Công văn số 3909/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế đối với hoạt động quản lý, kinh doanh chợ. Văn bản này giải quyết các vướng mắc của các địa phương và doanh nghiệp liên quan đến nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và các khoản nghĩa vụ tài chính khác phát sinh từ hoạt động khai thác, quản lý chợ.

- Phân loại mô hình quản lý chợ và nghĩa vụ thuế liên quan

• Mô hình Ban quản lý chợ là đơn vị sự nghiệp công lập: Đối với các Ban quản lý chợ hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp có thu, tự chủ một phần hoặc toàn bộ chi phí hoạt động, các khoản thu từ việc cho thuê diện tích kinh doanh, ki-ốt, sạp hàng và các dịch vụ hỗ trợ khác phải thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.
• Mô hình doanh nghiệp hoặc hợp tác xã quản lý chợ: Các tổ chức kinh tế này hoạt động theo Luật Doanh nghiệp hoặc Luật Hợp tác xã, thực hiện hạch toán kinh tế độc lập. Toàn bộ doanh thu từ hoạt động cho thuê, cung cấp dịch vụ tại chợ đều là doanh thu chịu thuế GTGT và thuế TNDN theo phương pháp kê khai thông thường.

- Quy định về thuế Giá trị gia tăng (GTGT) đối với dịch vụ tại chợ

• Thuế suất áp dụng: Hoạt động cho thuê mặt bằng, ki-ốt, sạp hàng tại chợ và các dịch vụ trông giữ xe, vệ sinh, an ninh thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất thông thường là 10% (hoặc tỷ lệ % trên doanh thu tùy thuộc vào phương pháp tính thuế áp dụng).
• Phương pháp tính thuế trực tiếp: Đối với các Ban quản lý chợ chưa thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ thì áp dụng phương pháp tính thuế GTGT trực tiếp trên doanh thu theo tỷ lệ phần trăm quy định cho hoạt động dịch vụ, cho thuê tài sản.
• Phương pháp khấu trừ: Áp dụng đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã quản lý chợ thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ mua vào, bán ra.

- Quy định về thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với thu nhập từ chợ

• Xác định thu nhập chịu thuế: Thu nhập chịu thuế TNDN bao gồm thu nhập từ hoạt động cho thuê ki-ốt, sạp hàng, mặt bằng kinh doanh và các khoản thu dịch vụ khác trong khuôn viên chợ.
• Phương pháp tính thuế theo tỷ lệ % trên doanh thu: Đối với đơn vị sự nghiệp công lập có phát sinh hoạt động kinh doanh dịch vụ chịu thuế TNDN nhưng không hạch toán riêng được chi phí thì kê khai nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu dịch vụ theo quy định của pháp luật thuế TNDN hiện hành.
• Phương pháp kê khai: Doanh nghiệp, hợp tác xã quản lý chợ thực hiện nộp thuế TNDN theo mức thuế suất phổ thông trên phần thu nhập chịu thuế sau khi đã trừ đi các chi phí hợp lý, hợp lệ liên quan đến hoạt động vận hành chợ.

- Quy định về sử dụng hóa đơn và nghĩa vụ tài chính về đất đai

• Sử dụng hóa đơn: Các đơn vị quản lý chợ phải lập và giao hóa đơn cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khi thu tiền thuê diện tích hoặc tiền dịch vụ theo đúng quy định về hóa đơn, chứng từ của Bộ Tài chính.
• Tiền thuê đất, tiền sử dụng đất: Việc xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai đối với diện tích đất xây dựng chợ được thực hiện theo quy định của pháp luật về đất đai và các chính sách ưu đãi, miễn giảm tiền thuê đất đối với hạ tầng chợ (nếu có) tại từng địa bàn cụ thể.