Tổng quan về Công văn số 3302/TCHQ-KTTT

Công văn số 3302/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xuất nhập khẩu. Văn bản này tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh liên quan đến việc xử lý thuế (bao gồm thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng) đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu thực tế bị thiếu hụt so với khai báo trên tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại hoặc hợp đồng mua bán.

Nguyên tắc xử lý thuế đối với hàng hóa nhập khẩu bị thiếu

• Tính thuế theo trị giá thực tế nhập khẩu: Nghĩa vụ thuế của người nộp thuế được xác định căn cứ trên số lượng, chủng loại và trị giá của hàng hóa thực tế nhập khẩu vào Việt Nam. Đối với phần hàng hóa bị thiếu hụt (không thực tế nhập khẩu), doanh nghiệp không phải chịu trách nhiệm nộp thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) tương ứng.
• Xử lý tiền thuế đã nộp thừa: Trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế cho toàn bộ lô hàng theo tờ khai hải quan ban đầu nhưng sau đó phát hiện hàng hóa bị thiếu hụt, số tiền thuế đã nộp tương ứng với phần hàng hóa thiếu được xác định là tiền thuế nộp thừa và sẽ được cơ quan hải quan hoàn trả hoặc bù trừ theo quy định pháp luật.

Yêu cầu về hồ sơ và chứng từ chứng minh hàng nhập thiếu

Để được xem xét giải quyết không thu thuế hoặc hoàn thuế đối với lượng hàng hóa nhập khẩu bị thiếu, người khai hải quan phải cung cấp đầy đủ các chứng từ hợp pháp chứng minh tính khách quan của việc thiếu hụt này. Các chứng từ cốt lõi bao gồm:

• Chứng thư giám định: Chứng thư giám định về số lượng, khối lượng thực tế của lô hàng do tổ chức giám định độc lập hoặc cơ quan giám định có thẩm quyền cấp tại thời điểm mở container hoặc thời điểm giao nhận hàng hóa dưới sự giám sát của cơ quan hải quan (nếu có).
• Xác nhận của người bán (nhà xuất khẩu): Văn bản xác nhận chính thức từ phía đối tác nước ngoài thừa nhận việc đóng hàng thiếu so với hóa đơn thương mại và hợp đồng, kèm theo thỏa thuận xử lý (như giảm trừ thanh toán hoặc bù hàng vào lô sau).
• Hồ sơ thương mại và vận tải: Hợp đồng mua bán (Contract), Hóa đơn thương mại (Invoice), Phiếu đóng gói chi tiết (Packing List), Vận đơn (Bill of Lading) và các chứng từ liên quan đến quá trình xếp dỡ, vận chuyển hàng hóa.

Quy trình khai bổ sung và hoàn thuế tại cơ quan Hải quan

• Thực hiện khai bổ sung: Ngay sau khi phát hiện hàng hóa bị thiếu và thu thập đủ chứng từ chứng minh, người khai hải quan phải thực hiện khai bổ sung thông tin hồ sơ hải quan trên hệ thống theo quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC).
• Kiểm tra và thông quan: Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính đồng bộ, hợp pháp của hồ sơ khai bổ sung và các chứng từ chứng minh do doanh nghiệp xuất trình. Nếu xác định thông tin khai bổ sung là chính xác, cơ quan hải quan sẽ phê duyệt hồ sơ và điều chỉnh lượng thuế phải nộp.
• Hoàn trả tiền thuế nộp thừa: Sau khi hồ sơ khai bổ sung được chấp nhận, cơ quan hải quan tiến hành các thủ tục hoàn thuế hoặc bù trừ tiền thuế nộp thừa cho doanh nghiệp theo đúng trình tự quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành.