Công văn số 2651/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là một trong những văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, nhằm giải đáp các vướng mắc thực tế của các Cục Thuế địa phương và doanh nghiệp liên quan đến việc thực thi chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này đóng vai trò định hướng, bảo đảm sự thống nhất trong cách hiểu và áp dụng các quy định pháp luật về thuế trên phạm vi cả nước.

• Văn bản tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế GTGT của các tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh.
• Đối tượng áp dụng trực tiếp bao gồm các cơ quan thuế các cấp (để thống nhất công tác quản lý, thanh tra, kiểm tra) và người nộp thuế (để thực hiện đúng quyền và nghĩa vụ thuế).

• Xác định đối tượng chịu thuế và thuế suất: Hướng dẫn chi tiết cách phân loại hàng hóa, dịch vụ để áp dụng đúng mức thuế suất GTGT (không chịu thuế, 0%, 5%, hoặc 10%) theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Nhấn mạnh nguyên tắc khấu trừ thuế đầu vào phải có hóa đơn GTGT hợp pháp, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các giao dịch có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, và việc phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế.
• Chính sách miễn, giảm thuế GTGT đặc thù: Hướng dẫn việc áp dụng các chương trình ưu đãi, giảm thuế GTGT theo các Nghị quyết của Quốc hội và Nghị định của Chính phủ trong từng giai đoạn cụ thể nhằm hỗ trợ doanh nghiệp phục hồi sản xuất kinh doanh.

• Xử lý hóa đơn sai sót: Quy định rõ quy trình lập hóa đơn điều chỉnh, thay thế hoặc hủy hóa đơn khi phát hiện sai sót về thuế suất, tiền thuế, đảm bảo tính hợp pháp cho việc kê khai và khấu trừ thuế của các bên liên quan.
• Khai bổ sung và hoàn thuế: Hướng dẫn thủ tục kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT khi phát hiện sai sót và các điều kiện, hồ sơ cần thiết để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư hoặc hàng hóa xuất khẩu.
• Nghĩa vụ thuế khi chuyển nhượng tài sản: Làm rõ cách xác định giá tính thuế GTGT đối với hoạt động chuyển nhượng dự án, thanh lý tài sản cố định và chuyển nhượng quyền sử dụng đất gắn liền với tài sản.

• Đối với cơ quan thuế: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn doanh nghiệp trên địa bàn thực hiện đúng tinh thần chỉ đạo tại Công văn, đồng thời tăng cường giám sát để tránh trục lợi chính sách.
• Đối với người nộp thuế: Cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn, chứng từ và hồ sơ khai thuế để thực hiện điều chỉnh kịp thời nếu có sai lệch so với hướng dẫn của Tổng cục Thuế.