTT gồm các phòng sau:

1- Phòng Phát triển ứng dụng.

2- Phòng Quản lý cơ sở dữ liệu.

3- Phòng Quản lý hệ thống.

4- Phòng Đảm bảo kỹ thuật.

5- Phòng Kế hoạch - Tổng hợp.

2. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc:

1- Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Hỗ trợ.

2- Trung tâm Cung ứng phần mềm ứng dụng.

Nhiệm vụ cụ thể của các phòng và trung tâm sự nghiệp thuộc Cục Ứng dụng CNTT do Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế quy định.