1. Lãnh đạo Sở: có Giám đốc và các Phó Giám đốc theo quy định.

2. Các phòng chuyên môn và tương đương thuộc sở:

2.1. Phòng Tổ chức - Hành chính;

2.2. Phòng Kế hoạch - Tài chính;

2.3. Phòng Pháp chế;

2.4. Phòng Nghiệp vụ Y;

2.5. Phòng Nghiệp vụ Dược;

2.6. Phòng Bảo trợ xã hội.

3. Chi cục trực thuộc (có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng), gồm:

3.1. Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm;

3.2. Chi cục Dân số.

4. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc (có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng), gồm:

4.1. Bệnh viện Đa khoa Khánh Hòa;

4.2. Bệnh viện Đa khoa Yersin Nha Trang;

4.3. Bệnh viện Đa khoa khu vực Cam Ranh;

4.4. Bệnh viện Đa khoa khu vực Ninh Hòa;

4.5. Bệnh viện Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng Khánh Hòa;

4.6. Bệnh viện Phổi Khánh Hòa;

4.7. Bệnh viện Da liễu Khánh Hòa;

4.8. Bệnh viện Chuyên khoa Tâm thần Khánh Hòa;

4.9. Bệnh viện bệnh nhiệt đới Khánh Hòa;

4.10. Bệnh viện Ung bướu Khánh Hòa;

4.11. Bệnh viện Đa Khoa Ninh Thuận;

4.12. Bệnh viện Mắt Ninh Thuận;

4.13. Bệnh viện Phổi Ninh Thuận;

4.14. Bệnh viện Y học cổ truyền và phục hồi chức năng Ninh Thuận;

4.15. Bệnh viện Da liễu - Tâm thần Ninh Thuận;

4.16. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Khánh Hòa;

4.17. Trung tâm Chăm sóc sức khoẻ sinh sản Khánh Hòa;

4.18. Trung tâm Kiểm nghiệm Khánh Hòa;

4.19. Trung tâm Giám định Y khoa Khánh Hòa;

4.20. Trung tâm Pháp y Khánh Hòa;

4.21. Trung tâm cấp cứu 115 Khánh Hòa;

4.22. Trung tâm Huyết học - Truyền máu Khánh Hòa;

4.23. Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế Khánh Hòa;

4.24. Trung tâm Bảo trợ xã hội - Công tác xã hội Khánh Hòa;

4.25. Trung tâm Bảo trợ xã hội chăm sóc và phục hồi chức năng người tâm thần, rối nhiễu tâm trí Khánh Hòa;

4.26. Trung tâm Công tác xã hội Ninh Thuận;

4.27. Trung tâm Y tế khu vực Nha Trang;

4.28. Trung tâm Y tế khu vực Cam Ranh;

4.29. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Hòa;

4.30. Trung tâm Y tế khu vực Diên Khánh;

4.31. Trung tâm Y tế khu vực Cam Lâm;

4.32. Trung tâm Y tế khu vực Vạn Ninh;

4.33. Trung tâm Y tế khu vực Khánh Vĩnh;

4.34. Trung tâm Y tế khu vực Khánh Sơn;

4.35. Trung tâm Y tế khu vực Phan Rang - Tháp Chàm;

4.36. Trung tâm Y tế khu vực Bác Ái;

4.37. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Sơn;

4.38. Trung tâm Y tế khu vực Thuận Nam;

4.39. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Phước;

4.40. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Hải;

4.41. Trung tâm Y tế khu vực Thuận Bắc.

Trong quá trình thực hiện, căn cứ khối lượng công việc, tính chất, đặc điểm tình hình và yêu cầu quản lý nhà nước của ngành, Giám đốc Sở Y tế đề xuất Ủy ban nhân dân tỉnh (thông qua Sở Nội vụ thẩm định) việc thành lập mới, chia tách, sáp nhập, giải thể đơn vị thuộc và trực thuộc theo quy định pháp luật, nhằm đáp ứng nhu cầu quản lý nhà nước theo chuyên ngành.

1. Sắp xếp tổ chức, bố trí nhân sự các tổ chức thuộc Sở bảo đảm đúng nguyên tắc và thủ tục hiện hành.

2. Ban hành Quy chế làm việc của Sở; Quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của các đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở theo quy định; chỉ đạo việc xây dựng, ban hành, tổ chức thực hiện các quy chế quản lý, điều hành theo quy định hiện hành.

3. Trình Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định kiện toàn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và quy chế tổ chức hoạt động của các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở theo quy định.

4. Quyết định sắp xếp, phân bổ biên chế, bố trí nhân sự trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động, nằm trong tổng số biên chế được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt theo đúng nguyên tắc và thủ tục hiện hành và đồng bộ với cơ cấu tổ chức mới; đảm bảo số lượng biên chế, số người làm việc tối thiểu và nhân sự cấp phó các phòng, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở theo quy định.

5. Triển khai rà soát, xây dựng vị trí việc làm và kế hoạch biên chế công chức, số lượng người làm việc theo quy định của pháp luật bảo đảm thực hiện nhiệm vụ được giao trình Ủy ban nhân dân tỉnh (thông qua Sở Nội vụ thẩm định).