Công văn số 5230/BTC-TCHQ của Bộ Tài chính ban hành nhằm hướng dẫn và tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến thủ tục, điều kiện hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất hoặc sử dụng trong các trường hợp đặc thù. Dưới đây là nội dung chi tiết và phân tích chuyên sâu về các chính sách cốt lõi được quy định tại văn bản này:

- Đối tượng và điều kiện được áp dụng hoàn thuế nhập khẩu

• Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan được xem xét hoàn thuế nhập khẩu đã nộp và không phải nộp thuế xuất khẩu.
• Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
• Điều kiện tiên quyết là hàng hóa nhập khẩu chưa qua sử dụng, gia công, chế biến tại Việt Nam (đối với trường hợp hoàn thuế hàng nhập khẩu phải tái xuất) hoặc phải được xác định là đã thực tế tham gia vào quá trình sản xuất ra sản phẩm xuất khẩu (đối với trường hợp nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu).

- Hướng dẫn hoàn thuế đối với trường hợp xuất khẩu tại chỗ

• Văn bản làm rõ việc áp dụng chính sách hoàn thuế đối với các tờ khai xuất khẩu tại chỗ. Theo quy định mới nhất, sản phẩm xuất khẩu tại chỗ không thuộc đối tượng được hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất ra sản phẩm đó, trừ các trường hợp đặc biệt được quy định cụ thể tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.
• Doanh nghiệp cần lưu ý phân biệt rõ giữa hình thức xuất khẩu trực tiếp ra nước ngoài (được hoàn thuế) và xuất khẩu tại chỗ (chịu sự điều chỉnh nghiêm ngặt về điều kiện hoàn thuế) để tránh các rủi ro về mặt pháp lý và tài chính.

- Thành phần hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế

• Doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định, bao gồm: Công văn yêu cầu hoàn thuế theo mẫu quy định; Tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu đã thông quan; Hợp đồng mua bán, xuất khẩu hàng hóa; Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
• Hồ sơ phải thể hiện rõ tính liên kết giữa nguyên liệu nhập khẩu ban đầu và sản phẩm xuất khẩu cuối cùng thông qua bảng định mức thực tế sản xuất.

- Quy trình tiếp nhận và xử lý hồ sơ của cơ quan Hải quan

• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đầy đủ của hồ sơ do doanh nghiệp nộp.
• Phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm: Hoàn thuế trước - kiểm tra sau và Kiểm tra trước - hoàn thuế sau. Đối với các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ pháp luật thuế tốt, cơ quan hải quan ưu tiên áp dụng cơ chế hoàn thuế trước để tạo điều kiện quay vòng vốn nhanh cho doanh nghiệp.
• Thực hiện thanh tra, kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao hoặc theo kế hoạch định kỳ nhằm ngăn chặn hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

- Trách nhiệm và nghĩa vụ của doanh nghiệp

• Doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của các số liệu, chứng từ, định mức tiêu hao nguyên vật liệu đã kê khai trong hồ sơ hoàn thuế.
• Lưu trữ đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ, tài liệu liên quan đến việc nhập khẩu, sản xuất và xuất khẩu để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra của cơ quan hải quan khi có yêu cầu.