Công văn số 4954/TCT-PCCS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến việc thực hiện các chính sách ưu đãi, miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các dự án đầu tư. Văn bản này tập trung tháo gỡ các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp trong quá trình xác định điều kiện, đối tượng và phương thức tính thời gian hưởng ưu đãi thuế.

Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN

• Doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi thuế TNDN khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện về địa bàn ưu đãi đầu tư, lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc quy mô dự án theo quy định của pháp luật tại thời điểm triển khai dự án.
• Các ưu đãi về thuế TNDN chỉ áp dụng đối với những doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và thực hiện đăng ký nộp thuế theo kê khai.
• Trường hợp doanh nghiệp có nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh khác nhau thì phải hạch toán riêng khoản thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế TNDN để làm cơ sở tính toán số thuế được miễn, giảm.

Xác định thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN

• Thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư được hưởng ưu đãi.
• Đối với trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư, thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính bắt đầu từ năm thứ tư.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời hạn miễn thuế, giảm thuế và số lỗ được chuyển trừ vào thu nhập chịu thuế để tự kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Phân biệt ưu đãi giữa dự án đầu tư mới và đầu tư mở rộng

• Dự án đầu tư mới: Được áp dụng mức thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế theo quy định đối với doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư nếu dự án đó độc lập và đáp ứng các tiêu chí về địa bàn hoặc lĩnh vực khuyến khích đầu tư.
• Dự án đầu tư mở rộng: Doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư quy mô lớn, đầu tư chiều sâu nhằm tăng năng lực sản xuất, đổi mới công nghệ phải đáp ứng các tiêu chí về nguyên giá tài sản cố định tăng thêm hoặc tỷ lệ công suất thiết kế tăng thêm để được lựa chọn hưởng ưu đãi cho phần thu nhập tăng thêm.

Quy định về chuyển tiếp ưu đãi thuế

• Trường hợp có sự thay đổi về quy định pháp luật thuế TNDN mà làm ảnh hưởng đến quyền lợi của doanh nghiệp, nếu mức ưu đãi mới thấp hơn mức ưu đãi doanh nghiệp đang được hưởng cho thời gian còn lại thì doanh nghiệp tiếp tục được áp dụng mức ưu đãi cũ.
• Nếu quy định mới ban hành có mức ưu đãi cao hơn hoặc có thêm các điều kiện ưu đãi thuận lợi hơn, doanh nghiệp được quyền lựa chọn chuyển đổi sang áp dụng ưu đãi theo quy định mới cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại.