Công văn số 5743/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn và thống nhất thực hiện các thủ tục hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu tại các cục hải quan tỉnh, thành phố. Văn bản này tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình tiếp nhận, kiểm tra và xử lý hồ sơ hoàn thuế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp đồng thời phòng chống gian lận thuế.

Công văn làm rõ các trường hợp được hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật hiện hành, bao gồm:

• Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan.
• Hàng hóa xuất khẩu nhưng phải tái nhập khẩu trở lại Việt Nam.
• Máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất.
• Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng thực tế đã đưa vào sản xuất và xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài.

Để đảm bảo tính minh bạch và rút ngắn thời gian xử lý, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương thực hiện nghiêm túc các bước sau:

• Tiếp nhận hồ sơ: Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hoặc hồ sơ giấy trong trường hợp hệ thống gặp sự cố.
• Kiểm tra tính hợp lệ: Thực hiện đối chiếu thông tin trên tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế, hợp đồng mua bán, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và các tài liệu liên quan khác để xác định tính chính xác của số tiền thuế đề nghị hoàn.
• Thời hạn giải quyết: Tuân thủ nghiêm ngặt thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, tránh gây phiền hà, chậm trễ cho doanh nghiệp.

Công văn hướng dẫn cụ thể phương thức xử lý đối với các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

• Tiền thuế nộp thừa được hoàn trả trực tiếp cho người nộp thuế hoặc bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ của các tờ khai khác.
• Quy trình bù trừ thuế phải được thực hiện công khai, minh bạch trên hệ thống kế toán thuế tập trung của ngành Hải quan.

Văn bản nhấn mạnh vai trò và trách nhiệm của các bên liên quan trong quá trình thực hiện thủ tục hoàn thuế:

• Đối với cơ quan hải quan: Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra sau thông quan đối với các quyết định hoàn thuế nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi trục lợi, gian lận tiền thuế của Nhà nước. Đồng thời, hỗ trợ, hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quy trình thủ tục.
• Đối với doanh nghiệp: Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của các thông tin, tài liệu và số liệu kê khai trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Lưu trữ đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ liên quan để phục vụ công tác kiểm tra của cơ quan chức năng.