Công văn 989/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về công tác quản lý thu thuế đối với hoạt động kinh doanh vận tải hành khách. Đây là văn bản chỉ đạo quan trọng nhằm tăng cường hiệu quả quản lý doanh thu, chống thất thu thuế, đồng thời tạo sự bình đẳng trong việc thực hiện nghĩa vụ tài chính giữa các tổ chức, cá nhân tham gia vào thị trường vận tải hành khách bằng đường bộ.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản hướng dẫn áp dụng đối với các cơ quan thuế địa phương (Cục Thuế, Chi cục Thuế) trong việc triển khai các biện pháp quản lý thuế; các doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ chức và hộ gia đình, cá nhân có hoạt động kinh doanh vận tải hành khách bằng xe ô tô (bao gồm vận tải theo tuyến cố định, vận tải hợp đồng, vận tải khách du lịch và kinh doanh taxi).

Quản lý thuế đối với mô hình Hợp tác xã vận tải

• Đối với Hợp tác xã (HTX) hoạt động theo mô hình dịch vụ hỗ trợ (xã viên tự đầu tư phương tiện, tự quản lý và điều hành hoạt động kinh doanh, HTX chỉ hỗ trợ các thủ tục pháp lý, luồng tuyến): HTX có trách nhiệm kê khai, nộp thuế thay cho các hộ xã viên hoặc hướng dẫn các hộ xã viên thực hiện đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế theo phương pháp khoán trực tiếp tại Chi cục Thuế nơi quản lý địa bàn.
• Đối với HTX hoạt động theo mô hình tập trung (HTX sở hữu phương tiện hoặc trực tiếp quản lý, điều hành tập trung toàn bộ phương tiện, doanh thu, chi phí): HTX phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ; thực hiện kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo phương pháp khấu trừ và kê khai thực tế phát sinh.

Quản lý thuế đối với hộ kinh doanh cá thể

• Cơ quan thuế thực hiện xác định mức thuế khoán (bao gồm thuế GTGT và thuế thu nhập cá nhân) đối với các hộ kinh doanh vận tải hành khách dựa trên các tiêu chí cụ thể như: số lượng phương tiện, số ghế thiết kế, tuyến đường vận chuyển (cự ly, lộ trình), tần suất chạy xe và doanh thu thực tế bình quân của các phương tiện cùng loại hoạt động trên cùng địa bàn.
• Định kỳ phối hợp với Ban quản lý các bến xe để nắm bắt thông tin chi tiết về số lượt xe xuất bến thực tế, số lượng khách bình quân trên mỗi chuyến nhằm điều chỉnh doanh thu khoán sát với thực tế kinh doanh, tránh tình trạng kê khai dưới mức doanh thu thực tế.

Quy định về quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ

• Vé hành khách được xác định là một dạng hóa đơn đặc thù. Các đơn vị kinh doanh vận tải phải thực hiện đăng ký mẫu vé, số lượng vé phát hành với cơ quan thuế trực tiếp quản lý trước khi đưa vào sử dụng.
• Vé xe phải hiển thị đầy đủ các thông tin bắt buộc theo quy định pháp luật như: tên đơn vị vận tải, mã số thuế, giá vé đã bao gồm thuế GTGT, số seri và các khoản bảo hiểm hành khách (nếu có).
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc xuất vé cho hành khách tại các đầu bến, trên xe; xử lý nghiêm các hành vi không xuất vé, sử dụng vé không đúng quy định hoặc sử dụng vé giả nhằm mục đích trốn thuế.

Biện pháp phối hợp liên ngành chống thất thu thuế

• Cơ quan thuế chủ động thiết lập cơ chế phối hợp chặt chẽ với Sở Giao thông vận tải, lực lượng Cảnh sát giao thông và Ban quản lý các bến xe trên địa bàn để kiểm tra, giám sát chặt chẽ hoạt động của các phương tiện.
• Thực hiện đối chiếu định kỳ dữ liệu về danh sách xe được cấp phù hiệu xe chạy tuyến cố định, xe hợp đồng, xe taxi với dữ liệu đăng ký thuế của các đơn vị vận tải nhằm phát hiện kịp thời các phương tiện hoạt động chui, chưa đăng ký thuế hoặc bỏ sót doanh thu.
• Kiên quyết xử lý đình chỉ hoạt động hoặc thu hồi giấy phép kinh doanh vận tải đối với các đơn vị cố tình chây ỳ, không thực hiện nghĩa vụ thuế hoặc có hành vi gian lận thuế nghiêm trọng.

Công văn này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ban hành và là căn cứ pháp lý để các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương xây dựng phương án, đề án chống thất thu thuế trong lĩnh vực vận tải hành khách phù hợp với đặc thù của từng địa phương.