Công văn số 3906/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ thuế quan trọng liên quan đến việc xác định nghĩa vụ tài chính, cụ thể là tiền thuê đất đối với khu vực Bến xe Kim Mã. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc áp dụng chính sách ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất đối với đất xây dựng công trình công cộng có mục đích kinh doanh (bến xe khách).

- Đối tượng áp dụng và bối cảnh pháp lý

• Văn bản hướng dẫn trực tiếp cho Cục Thuế thành phố Hà Nội và đơn vị quản lý, sử dụng đất tại Bến xe Kim Mã nhằm thống nhất phương án tính tiền thuê đất theo đúng quy định của pháp luật.
• Giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình chuyển tiếp chính sách giữa các thời kỳ Luật Đất đai và các Nghị định của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước.

- Nguyên tắc xác định tiền thuê đất tại Bến xe Kim Mã

• Nghĩa vụ tài chính về đất đai phải được xác định dựa trên mục đích sử dụng đất thực tế được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao đất hoặc cho thuê đất theo hồ sơ pháp lý.
• Đối với diện tích đất phục vụ cho mục đích công cộng, hạ tầng giao thông công cộng không nhằm mục đích kinh doanh thì thuộc đối tượng không phải nộp tiền thuê đất hoặc được xem xét miễn tiền thuê đất theo quy định pháp luật.
• Đối với diện tích đất sử dụng vào mục đích sản xuất, kinh doanh dịch vụ phi nông nghiệp tại bến xe (như ki-ốt, bãi đỗ xe dịch vụ thương mại, văn phòng cho thuê), đơn vị sử dụng đất phải thực hiện nộp tiền thuê đất theo giá đất sản xuất kinh doanh do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định.

- Chính sách miễn, giảm tiền thuê đất đối với bến xe khách

• Bến xe khách thuộc danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư sẽ được xem xét áp dụng các chính sách miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP của Chính phủ và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Để được hưởng ưu đãi, đơn vị quản lý bến xe phải hoàn thiện và nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý, bao gồm quyết định cho thuê đất, hợp đồng thuê đất và các tài liệu chứng minh đủ điều kiện hưởng ưu đãi.
• Trường hợp khu đất bến xe có sự đan xen giữa hoạt động công ích (đón trả khách công cộng) và hoạt động kinh doanh dịch vụ thương mại, cơ quan thuế phối hợp với cơ quan tài nguyên và môi trường để xác định rõ tỷ lệ diện tích đất tương ứng nhằm áp dụng chính sách thuế chính xác.

- Hướng dẫn tổ chức thực hiện dành cho cơ quan thuế địa phương

• Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế thành phố Hà Nội tiến hành rà soát kỹ lưỡng hồ sơ pháp lý về đất đai của Bến xe Kim Mã, bao gồm quyết định giao đất, cho thuê đất và hiện trạng sử dụng đất thực tế của đơn vị.
• Cơ quan thuế địa phương cần phối hợp chặt chẽ với các sở, ban, ngành liên quan (Sở Tài chính, Sở Tài nguyên và Môi trường) để xác định đơn giá thuê đất, thời điểm tính tiền thuê đất và số tiền thuê đất được miễn, giảm (nếu có) theo đúng quy định pháp luật tại từng thời kỳ phát sinh nghĩa vụ.
• Đảm bảo việc thu đúng, thu đủ vào ngân sách nhà nước, đồng thời thực hiện nghiêm túc các chính sách ưu đãi của Nhà nước nhằm hỗ trợ doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực vận tải hành khách công cộng và phát triển hạ tầng giao thông tĩnh.