Công văn số 2449/TCHQ-GSQL của Tổng cục Hải quan là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến thủ tục thanh khoản thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, đặc biệt là loại hình nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu hoặc gia công cho thương nhân nước ngoài. Văn bản này nhằm tháo gỡ các vướng mắc, thống nhất quy trình thực hiện tại các Chi cục Hải quan địa phương và tạo điều kiện thuận lợi cho cộng đồng doanh nghiệp.

- Mục tiêu và phạm vi áp dụng của văn bản

• Thống nhất quy trình nghiệp vụ về thanh khoản thuế, hoàn thuế, không thu thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu trên phạm vi cả nước.
• Hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố giải quyết đồng bộ các hồ sơ thanh khoản còn tồn đọng, tránh gây phiền hà và giảm thiểu chi phí hành chính cho doanh nghiệp.
• Áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động xuất nhập khẩu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu và các cơ quan hải quan trực tiếp quản lý.

- Quy trình và thủ tục thực hiện thanh khoản thuế

• Nộp hồ sơ thanh khoản: Doanh nghiệp có trách nhiệm nộp đầy đủ hồ sơ báo cáo quyết toán, hồ sơ hoàn thuế hoặc không thu thuế theo đúng thời hạn quy định của pháp luật hải quan hiện hành.
• Kiểm tra hồ sơ hải quan: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tính hợp lệ, hợp pháp của các chứng từ trong hồ sơ, đối chiếu số liệu giữa tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu và định mức tiêu hao nguyên liệu thực tế do doanh nghiệp khai báo.
• Xác định số thuế được hoàn hoặc không thu: Trên cơ sở kết quả kiểm tra hồ sơ và đối chiếu thực tế, cơ quan hải quan ra quyết định hoàn thuế hoặc không thu thuế đối với lượng nguyên liệu, vật tư đã thực tế cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu.

- Các chứng từ cốt lõi trong hồ sơ thanh khoản

• Công văn yêu cầu thanh khoản thuế, hoàn thuế hoặc không thu thuế của doanh nghiệp (theo mẫu quy định).
• Tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư và tờ khai hải quan xuất khẩu sản phẩm đã thông quan.
• Bảng báo cáo tính thuế, bảng định mức tiêu hao nguyên liệu thực tế cho một đơn vị sản phẩm xuất khẩu có chữ ký và đóng dấu xác nhận của đại diện doanh nghiệp.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định quản lý ngoại hối của Nhà nước.
• Các chứng từ, tài liệu kỹ thuật khác có liên quan tùy thuộc vào từng trường hợp cụ thể phát sinh trong thực tế để chứng minh tính hợp pháp của hàng hóa.

- Trách nhiệm của các bên liên quan

• Đối với doanh nghiệp: Phải khai báo trung thực, chính xác định mức thực tế sử dụng nguyên liệu; lưu trữ đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ xuất nhập kho để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan khi cơ quan hải quan có yêu cầu.
• Đối với cơ quan hải quan: Đẩy nhanh tiến độ giải quyết hồ sơ thanh khoản, không tự ý yêu cầu thêm các chứng từ ngoài quy định pháp luật; thực hiện thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro để phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận thuế.

- Hướng dẫn xử lý các vướng mắc phát sinh trong thực tế

• Trường hợp có sự chênh lệch số liệu giữa hệ thống thông tin điện tử của hải quan và hồ sơ giấy của doanh nghiệp, cơ quan hải quan phải chủ động phối hợp với doanh nghiệp để đối chiếu, xác minh nguyên nhân trước khi ra quyết định xử lý cuối cùng.
• Đối với các trường hợp doanh nghiệp gặp khó khăn khách quan dẫn đến chậm nộp hồ sơ thanh khoản, cần xem xét giải quyết thấu đáo dựa trên các quy định về trường hợp bất khả kháng hoặc hướng dẫn cụ thể từ Bộ Tài chính để bảo vệ quyền lợi chính đáng của người nộp thuế.