Công văn số 3099/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến công tác khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Nội dung công văn tập trung tháo gỡ các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp, đồng thời siết chặt quản lý thuế nhằm ngăn chặn hành vi gian lận hóa đơn và trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

1. Nguyên tắc và điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào

Văn bản hệ thống hóa và làm rõ các điều kiện bắt buộc để người nộp thuế được áp dụng khấu trừ và hoàn thuế GTGT, bao gồm:

• Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.
• Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các giao dịch mua vào có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT), trừ các trường hợp đặc thù theo quy định pháp luật.
• Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, doanh nghiệp bắt buộc phải có hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan đã hoàn thành thủ tục và chứng từ thanh toán qua ngân hàng đúng quy định.

2. Kiểm soát và phân loại hồ sơ hoàn thuế có rủi ro cao

Tổng cục Thuế chỉ đạo các cơ quan thuế địa phương tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với các hồ sơ hoàn thuế có dấu hiệu rủi ro:

• Áp dụng triệt để nguyên tắc quản lý rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm: "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" và "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau".
• Tập trung thanh tra, xác minh nguồn gốc hàng hóa qua nhiều khâu trung gian đối với các nhóm mặt hàng có rủi ro cao như nông sản, lâm sản, thủy hải sản, linh kiện điện tử và gỗ xuất khẩu.
• Tăng cường phối hợp liên ngành giữa cơ quan thuế với cơ quan công an, hải quan và chính quyền địa phương để xác minh tính xác thực của các giao dịch mua bán.

3. Hướng dẫn xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh

Công văn đưa ra hướng dẫn cụ thể nhằm giải quyết vướng mắc cho doanh nghiệp khi gặp phải hóa đơn của các đơn vị đã bỏ địa chỉ kinh doanh (doanh nghiệp bỏ trốn):

• Trường hợp hóa đơn phát sinh trước ngày cơ quan thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh: Cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, xác minh thực tế giao dịch mua bán. Nếu chứng minh được giao dịch là có thật, đầy đủ hồ sơ, chứng từ thanh toán hợp lệ thì doanh nghiệp vẫn được xem xét khấu trừ, hoàn thuế GTGT.
• Trường hợp hóa đơn phát sinh sau ngày cơ quan thuế thông báo doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh: Cơ quan thuế kiên quyết không chấp nhận khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào do hóa đơn không còn giá trị pháp lý.
• Doanh nghiệp mua hàng có nghĩa vụ chứng minh tính trung thực, khách quan của giao dịch thông qua hợp đồng, biên bản giao nhận hàng hóa, phiếu xuất kho và chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

4. Nâng cao trách nhiệm của cơ quan thuế và người nộp thuế

Để đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật thuế và tạo môi trường kinh doanh lành mạnh:

• Cơ quan thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế đúng thời hạn quy định, tránh gây chậm trễ, phiền hà cho các doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật.
• Người nộp thuế cần chủ động rà soát, đánh giá năng lực và tính pháp lý của các nhà cung cấp đầu vào, lưu trữ khoa học toàn bộ chứng từ liên quan để sẵn sàng giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu thanh tra, kiểm tra.